| 黄瓜基因组EST-SSRs的分布规律及EST-SSR标记开发 |
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| 引用本文： | 胡建斌,李建吾. 黄瓜基因组EST-SSRs的分布规律及EST-SSR标记开发[J]. 西北植物学报, 2008, 28(12): 2429-2435 |
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| 作者姓名： | 胡建斌 李建吾 |
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| 作者单位： | 河南农业大学,林学园艺学院,郑州,450002 |
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| 基金项目： | 国家高技术研究发展计划(863计划)，河南农业大学博士科研启动基金 |
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| 摘 要： | 从NCBI网站下载黄瓜EST序列6 344条及本课题组对黄瓜叶片cDNA文库测序研究所得的EST 163条,在除去载体、polyA/T等序列后得到6 129条无冗余EST序列,全长为2.98×106bp.采用网络软件SSRIT从这些序列中搜索到784个SSR,分布于673条EST中,出现频率为12.79%,平均分布距离为3.80 kb;单、二和三核苷酸重复是主导类型,分别占EST-SSRs总数的32.91%、28.19%和29.34%;A/T、AG/CT和AAG/CTT分别是单、二和三核苷酸的优势重复基元,分别占EST-SSRs总数的32.40%、20.66%和14.41%.经现已报道的评价方法分析表明,这些EST-SSRs具有较好的多态性和可用性.设计了30对EST-SSR引物对22份黄瓜材料进行PCR检测,18对引物检测到多态性.根据PCR结果,这些材料被聚为三类,聚类结果与材料本身特性一致.结果说明通过黄瓜EST数据库发掘SSR标记是一条可行的途径.
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| 关 键 词： | 黄瓜 EST-SSR 分布 多态性 |
Distribution of EST-SSRs in Cucumber Genome and Development of EST-SSR Marker |
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| HU Jian-bin,LI Jian-wu. Distribution of EST-SSRs in Cucumber Genome and Development of EST-SSR Marker[J]. Acta Botanica Boreali-Occidentalia Sinica, 2008, 28(12): 2429-2435 |
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| Authors: | HU Jian-bin LI Jian-wu |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | cucumber EST-SSR distribution polymorphism |
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