SSCP analysis of pig mitochondrial DNA D-loop region polymorphism

The sequence polymorphism that occurs in the mitochondrial DNA (mtDNA) displacement (D)-loop region is useful as a cytoplasmic DNA marker. We cloned the mtDNA D-loop regions of five breeds of pig by polymerase chain reaction (PCR) and determined their sequences. The sequence diversities in D-loop regions among five breeds of pig were located in the starting area of heavy-strand replication. From these sequences, we designed primers for PCR-mediated single-strand conformation polymorphism (PCR-SSCP) analysis that amplified the most polymorphic 227 bp fragment of the D-loop region. The results of PCR-SSCP analysis clearly showed that four types of polymorphism (A to D) are found in Landrace (A), Large White (A, B), Duroc (A), Göttingen miniature pig (B) and Meishan (C, D). The same polymorphisms were also detected from each porcine embryo by this method. Our results show that PCR-SSCP analysis is useful in detecting polymorphisms in the D-loop region of pigs and pig embryos.     

兴义鸭LPL基因外显子8多态性与生长和肉质性状的关联性分析

脂蛋白脂酶(LPL)是动物脂质沉积和新陈代谢的关键酶,对生长和肉质发挥着重要作用。试验采用PCR-SSCP法和DNA直接测序技术相结合对兴义鸭L PL基因外显子8进行多态性检测,并分析其多态与生长和肉质性状的关联性。结果表明,在兴义鸭L PL基因外显子8首次检测到1个T1251C同义突变,产生三种基因型TT、TC和CC,2个等位基因T和C,基因型TT和等位基因T的频率分别为0.8077和0.8750,多态信息含量为0.1948,表现为低度多态,卡方(字2)检验表明T1251C位点的基因型分布在兴义鸭中未偏离Hardy-Weinberg平衡。最小二乘分析显示,TT基因型个体的宰前体重显著低于CC基因型(p<0.05),胸宽显著低于TC基因型(p<0.05),推测等位基因C可能是兴义鸭生长性状的有利等位基因,可作为生长性状的一个标记性辅助选择位点。     

大绿蛙Sox基因和Dmrt基因的PCR-SSCP分析

Sox基因家族与Dmrt基因家族在胚胎发育及性别分化中起着重要作用。本文采用PCR方法,扩增了大绿蛙Sox基因和Dmn基因的保守区,分别获得长约220bp和150bp的片段;SSCP分析结果显示大绿蛙Sox基因、Dmrt基因雌雄个体片段无差异,与人的有较大差异。本研究为探讨大绿蛙的性别决定机制及Sox基因与Dmrt基因的进化提供了分子资料。     

PCR-SSCP技术的研究及应用进展

阐述了SSCP技术的建立与发展过程;概述了PCR-SSCP技术的原理、方法、优缺点及突变技术研究进展;总结了PCR-SSCP技术在多个领域中(动物育种、基因突变、基因诊断、基因图谱和连锁分析等)的应用情况;分析了PCR-SSCP技术在分子生物学研究领域中的作用。     

PCR-SSCP技术在微生物分类鉴定中的应用

PCR-SSCP是利用DNA单链构象具有多态性进行基因检测的一种分析技术,该技术敏感性高、操作简便,广泛应用于多种基因突变的检测和基因多态性分析,近年来,PCR-SSCP技术被大量应用于微生物学的研究中。综述了该技术的基本原理并主要对其在微生物学分类鉴定中的应用作了总结。     

乐至黑山羊PRLR基因外显子10多态性与产羔数的关系研究

设计2对特异性引物对乐至黑山羊PRLR基因第10外显子进行了PCR-SSCP检测,并研究该基因与产子性能的相关性。结果表明,P1引物扩增片段不存在多态性;P2引物扩增片段存在多态性,表现为AA,AB,AD和CD 4种基因型,测序结果表明,4种基因型都在该片段第89、94、146和157位存在C→T、A→C、C→G、G→C的突变;此外AA型还在61位发生C→T的突变;AD型还在175位发生A→G的突变;CD型还在24位发生T→C的突变,96位发生C→T的突变,通过统计分析发现AD型平均产羔数优于其他3种基因型,并且与AB型差异达到显著水平(P<0.05)。因此认为PRLR基因对于乐至黑山羊产子性能有一定的影响。     

甘肃肉羊新品种选育群GDF9基因外显子2多态性及其与产羔性状关联分析

根据GenBank发布的绵羊GDF9基因外显子2的序列设计4对引物,采用PCR-SSCP技术分析GDF9基因外显子2在甘肃内羊新品种选育群羊中的单核苷酸多态性,并与产羔性状进行关联分析.结果表明,GDF9基因的扩增片段在所检测的新品种群羊中存在PCR-SSCP多态性,检测到3种基因型(AA、AB和BB),而在32只无角陶赛特母羊群中只检测到AA和AB基因型.测序结果显示,GDF9基因编码区第978位碱基发生A→G突变,但没有导致氨基酸的改变;第994位碱基发生G→A突变,导致Ⅴ变成Ⅰ(缬氨酸→异亮氨酸).新品种选育群羊产羔数的最小二乘均值关系为AB＞ AA＞ BB,统计分析结果初步表明3种基因型之间差异不显著(P＞0.05).故该区域可能不是影响新品种群羊繁殖力的功能结构区城.     

两种蛙Sox基因的PCR-SSCP分析

采用PCR技术,以参考人SRI,基因HMG-box的保守区序列而设计一对特异引物,扩增了黑斑蛙和金线蛙的Sox基因。结果两种蛙的雌雄个体均扩增出217bp的基因片段,与人对照相同。对扩增产物进行SSCP分析显示,两种蛙雌雄个体间的单链迁移率相同,两种蛙之间差异较小,而与人有较大差异。测序表明,两种蛙的Sox序列之间以及与各类物种的Sox基因都有非常高的相似性,充分显示出Sox基因在系统进化上的高度保守性。     

猪H-FABP基因PCR-SSCP分析

应用PCR-SSCP方法分析了H-FABP基因在山西白猪、马身猪、大白猪、长白猪和杜洛克猪5个猪种的多态性。结果表明:在H-FABP基因内含子1中发现了多态位点,该位点上具有两个等位基因A和B,马身猪BB基因型频率最高,B等位基因频率明显高于A等位基因频率;其余4个猪种AA基因型频率最高。序列测定的结果表明,SSCP的变异是由碱基C→T的替换造成的。