福建一例HAstV-5型星状病毒的全基因组测序与重组分析 |
| |
引用本文: | 黄枝妙,吴冰珊,陈凤钦,黄业伟,翁育伟.福建一例HAstV-5型星状病毒的全基因组测序与重组分析[J].病毒学报,2018,34(1):16-21. |
| |
作者姓名: | 黄枝妙 吴冰珊 陈凤钦 黄业伟 翁育伟 |
| |
作者单位: | 福建省疾病预防控制中心,福州,350001;福州市儿童医院,福州,350004;福建医科大学公共卫生学院,福州,350004 |
| |
摘 要: | 为了探究一例福建省检出的HAstV-5型星状病毒2013/Fuzhou/85毒株基因组分子结构特点,本研究采用PCR分段扩增、测序、拼接的方法,获得2013/Fuzhou/85毒株基因组序列全长6 803bp:5’端和3’端均有85bp非编码区;中间3个开放阅读框:ORF1a长2 802bp(86~2 887nt),编码非结构蛋白丝氨酸蛋白酶;ORF1b长1 548bp(2 827~4 374nt),编码非结构蛋白RNA聚合酶;ORF2长2 352bp(4 367~6 718nt),编码结构蛋白衣壳蛋白前体。目前,GenBank中仅有两株HAstV-5型星状病毒全基因组序列:中国辽宁毒株(JQ403108)和巴西哥亚尼亚毒株(DQ028633),2013/Fuzhou/85毒株和中国辽宁毒株核苷酸相似度最高,达94.4%。对该HAstV-5型星状病毒3个开放阅读框分别构建系统进化树,发现ORF1a与HAstV-1(JF327666)相似度最高,ORF1b和ORF2与HAstV-5(JQ403108)相似度最高,提示其有可能存在重组,用Simplot软件进行重组分析,重组位点位于2 741bp,在ORF1a和ORF1b重叠区的上游。本研究中对2013/Fuzhou/85毒株的全基因组测序和重组分析,可以为星状病毒的重组和遗传进化规律研究提供参考。
|
关 键 词: | 星状病毒(AstV) 全基因组 系统进化分析 重组 |
本文献已被 CNKI 万方数据 等数据库收录! |
|