| 三色锦鲤皮肤转录组测序与功能分析 |
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| 引用本文： | 史东杰,陈晓璇,魏东,李文通,姜巨峰,朱华,皮国华,王赛赛.三色锦鲤皮肤转录组测序与功能分析[J].基因组学与应用生物学,2021,40(1):117-127. |
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| 作者姓名： | 史东杰 陈晓璇 魏东 李文通 姜巨峰 朱华 皮国华 王赛赛 |
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| 作者单位： | 北京市水产科学研究所暨国家淡水渔业工程技术研究中心,北京,100068;天津农学院水产学院,天津,300380;天津市水产研究所,天津市观赏鱼技术工程中心,天津,300221;北京市顺义区水产技术服务站,北京,101300 |
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| 摘 要： | 为进一步发掘锦鲤(Cyprinus carpio)皮肤组织功能基因,以三色锦鲤墨色、红色、白色皮肤组织为研究对象,采用Illumina Hiseq 2500技术进行转录组测序和数据分析,共获得425 813 488条原始读序(reads),总碱基数为63.88 Gb.对测序所获得的reads进行组装和拼接,获得56 018条Unigenes,总长度为1 357100421 bp,平均长度为2 380 bp.Unigenes 与 Nr、GO、KEGG、KOG、Pfam、Swiss-Prot 和 eggNO共七个数据库进行BLAST 相似性比对(e-value≤10-5),分别对应有 19 443(34.71％)条、7 960(14.21％)条、10 302(18.39％)条、12 559(22.42％)条、12 145(21.68％)条、9 596(17.13％)条和 17 528(31.29％)条 Unigenes 成功注释,20 323条Unigene至少在一个数据库中得到注释.经KEGG代谢通路分析,该转录组Unigenes参与六大类共50小类,共158份代谢通路.转录组分析还鉴定出墨色、白色、红色皮肤组织的SNP标记分别512 635个、508 711个、517 222个,转换是颠换的1.63倍.随机选取9个差异基因进行RT-qPCR验证发现,试验结果与转录谱结果一致,表明转录组测序结果是可靠的.通过研究获得了大量的三色锦鲤转录组信息资源,为研究观赏鱼皮肤功能基因、体色基因定位、遗传多样性和分子标记开发等提供了重要的基础数据.
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| 关 键 词： | 锦鲤(Cyprinus carpio) 转录组 Unigenes GO分析 |
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