| Shotgun法测序制备高纯度水稻基因组DNA的方法探讨(英) |
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| 作者姓名： | 杨继良 王辉 王庆华 李军 刘斌 金德敏 王斌 |
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| 作者单位： | 1. 中国科学院遗传与发育生物学研究所,北京,100101
2. 中国科学院北京基因组学研究所,北京,101300
3. 山东大学生命科学院,济南,250100 |
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| 摘 要： | 在用散弹 (shotgun)法测定水稻 (OryzasativaL .ssp .indica)基因组全序列的过程中 ,叶绿体和线粒体DNA的污染问题非常严峻 .应用脉冲场电泳 (PFGE)技术对水稻基因组DNA进行纯化 ,结果表明它能够有效去除叶绿体和线粒体DNA ,使其污染率从 3%降低到 0 2 % .同时 ,比较了水稻绿苗和黄化苗的DNA得率 ,以及HB法和NIB法制备大分子质量(HMW)DNA的异同 .最后提出一套制备水稻基因组DNA的方法 ,包括黄化苗培养 ;细胞核的分离、包埋和裂解 ;脉冲场电泳纯化、回收聚集在低熔点 (LMP)胶中的水稻HMWDNA .用该方法所得的水稻基因组DNA ,纯度高 (无叶绿体和线粒体DNA污染 )、基因组完整 (机械剪切和降解少 )、回收率高 (操作过程中DNA损失少 ) .另外 ,首次报道在融化的低熔点(LMP)胶中对水稻HMWDNA于 38℃进行超声波处理 ,能够获得用于shotgun文库和梯度文库构建所需要的各种DNA片段(1 5～ 3kb ,3～ 12kb) ,并且效果优于在TE中进行操作
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| 关 键 词： | Shotgun测序 水稻 基因组DNA |
| 收稿时间： | 2003-02-26 |
| 修稿时间： | 2003-05-28 |
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