| 海洋细菌Pseudoalteromonas sp. NJ631中NRPS基因簇及核心模件的发掘 |
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| 引用本文： | 陈威,朱鹏,何山,金海晓,严小军.海洋细菌Pseudoalteromonas sp. NJ631中NRPS基因簇及核心模件的发掘[J].微生物学报,2012,52(12):1531-1539. |
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| 作者姓名： | 陈威 朱鹏 何山 金海晓 严小军 |
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| 作者单位： | 宁波大学,应用海洋生物技术教育部重点实验室,宁波315211 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金(40906080);浙江省海洋生物技术产业科技创新团队(2012R10029) |
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| 摘 要： | 目的]运用基因组信息发掘技术(Genome Mining)对海洋细菌Pseudoalteromonas sp.NJ631基因组中的非核糖体肽合成酶(Nonribosomal peptides synthetases,NRPSs)基因簇资源及其核心模件进行发掘分析,旨在为Pseudoalteromonas属中非核糖体肽(Nonribosomal peptides,NRPs)的发现提供理论依据和数据支持.方法]依托第二代测序技术获得的Pseudoalteromonas sp.NJ631基因组序列草图,在分析其次生代谢产物编码基因的基础上,利用NRPS-PKS knowledgebase在线预测软件鉴定潜在的NRPSs基因簇,并对其基因组中的NRPSs核心模件腺苷酰化(Adenylation,A)结构域编码基因信息进行发掘.结果]在NJ631基因组序列草图中发现3个典型结构组成的NRPSs基因簇,命名为NGC1、NGC2和NGC3,分别位于scaffold6,9和11.进一步的结构域预测分析表明,3个NRPSs基因簇均含有3个ORFs,其中NGC1编码7个NRPSs模块 ;NGC2和NGC3均编码6个NRPSs模块.对A结构域的信息发掘显示NJ631基因组中含有38个A结构域编码基因,特异性选择18种氨基酸底物.结论]通过运用基因组信息发掘技术对海洋细菌Pseudoalteromonas sp.N J631全基因组信息进行NRPSs基因簇及核心模件A结构域的发掘分析,结果提示,通常只在放线菌或真菌中发现的NRPSs基因资源也在Pseudoalteromonas属中大量存在.研究结果也为今后Pseudoalteromonas属中非核糖体肽(Nonribosomal peptides,NRPs)的发现提供理论依据.
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| 关 键 词： | 海洋细菌 非核糖体肽合成酶 腺苷酰化结构域 基因组信息发掘 |
| 收稿时间： | 2012/6/18 0:00:00 |
| 修稿时间： | 2012/10/7 0:00:00 |
Nonribosomal peptides synthetases gene clusters and core domain in Pseudoalteromonas sp. NJ631 |
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| Wei Chen,Peng Zhu,Shan He,Haixiao Jin and Xiaojun Yan.Nonribosomal peptides synthetases gene clusters and core domain in Pseudoalteromonas sp. NJ631[J].Acta Microbiologica Sinica,2012,52(12):1531-1539. |
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| Authors: | Wei Chen Peng Zhu Shan He Haixiao Jin and Xiaojun Yan |
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