| 基于转录组测序的枫香EST-SSR引物开发及有效性评价 |
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| 引用本文： | 李 辉,冯源恒,唐生森,杨章旗. 基于转录组测序的枫香EST-SSR引物开发及有效性评价[J]. 广西植物, 2023, 43(2): 327-335 |
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| 作者姓名： | 李 辉 冯源恒 唐生森 杨章旗 |
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| 作者单位： | 1. 广西师范大学 生命科学学院, 广西 桂林541006; 2. 广西壮族自治区林业科学研究院, 国家林业和草原局马尾松工程技术研究中心, 广西马尾松工程技术研究中心, 广西优良用材林资源培育重点实验室, 南宁 530002 |
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| 基金项目： | 广西科技基地和人才专项(桂科AD19254004); 八桂学者专项(2019A26)。 |
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| 摘 要： | 枫香是广西重要的乡土树种之一，具有较高的用材、观赏及药用价值。为验证枫香SSR引物的实际应用效果，该研究基于转录组测序技术，检测枫香SSR位点并设计引物，通过PCR扩增和聚丙烯酰胺凝胶电泳筛选出具有较高多态性的枫香EST-SSR引物，并对1个枫香天然群体进行遗传多样性分析。结果表明：(1)共发掘到23 777个SSR位点，单核苷酸重复类型SSR位点占总位点比例最高(46.54%),在重复次数上5～12次之间的SSR位点占比最高(72.36%)。(2)共开发出262对SSR引物，有效扩增率为53.1%,最终筛选出扩增稳定、条带清晰的引物18对。(3)多态性检测结果显示所有位点均具有多态性，天然群体遗传多样性结果显示该天然群体中等位基因数量(Na)、有效等位基因数量(Ne)、Shannon多样性指数(I)、观测杂合度(Ho)变化范围分别为2～4、1.112 8～2.609 6、0.208 9～1.112 7和0.275 9～1.000 0,平均值分别为2.333 3、1.957 4、0.708 5和0.722 6。综上认为，枫香中占优势的SSR位点重复类型和重复基序与其他物种基本相同，所开...
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| 关 键 词： | 枫香 转录组 SSR分子标记 引物开发 遗传多样性 |
| 收稿时间： | 2022-05-20 |
Development and validity evaluation of Liquidambar formosana EST-SSR primers based on transcriptome sequencing |
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| LI Hui,FENG Yuanheng,TANG Shengsen,YANG Zhangqi. Development and validity evaluation of Liquidambar formosana EST-SSR primers based on transcriptome sequencing[J]. Guihaia, 2023, 43(2): 327-335 |
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| Authors: | LI Hui FENG Yuanheng TANG Shengsen YANG Zhangqi |
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| Affiliation: | 1. College of Life Sciences, Guangxi Normal University, Guilin 541006, Guangxi, China; 2. Guangxi Forestry Research Institute, Engineering Research Center of Masson Pine of State Forestry Administration, Engineering Research Center of Masson Pine of Guangxi, Guangxi Key Laboratory of Superior Timber Trees Resource Cultivation, Nanning 530002, China |
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