| 摘 要： | ![]()
布渣叶,岭南特色"药食两用"植物,广泛分布于广东、广西和海南等省区。为评价布渣叶的基因型多态性,加强种质资源保护与开发,本研究基于布渣叶转录组数据,筛选和分析了其SSR位点,并进行了相应的引物设计。研究首先采用RNA-Seq技术分析了布渣叶花、果、芽、茎和叶样品,de novo组装了布渣叶转录组。然后,采用MISA软件在布渣叶转录组数据中搜索SSR位点,分析其组成特征。最后,通过Primer 3设计并筛选相应的引物。结果,RNA-Seq高通量测序所得到的clean reads经Trinity组装后得到48 094个unigene,在4 868(10.12%)条unigene共检出5 841个SSR位点。其中,二核苷酸和三核苷酸串联重复单元的含量达到80%以上。AG/CT和GA/TC占二核苷酸串联重复单元总体的48.43%;三核苷酸串联重复单元中,GAA/TTC、AGA/TCT和AAG/CTT占到39.02%。总体而言,此次检索得到的串联重复单元大多长度短且重复次数高,SSR长度主要在12~20 bp间,具有可用性强,高多态率的特点,为布渣叶的遗传图谱构建与遗传多样性研究等提供了参考依据。
|
