| 利用位点特异性打分矩阵对大肠杆菌启动子的预测 |
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| 引用本文： | 闫妍,万平. 利用位点特异性打分矩阵对大肠杆菌启动子的预测[J]. 生物信息学, 2015, 13(2): 125-130 |
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| 作者姓名： | 闫妍 万平 |
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| 作者单位： | 首都师范大学生命科学学院,北京100048,首都师范大学生命科学学院,北京100048 |
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| 摘 要： | ![]()
启动子是基因转录起始的一个关键性元件。本研究利用数据库中提供的大肠杆菌启动子数据,基于位点特异性打分矩阵(Position-specific scoring matrix,PSSM)算法建立了大肠杆菌启动子预测方法,并采用ROC曲线对预测结果进行评估。结果显示,本方法对大肠杆菌sigma24、sigma28、sigma32、sigma38、sigma54和sigma70启动子预测的准确度分别达到86%,96%,93%,96%,97%和74%。由于原核生物启动子序列的保守性,可将该方法推广至其他原核生物的启动子预测。
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| 关 键 词： | 大肠杆菌 启动子 位点特异性打分矩阵(PSSM) 预测 |
| 收稿时间： | 2015-01-06 |
| 修稿时间： | 2015-03-18 |
Prediction of Escherichia coliK-12 promoters using position-specific scoring matrix (PSSM) method |
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| YAN Yan and WAN Ping. Prediction of Escherichia coliK-12 promoters using position-specific scoring matrix (PSSM) method[J]. Chinese Journal of Bioinformatics, 2015, 13(2): 125-130 |
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| Authors: | YAN Yan and WAN Ping |
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| Affiliation: | College of Life Science, Capital Normal University, Beijing 100048 , China and College of Life Science, Capital Normal University, Beijing 100048 , China |
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| Abstract: | ![]()
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| Keywords: | |
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