| 农作物钾离子通道基因的生物信息学分析 |
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| 引用本文： | 鲁黎明. 农作物钾离子通道基因的生物信息学分析[J]. 西北植物学报, 2009, 29(12) |
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| 作者姓名： | 鲁黎明 |
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| 作者单位： | 四川农业大学,农学院,四川雅安,625014;植物生理学与生物化学国家重点实验室,北京,100094 |
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| 基金项目： | 国家植物生理生化重点实验室开放课题，四川省教育厅青年基金 |
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| 摘 要： | 以AtAKT1所编码的氨基酸序列为检索序列,通过对GenBank NR数据库以及EMBL、DDBJ、PDB数据库进行检索,发现水稻、小麦、大麦、玉米、烟草等作物中具有cds全长的34个疑似K~+通道基因.其中:水稻7个,玉米6个,烟草4个,马铃薯、胡萝卜、大麦各3个,葡萄、番茄各2个,蚕豆、小麦、油菜、甜瓜等各1个;有25个基因经过功能验证确定为K~+通道基因.利用比较基因组学,将剩余的9个基因确定为K~+通道基因.对34个K~+基因进化关系的分析表明,与AtAKT1的同源性较高的K~+通道基因为马铃薯的SKT1(相似性71%)、番茄的LKT1(相似性71%)、胡萝卜的DKT1(相似性69%)、烟草的NKT1(相似性62%).
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| 关 键 词： | 农作物 钾离子通道 同源性分析 比较基因组 |
Identification and Phylogenetic Analysis of Potassium Channel Transporters in Crops |
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| LU Li-ming. Identification and Phylogenetic Analysis of Potassium Channel Transporters in Crops[J]. Acta Botanica Boreali-Occidentalia Sinica, 2009, 29(12) |
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| Authors: | LU Li-ming |
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| Affiliation: | LU Li-ming1,2(1 Agronomy Department of Sichuan Agricultural University,Ya'an,Sichuan 625014,China,2 State Key Laboratory of Plant Physiology , Biochemistry,Beijing 100094,China) |
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| Abstract: | 34 genes with complete cds related to plant potassium transporter families have been identified in rice,wheat,barley,maze,tobacco etc by comparative genome analysis across GenBank NR,EMBL,DDBJ,PDB database.Among these genes,7 is from rice,6 from maze,4 from tobacco,3 from potato,barley,and carrot respectively,2 from grape and tomato,respectively,one from broad bean,wheat,rape and muskmelon respectively.Out of which,25 genes were functionally identified by experiments.Phylogenetic analysis showed that genes ... |
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| Keywords: | crops potassium channel phylogenetic analysis comparative genome analysis |
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