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人体肠道噬菌体的研究与应用
引用本文:刘聪,邢博,陈婉桐,李俊桦,肖敏凤.人体肠道噬菌体的研究与应用[J].微生物学通报,2021,48(9):3314-3329.
作者姓名:刘聪  邢博  陈婉桐  李俊桦  肖敏凤
作者单位:深圳华大生命科学研究院 广东 深圳 518083;深圳华大生命科学研究院 广东 深圳 518083;中国科学院大学生命科学学院 北京 100049;深圳华大生命科学研究院 广东 深圳 518083;华南理工大学生物科学与工程学院 广东 广州 510006;深圳华大生命科学研究院 广东 深圳 518083;深圳市未知病原体应急检测重点实验室 广东 深圳 518083
基金项目:国家自然科学基金(82050007)
摘    要:肠道是人体内微生物定殖最丰富的部位。近年来,随着肠道菌群与人体健康疾病关联研究的蓬勃发展,肠道噬菌体也逐渐引起关注。然而,相关信息技术和实验技术发展的滞后在一定程度上限制了肠道噬菌体的科学研究进程。因此,本文首先回顾了近几年来肠道噬菌体研究领域所开发或采用的计算和实验方法,包括噬菌体的测序数据分析和噬菌体的分离纯化等。随后,本文就肠道噬菌体的分类、肠道内噬菌体与细菌的互作及肠道噬菌体在人体疾病干预中的应用展开了讨论。最后,本文展望了肠道噬菌体研究在数据和实体资源、信息和实验技术、与肠道菌群的互作、干预和治疗人体疾病各方面的一系列挑战和机遇。

关 键 词:病毒组  噬菌体数据库  肠道噬菌体挖掘  噬菌体库  微生物疗法  肠道微生态  慢病干预
收稿时间:2021/5/29 0:00:00

Research and application of human gut bacteriophage
LIU Cong,XING Bo,CHEN Wantong,LI Junhu,XIAO Minfeng.Research and application of human gut bacteriophage[J].Microbiology,2021,48(9):3314-3329.
Authors:LIU Cong  XING Bo  CHEN Wantong  LI Junhu  XIAO Minfeng
Institution:BGI-Shenzhen, Shenzhen, Guangdong 518083, China;BGI-Shenzhen, Shenzhen, Guangdong 518083, China;College of Life Sciences, University of Chinese Academy of Sciences, Beijing 100049, China;BGI-Shenzhen, Shenzhen, Guangdong 518083, China;School of Biology and Biological Engineering, South China University of Technology, Guangzhou, Guangdong 510006, China;BGI-Shenzhen, Shenzhen, Guangdong 518083, China;Shenzhen Key Laboratory of Unknown Pathogen Identification, Shenzhen, Guangdong 518083, China
Abstract:The gut is the largest reservoir of human flora. In the last decade, with the increasing investigations on the relationships between gut microbiota and human health diseases, gut bacteriophage has also drawn more attention. However, the research of gut bacteriophage is still in its infancy, hampered by delayed progress in the experimental and bioinformatical technology for gut bacteriophage and virome. Thus, this review first summarizes the research methodology of gut bacteriophage in computation and experiments, including sequening analysis and phage isolation, etc. Then, phage taxonomy, phage-host interactions, and the clinical applications of gut bacteriophage are also discussed. Finally, this review looks forward to the challenges and opportunities for gut bacteriophage research in data and physical resources, bioinformatical and experimental technology, interactions with intestinal bacteria, interventions on human diseases, etc.
Keywords:virome  phage database  gut phage mining  phagebank  microbial therapy  gut microecology  chronic disease intervention
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