| 纳米孔测序技术在实蝇类害虫检疫鉴定中的应用 |
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| 引用本文： | 姜帆,丁新华,梁亮,付开赟,郭文超,朱水芳.纳米孔测序技术在实蝇类害虫检疫鉴定中的应用[J].生物安全学报,2024,33(1):93-98. |
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| 作者姓名： | 姜帆 丁新华 梁亮 付开赟 郭文超 朱水芳 |
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| 作者单位： | 三亚中国检科院生物安全中心, 海南 三亚 572025;中国检验检疫科学研究院, 北京 100176;新疆农业科学院植物保护研究所, 农业农村部西北荒漠绿洲作物有害生物综合治理重点实验室, 新疆 乌鲁木齐 830091;农业农村部规划设计研究院, 北京 100125 |
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| 基金项目： | 三亚市科技创新专项项目（2022KJCX72）；智力援疆创新拓展人才计划 |
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| 摘 要： | 【目的】纳米孔测序技术是单分子实时测序技术的一种，正在被广泛应用于临床快速诊断及微生物检测等领域。本研究以实蝇这一类重要的检疫性有害生物为例，探究该技术在昆虫检疫鉴定中应用的可行性，为昆虫检疫鉴定提供新方法。【方法】分别采用一代测序技术和纳米孔测序技术，对14种经形态学鉴定的实蝇成虫进行DNA条形码测序，通过BOLD和NCBI数据库对测序结果进行比对分析，并比较2种测序技术所得序列结果准确性的差异。【结果】通过纳米孔测序，14个实蝇样品在44 min内获得181 Mb bases，每个样品平均得到11280条reads，单个reads的准确度为92.10%~94.53%；经一致性序列校正，所有实蝇样品均可得到与一代测序结果完全一致的序列，序列分析结果与形态学鉴定结果完全一致。【结论】采用本研究的实验流程和数据分析方法，纳米孔测序技术可以应用于实蝇类害虫的检疫鉴定，测序结果准确、高效；本研究提供的实验方案同样适用于基于扩增子测序的物种鉴定，满足大规模样品的高通量精准鉴定需求。
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| 关 键 词： | 纳米孔测序 实蝇 昆虫 鉴定 扩增子 |
| 收稿时间： | 2022/12/31 0:00:00 |
| 修稿时间： | 2023/3/30 0:00:00 |
Preliminary investigation of quarantine and identification of Tephritidae based on nanopore sequencing technology |
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| JIANG Fan,DING Xinhu,LIANG Liang,FU Kaiyun,GUO Wenchao,ZHU Shuifang.Preliminary investigation of quarantine and identification of Tephritidae based on nanopore sequencing technology[J].Journal of Biosafety,2024,33(1):93-98. |
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| Authors: | JIANG Fan DING Xinhu LIANG Liang FU Kaiyun GUO Wenchao ZHU Shuifang |
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| Institution: | CAIQ Center for Biosafety, Sanya, Hainan 572025, China;Chinese Academy of Inspection and Quarantine, Beijing 100176, China;Key Laboratory of Integrated Pest Management on Crops in Northwestern Oasis, Institute of Plant Protection, Xinjiang Academy of Agricultural Sciences, Urumqi, Xinjiang 830091, China;Academy of Agricultural Planning and Engineering, Ministry of Agriculture and Rural Affairs, Beijing 100125, China |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | nanopore sequencing Tephritidae insects identification amplicon |
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