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| 生物信息学方法挖掘小麦中的microRNAs及其靶基因 | |
| 引用本文： | 韩友生,栾福磊,朱洪亮,邵毅,陈安均,卢承文,罗云波,朱本忠.生物信息学方法挖掘小麦中的microRNAs及其靶基因[J].中国科学C辑,2009,39(6):585-595. |
| 作者姓名： | 韩友生 栾福磊 朱洪亮 邵毅 陈安均 卢承文 罗云波 朱本忠 |
| 作者单位： | 中国农业大学食品科学与营养科技学院; |
| 基金项目： | 国家自然科学基金(批准号:30600421和30871741)资助项目 |
| 摘 要： | microRNAs（miRNAs）是最近发现的一种内源、非编码、长度约为21nt的小分子RNA，在转录后水平起调控基因表达的作用．先前的研究发现，植物中的miRNAs具有高度的保守性，这为在其他植物物种中通过同源比对发现保守的miRNAs提供了思路．本文利用EST和GSS分析法在小麦中预测miRNA及其靶基因．简单过程是，将其他植物物种中已经发现的miRNA与小麦的EST和GSS数据库比对，经过一系列的标准筛选、预测小麦miRNA．通过这一策略，本文共得到属于18个家族的37条小麦miRNA，其中有10条保守的miRNA是第一次被发现．发现miR395是一个非常特殊的家族，因为它的3个成员成簇的存在形式与动物miRNAs非常相似．本文还利用新发现的小麦miRNAs通过在线软件miRU与编码蛋白的数据库比对，总共预测到361个靶基因，其中一些靶基因参与到了小麦的生长发育、新陈代谢及抗逆过程． |
| 关 键 词： | 表达序列标签 (express sequence tag EST) 基因组概览序列 (genome survey sequence GSS) microRNAs 靶基因 小麦 |
| 收稿时间： | 2009-04-09 |
| 修稿时间： | 2009-04-23 |
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