濒危赤水凤仙花叶绿体基因组特征及系统发育分析

【目的】研究赤水凤仙花的叶绿体基因组结构特征与系统发育位置,以期为赤水凤仙花植物种质资源保护、遗传多样性和系统发育研究提供科学依据。【方法】以中国特有种——赤水凤仙花为材料,基于赤水凤仙花叶绿体基因组序列,利用生物信息学软件,对叶绿体基因组进行组装、注释、基因特征、序列重复和系统发育分析。【结果】（1）赤水凤仙花叶绿体基因组呈典型的四分体结构,总GC含量37%,长152 892 bp;共编码113个基因,包括88个蛋白质编码基因、8个rRNA基因和17个tRNA基因。（2）共检测到76个SSR序列,以A、T组成为主;检测到50 842个密码子,其中以亮氨酸（Leu）最多,色氨酸（Tyr）最少。（3）凤仙花属分为2个亚属,为棒凤仙花亚属与凤仙花亚属,赤水凤仙花为棒凤仙花亚属且与太子凤仙花亲缘关系最近。【结论】赤水凤仙花为典型的四分体结构,SSR序列以A/T单碱基为主;系统发育分析结果将其归为棒凤仙花亚属。