| 杂交兰转录组SSR信息分析及EST-SSR标记开发应用 |
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| 引用本文： | 钟淮钦,林榕燕,林兵,吴建设,樊荣辉,叶秀仙. 杂交兰转录组SSR信息分析及EST-SSR标记开发应用[J]. 中国细胞生物学学报, 2020, 0(2): 286-295 |
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| 作者姓名： | 钟淮钦 林榕燕 林兵 吴建设 樊荣辉 叶秀仙 |
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| 作者单位： | 福建省农业科学院作物研究所 |
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| 基金项目： | 福建省省属公益类科研院所专项(批准号:2018R1026-3、2017R1026-8);福建省农业科学院科技创新团队(批准号:STIT2017-2-9)资助的课题。 |
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| 摘 要： | 该研究主要开发筛选适用于杂交兰的EST-SSR引物,为杂交兰种质资源评价和遗传变异研究等提供可靠的分子标记。该研究对杂交兰进行转录组高通量测序,挖掘SSR位点和开发EST-SSR标记,并对不同种质的遗传多样性进行分析。结果表明,从31724条杂交兰Unigene中检测出18603个SSR位点,SSR出现频率为58.64%;SSR位点中的主导类型是单核苷酸重复,占总SSR的65.10%,其次是二核苷酸(23.56%)和三核苷酸(10.76%)重复;优势重复基元为A/T、AG/CT、AT/AT和AAG/CTT,分别占总位点的64.72%、13.74%、8.19%和2.51%。利用Primer Premier 5.0共设计了565对SSR引物,从筛选出的64对有效扩增引物中随机选择28对引物,对40份杂交兰种质进行多态性验证与遗传关系分析,其中16对(占57.14%)引物表现出可重复的高多态性,平均多态信息量(PIC)达0.789。基于扩增的多态性SSR信息,40份种质资源可聚为4类,聚类结果与其遗传背景基本一致。该研究印证了转录组测序获得的Unigene是SSR标记开发的有效来源,开发的EST-SSR引物可为杂交兰及近缘种的良种鉴别、遗传图谱构建、分子标记辅助育种及功能基因挖掘等提供有价值的候选标记。
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| 关 键 词： | 杂交兰 转录组 EST-SSR 多态性 |
Analysis on SSR Information in Transcriptome and Development of EST-SSR Markers for Hybrid Cymbidium |
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| ZHONG Huaiqin,LIN Rongyan,LIN Bing,WU Jianshe,FAN Ronghui,YE Xiuxian. Analysis on SSR Information in Transcriptome and Development of EST-SSR Markers for Hybrid Cymbidium[J]. , 2020, 0(2): 286-295 |
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| Authors: | ZHONG Huaiqin LIN Rongyan LIN Bing WU Jianshe FAN Ronghui YE Xiuxian |
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| Affiliation: | (Crop Research Institute,Fujian Academy of Agricultural Sciences,Flower Research Center,Fujian Academy of Agricultural Sciences,Fujian Engineering Research Center for Characteristic Floriculture,Fuzhou 350013,China) |
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| Abstract: | |
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