| 宏基因组研究的生物信息学平台现状 |
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| 引用本文： | 叶丹丹,樊萌萌,关琼,陈红菊,马占山.宏基因组研究的生物信息学平台现状[J].动物学研究,2012,33(6):574-585. |
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| 作者姓名： | 叶丹丹 樊萌萌 关琼 陈红菊 马占山 |
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| 作者单位： | 中国科学院昆明动物研究所 遗传资源国家重点实验室 计算生物学与医学生态学研究组;红河学院数学学院 |
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| 基金项目： | 中国国家自然科学基金(批准号:61175071);云南省高端科技人才项目;云南省海外高层次人才项目;中国科学院“计算进化-自然进化”协同研究云南省创新团队 |
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| 摘 要： | 由Handelsman et al(1998)提出的宏基因组(metagenome)泛指特定环境样品(例如:人类和动物的肠道、母乳、土壤、湖泊、冰川和海洋等环境)中微生物群落所有物种的基因组。宏基因组技术起源于环境微生物学研究,而新一代高通量测序技术使其广泛应用成为可能。与基因组学研究相类似,目前宏基因组学发展的瓶颈在于如何高效分析高通量测序产生的海量数据,因此,相关的生物信息学分析方法和平台是宏基因组学研究的关键。该文介绍了目前宏基因组研究领域中主要的生物信息学软件及工具;鉴于目前宏基因组研究所采用的"全基因组测序"(whole genome sequencing)和"扩增子测序"(amplicon sequencing)两大测序方法所获得的数据和相应分析方法有较大差异,文中分别对相应软件平台进行了介绍。
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| 关 键 词： | 宏基因组学 扩增子测序 全基因组测序 生物信息学平台 高通量测序技术 |
A review on the bioinformatics pipelines for metagenomic research |
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| YE Dan-Dan,FAN Meng-Meng,GUAN Qiong,CHEN Hong-Ju,MA Zhan-Shan.A review on the bioinformatics pipelines for metagenomic research[J].Zoological Research,2012,33(6):574-585. |
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| Authors: | YE Dan-Dan FAN Meng-Meng GUAN Qiong CHEN Hong-Ju MA Zhan-Shan |
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| Institution: | 1,* (1.Computational Biology and Medical Ecology Lab, State Key Laboratory of Genetic Resources and Evolution, Kunming Institute of Zoology, Chinese Academy of Sciences, Kunming Yunnan 650223, China; 2. College of Mathematics, Honghe University, Mengzi Yunnan 661100, China) |
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