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玉米C4型NADP—ME的生物信息学分析 总被引:2,自引:0,他引:2
利用生物信息学软件对GeneBank上注册的玉米C4型NADP-ME进行氨基酸组成、功能域、二级结构、疏水性、导肽、亚细胞定位、蛋白质功能及系统进化分析和预测.结果表明,NADP-ME蛋白是等电点为6.09的亲水性不稳定蛋白,包含一个结合NAD(P)的结构域和一个N-末端区域,属于裂解酶类,具有能量代谢的功能,定位于叶绿体中;α螺旋和不规则卷曲是其蛋白质二级结构的主要结构元件,β折叠和伸展链散布其中;玉米C4型NADP-ME与高粱、水稻等植物的NADP-ME基因有较高的同源性. 相似文献
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以王百合为试验材料,通过同源克隆和巢式PCR方法从4℃低温诱导的王百合试管苗中分离得到了王百合GPAT基因的保守区序列,采用DNAman软件和BLASTN对该序列进行分析并分别从蛋白和基因角度分析了GPAT基因在4℃冷诱导情况下的表达情况.结果显示:(1)该保守区长744 bp,推测其编码247个氨基酸,氨基酸序列存在1个高度保守的区域(WIAPSGGRDRP),经过Blast比对分析发现,该保守区序列为LPLAT基因超级家族酶类的催化活性区,此家族多为催化酰基辅酶A(acylCoAs)或者酰基载体蛋白(acylACPs)中的酰基与受体蛋白结合的酰基转移酶类.(2)冷诱导促进GPAT基因的表达,随冷诱导时间延长,基因表达量不断增大,诱导4 h有大量表达,16 h表达量达到最高,16 h之后表达量随着冷诱导时间的延长逐渐下降,72 h时的表达量与0 h处理时基本一致.研究表明,GPAT在百合抵抗冷胁迫的过程中具有重要的作用. 相似文献
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应用降落PCR和正交设计优化AtSUC9 PCR反应体系 总被引:1,自引:0,他引:1
目的:建立最适的AtSUC9 PCR反应体系。方法:应用降落PCR和正交设计,从Mg2 、dNTPs、引物、甘油4种因素3个水平,对拟南芥AtSUC99 PCR反应体系进行优化。结果:确立了适合拟南芥AtSUC99 PCR反应体系:在20μl反应体系中,含模板1μg,引物(20μmol/L)0.5μl,dNTPs(10mmol/L)0.3μl,10×PCRbuffer2μl,Mg2 (25mmol/L)1.2μl,TaqDNAPolymerase1U,甘油10μl。结论:降落PCR和正交设计是一种有效的植物基因PCR体系优化方法。 相似文献
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通过转录组测序技术,在甜高粱糖分累积的关键时期寻找甜高粱和普通高粱组织间差异表达的相关基因,通过相关基因的功能注释及相关联的Pathway代谢通路分析,进一步筛选与糖分积累与代谢相关的基因,以利于为充分挖掘甜高粱的生物学潜能,改良高粱品种提高其茎杆的糖含量打下坚实基础。以甜高粱辽甜1号和粒用高粱新苏2号为材料,对甜高粱与粒用高粱在成熟期进行叶片转录组数据测序分析并比较,测序结果如下,共得到71.98 M条reads,总碱基数14.54 Gb。使用Cufflinks软件对reads进行组装,共发掘出1 562个新基因。通过差异表达筛选出3 115个差异基因,其中1 499个上调,1 616个下调。对差异基因进行GO、COG分类和KEGG代谢途径富集性分析,将这些差异表达基因归类于包括淀粉与蔗糖代谢途径在内的94个代谢途径,从淀粉与蔗糖代谢通路(Pathway ID:Ko00500)中取β-呋喃果糖苷酶、蔗糖合成酶、果糖激酶的5个差异基因分别为Sb06g031910、Sb06g023760、Sb01g035890、Sb01g033060和Sb10g0082805进行实时荧光定量分析,发现这些基因在不同生育时期的表达与其对应酶类的活性有紧密的联系,推测这些基因在甜高粱叶片的蔗糖合成及积累过程中发挥着至关重要的作用。 相似文献
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通过转录组测序技术,在甜高粱糖分累积的关键时期寻找甜高粱和普通高粱组织间差异表达的相关基因,通过相关基因的功能注释及相关联的Pathway代谢通路分析,进一步筛选与糖分积累与代谢相关的基因,以利于为充分挖掘甜高粱的生物学潜能,改良高粱品种提高其茎杆的糖含量打下坚实基础。以甜高粱辽甜1号和粒用高粱新苏2号为材料,对甜高粱与粒用高粱在成熟期进行叶片转录组数据测序分析并比较,测序结果如下,共得到71.98 M条reads,总碱基数14.54 Gb。使用Cufflinks软件对reads进行组装,共发掘出1 562个新基因。通过差异表达筛选出3 115个差异基因,其中1 499个上调,1 616个下调。对差异基因进行GO、COG分类和KEGG代谢途径富集性分析,将这些差异表达基因归类于包括淀粉与蔗糖代谢途径在内的94个代谢途径,从淀粉与蔗糖代谢通路(Pathway ID:Ko00500)中取β-呋喃果糖苷酶、蔗糖合成酶、果糖激酶的5个差异基因分别为Sb06g031910、Sb06g023760、Sb01g035890、Sb01g033060和Sb10g0082805进行实时荧光定量分析,发现这些基因在不同生育时期的表达与其对应酶类的活性有紧密的联系,推测这些基因在甜高粱叶片的蔗糖合成及积累过程中发挥着至关重要的作用。 相似文献