| 口蹄疫病毒基因组内部核糖体进入位点一级和二级结构分析 |
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| 引用本文： | 张显升,赵启祖,刘在新,江鹏斐,常惠芸,陈应理,李冬,魏怀录,谢庆阁.口蹄疫病毒基因组内部核糖体进入位点一级和二级结构分析[J].病毒学报,2002,18(2):142-148. |
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| 作者姓名： | 张显升 赵启祖 刘在新 江鹏斐 常惠芸 陈应理 李冬 魏怀录 谢庆阁 |
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| 作者单位： | 中国农业科学院,兰州兽医研究所,兰州,730046 |
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| 基金项目： | 国家重点基础研究发展计划(973计划);G1999011901; |
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| 摘 要： | 以口蹄疫病毒(foot-and-mouth disease virus,FMDV)强毒China/99株牛舌水泡皮为材料,用RT-PCR法提取RNA及扩增目的cDNA,然后与pGEM-T Easy载体连接并转化JM109菌株,再经重组质粒电泳、PCR和EcoRI酶切鉴定.用DNAstar软件比较了内部核糖体进入位点(IRES)的序列差异,并用RNAdraw软件绘制和分析了该区段的二级结构.8株FMDV IRES核苷酸序列比较表明该区段较为保守,并对非保守区域进行了分析.二级结构分析表明,FMDV IRES至少有3种二级结构图形:第一型有5个结构域,与Pilipenko等报道的一致;第二和三型分别有6和11个结构域,与Pilipenko等报道的结果不同.无论FMDV IRES二级结构如何不同,但单链区大部分核苷酸序列或基序相同,如AACUCC、GAAA、CUUU、AGG、AACC、GUAA等.茎环柄部核苷酸对维持二级结构的空间构像具有十分重要的作用,环中或单链区序列(基序)在维持其功能方面具有很重要的作用,如GAAA和CUUU基序分别是三级结构的组件和嘧啶区结合蛋白的结合位点.
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| 关 键 词： | 口蹄疫病毒China/99株 参考毒株 内部核糖体进入位点(IRES) 一、二级结构 |
| 文章编号： | 1000-8721(2002)02-0142-07 |
The Basic and Secondary Structures of IRES in Foot-and-Mouth Disease Virus Strain China/99 and Alignment with That of Reference Strains |
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| ZHANG Xian-sheng,ZHAO Oi-zu,LIU Zai-xin,JIANG Peng-fei,CHANG Hui-yun,CHENG Ying-li,LI Dong,WEI Huai-lu,XIE Qing-ge.The Basic and Secondary Structures of IRES in Foot-and-Mouth Disease Virus Strain China/99 and Alignment with That of Reference Strains[J].Chinese Journal of Virology,2002,18(2):142-148. |
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| Authors: | ZHANG Xian-sheng ZHAO Oi-zu LIU Zai-xin JIANG Peng-fei CHANG Hui-yun CHENG Ying-li LI Dong WEI Huai-lu XIE Qing-ge |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | FMDV strain China/99 reference strains internal ribosome entry site(IRES) basic and secondary structures |
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