一株新型鸭细小病毒的分离鉴定和遗传演化特征分析

【背景】2015年以来,我国东部沿海地区陆续暴发樱桃谷鸭等商品肉鸭以短喙、舌外伸肿大、生长发育不良、腿骨易折等为主要临床症状的疾病,并逐步向内陆蔓延,研究发现引起该病的病原为新型鸭细小病毒(novel duck parvovirus, NDPV)。【目的】开展流行病学调查,研究NDPV的遗传进化特征,为了解NDPV遗传演化规律,完善NDPV流行病学数据及致病机制的研究提供科学依据。【方法】取发病雏鸭的肝脏研磨、离心后取上清,使用SPF鸭胚成功分离病毒并测其含量,对分离的病毒进行PCR鉴定及外源病毒检测,扩增病毒全基因组并进行序列同源性分析,对VP1蛋白进行分子特征和遗传进化分析。【结果】从山东省某鸭场疑似短喙侏儒综合征(short beak and dwarfism syndrome, SBDS)的病料中分离到一株NDPV,命名为SDGT0628。该分离株在SPF鸭胚上培养可导致鸭胚出现特异性死亡,测得鸭胚半数致死量(DELD₅₀)为10^−4.5/0.2 mL。全基因组核苷酸序列和VP1蛋白氨基酸序列同源性分析结果发现：分离株SDGT0628与2023年分离株TX2302全基因组核苷酸序列相似性最高为99.8%,与SD0101和LYG23的核苷酸同源性次之,为99.7%,VP1蛋白氨基酸序列与2018年分离株SD0101相似性为99.9%;SDGT0628与鹅细小病毒(goose parvovirus, GPV)的同源性较番鸭细小病毒(muscovy duck parvovirus, MDPV)高。全基因组核苷酸序列系统发育树表明,SDGT0628与NDPV形成一个独立的小分支,证明GPV在不断地进化。与GPV VP1蛋白氨基酸序列比对结果发现,13株NDPV (含SDGT0628株)有Q89L、D142E、S450N这3个氨基酸位点的共同变异;分离株SDGT0628在497位氨基酸位点产生突变(W→R),其他NDPV和GPV未产生此差异。本实验室新分离出5株NDPV,与SDGT0628株VP1氨基酸序列突变位点进行比较,5株NDPV均存在89、142、450位点突变。【结论】从山东省某鸭场中分离得到了一株NDPV,命名为SDGT0628株(GenBank登录号PQ316314)。VP1蛋白的氨基酸序列分析发现,NDPV存在3个氨基酸位点的突变,SDGT0628在497位氨基酸位点产生了新的突变。