基于转录组的楠木MYB转录因子的挖掘及分析 |
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引用本文: | 丁蒙蒙,时小东,顾雨熹,代 娇,盛玉珍,徐 莺,庄国庆.基于转录组的楠木MYB转录因子的挖掘及分析[J].广西植物,2018,38(1):90-100. |
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作者姓名: | 丁蒙蒙 时小东 顾雨熹 代 娇 盛玉珍 徐 莺 庄国庆 |
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作者单位: | 1. 四川大学 生命科学学院, 生物资源与生态环境教育部重点实验室, 成都 610064; 2. 四川省林业科学研究院, 成都 610081 |
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基金项目: | 国家自然科学基金(31200504)[Supported by the National Natural Science Foundation of China(31200504)]。 |
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摘 要: | 楠木(Phoebe zhennan)为樟科常绿乔木,是国家二级重点保护树种。楠木生长缓慢,木材形成所需周期较长,其原因有待进一步深入分析。近年来转录因子已成为植物分子生物学研究的热点,高通量测序技术的应用和发展促进了转录因子的挖掘和深入分析。该研究基于我国特有濒危树种楠木的转录组数据,通过与拟南芥基因组MYB转录因子进行对比,对楠木MYB转录因子进行挖掘和生物信息学分析,并结合功能预测和不同组织表达对其进行深入分析。结果表明:从楠木转录组数据中,共挖掘出82个MYB转录因子,这82个MYB转录因子蛋白质所含氨基酸数目为50~1 121个、分子量为5.907~123.64 k Da,整体表现为亲水性不稳定蛋白,以α-螺旋和无规则卷曲为主要二级结构元件。序列比对和进化树分析表明,楠木MYB转录因子的结构域有高度保守性,含有W]-X(19)-W]-X(19)结构;82个Pz MYB可分为22类,参与生长发育、次生代谢、逆境响应等过程,与功能预测分析结果相一致。同时,在楠木茎和叶中,差异表达Pz MYB数目为18个,其中上调10个、下调8个。该研究结果不仅对楠木MYB转录因子的挖掘和功能分析以及分子生物学研究奠定了基础,而且还对其遗传改良和分子育种具有参考价值。
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关 键 词: | 楠木 转录组 MYB转录因子 生物信息学 基因表达 |
收稿时间: | 2017/5/22 0:00:00 |
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