居群遗传结构研究中显性标记数据方法初探

为对比显性标记应用于居群遗传结构研究时不同统计参数的适用性,利用RAPD技术对中国5个居群的100个疣粒野生稻个体进行了遗传结构分析。在衡量居群遗传多样性水平时,多态位点比率（PPB）会低估遗传变异的量,其价值不如Shannon多样性指数和Nei基因多样性指数,而采用Nei指数时不必进行Lynch-Milligan矫正。对个体间遗传关系进行分析时,17种遗传相似性指数矩阵两两之间的Mantel检测都表现出极显著的相关性（r＞0.95,t＞t     

云南松居群遗传学研究的等位酶分析方法

针对１５个云南松Ｐｉｎｕｓｙｕｎｎａｎｅｎｓｉｓ居群,开展了１４种酶系统的水平切片淀粉凝胶电泳实验,在谱带遗传分析的基础上确定了３３个等位酶位点及其等位基因。其中有３２个等位酶位点是多态的（有２个以上的等位基因）,只有一个单态位点Ｄｉａ－４。有３个等位基因的位点有Ｌａｐ－１、Ｌａｐ－２、Ａａ－３、Ｓｋｄ－１、Ｓｋｄ－２、Ａｄｈ－１、Ａｄｈ－３、Ｇｄｈ、Ｐｇｄ－１、Ｐｇｍ－１、Ｐｇｍ－３、Ｐｇｉ－１、Ｐｇｉ－３、Ｍｄｈ－１、Ｍｅ、Ｇ６ｐｄ、Ｄｉａ－１、Ｔｐｉ－１、Ｔｐｉ－２、Ｔｐｉ－３和Ｔｐｉ－４,有４个等位基因的位点有Ｓｋｄ－３、Ａｄｈ－２、Ｐｇｄ－２、Ｍｄｈ－２、Ｍｄｈ－３、Ｍｄｈ－４和Ｄｉａ－２,有５个等位基因的位点有Ａａｔ－１和Ｄｉａ－３。云南松居群的等位基因平均数Ａ＝２１,在松属中居于中上水平。本研究揭示了云南松居群酶位点及其等位基因带谱的变异式样,为松属植物的遗传多样性研究提供了一批酶位点及其等位基因的参考图谱     

中国疣粒野生稻的分布、濒危现状和保护前景

继1978-1982年全国野生稻普查后,又一次对中国疣粒野生稻（Oryza granulata (Nees et Arn.Ex Watt.））主要分布点的居群特征、濒危现状和破坏情况进行了野外生态学研究。由于行政区划的改变,目前疣粒野生稻在中国分布的市（县）达30个。它在群落盖度为90%-210%下生长良好,具有抗旱和适应中度干扰的能力。聚集参数分析表明在群落中居群以集群分布为主。该物种主要通过重力和动物传播种子,居群间的基因流有限,形成了典型的集合种群（metapoulation）结构。生境丧失对疣粒野生稻的生长造成非常严重的后果,巳有12.9%的疣粒野生稻居群灭绝,83.9%的居群处于中度和重度的干扰之下。由于各地区的破坏程度不平衡,目前疣粒野生稻的分布被压缩到海南省的西南部山区和云南省和澜沧江中下游、南汀河流域,面临热区开发的巨大威胁。研究中建立了中国疣粒野生稻的总DNA库,作为易位保护的手段之一和开展保护遗传学研究的基础;并讨论了居群遗传结构与居群分布格局之间的相互关系和保护中需注意的问题。     

采用RAPD和ISSR标记探讨中国疣粒野生稻的遗传多样性

用随机扩增多态ＤＮＡ（ＲＡＰＤ）和ｉｎｔｅｒ－简单重复序列（ＩＳＳＲ０标记对分别来自中国海南和云南２０个居群的疣料野生稻（Ｏｒｙａｚ ｇｒａｎｕｌａｔａ （Ｎｅｅｓ ｅｔ Ａｒｎ． ｅｘ Ｗａｔｔ．））混合样品,以及海南（Ｍ５）和云南（Ｍ２７）２个居群各２０个植株的遗传多生进行了检测。在混合取样的居群中,２０个ＲＡＰＤ引物和１２个ＩＳＳＲ引物分别扩增出２０９个１２２条带,多态条带比率９ＰＰＢ）分别     

《微生物学通报》与中国植物相关细菌研究40年

基于《微生物学通报》创刊40年来发表的植物相关细菌研究论文的数量与内容,对该领域研究在国际和国内的发展进行了初步总结和对比。提出了学术期刊与研究方向相互合作,共同提高的可能方式。     

采用RAPD和ISSR标记探讨中国疣粒野生稻的遗传多样性

Random amplified polymorphic DNA (RAPD) and inter-simple sequence repeat (ISSR) methods were applied to detect genetic variation of 20 bulking samples and two individually sampled populations of Oryza granulata (Nees et Arn. ex Watt.) from China (M5 from Hainan Province and M27 from Yunnan Province). For the bulking sampled populations, 20 RAPD and 12 ISSR primers generated 209 and 122 bands, of which 134 (64.11%) and 89 (72.95%) were polymorphic respectively. For population M5, 146 and 95 bands were generated with 21.48% and 34.78% being polymorphic (PPB). For population M27, 151 (PPB = 17.22%) and 94 (PPB = 19.15%) bands of RAPD and ISSR were obtained. The results indicated that the level of genetic variation of O． granulata was lower than other species detected in the genus Oryza. UPGMA cluster based on genetic similarity and principle component analyses (PCA) based on band patterns divided the populations into two groups corresponding to their sources, which revealed that the majority of genetic variation of O. granulata occurred between Hainan and Yunnan. Consequently, more populations of the species should be considered for a reasonable conservation management. Comparison between the two marker systems showed that ISSR was better than RAPD in terms of reproducibility and ability of detecting genetic polymorphism. Mantel test revealed that the goodness of fit between them was significant (r=0.917, t=12.718) when detecting genetic diversity at species level, but was poor at population level (r<0.200). The discrepancy was considered as the facts that different fragments were targeted by RAPD and ISSR, and that evolutionary process of O. granulata varied at different hierarchical levels.     

细菌的“IQ”?

正细菌"IQ"的研究是一个非常迷人的前沿领域。虽然科学家们已经兢兢业业地探索了近30年时间,而且已经获得了很多有价值的发现,但这还刚刚只是个开始。有很多更有趣的科学问题仍然等待人类去解决。什么是细菌的"IQ"对于单细胞生命的细菌而言,它们自然没有传统意义上的"IQ",你大可不必拿着一份"细菌IQ测试表"请细菌们当场、限时填完,然后再给它们的聪明程度排个序。然而,如果从感知世界这个角度来看,细菌     

鉴定cyclic di-GMP效应蛋白：高通量筛选策略与实验验证方法

环二鸟苷单磷酸(cyclic di-GMP或c-di-GMP)是细菌细胞中广泛存在的第二信使,调控细菌生物被膜发育、致病力、运动性、胞外多糖产生及细胞周期在内的诸多重要生理表型。c-di-GMP通过结合多种类型的效应子(包括核糖开关或效应蛋白)来发挥调控功能。由于c-di-GMP分子在构象上具有多变性,其结合的效应子同样具有多样性。新型效应蛋白的筛选、鉴定是当前细菌信号转导领域的研究热点和难点,也是解析c-di-GMP调控机制的首要环节。本文在阐述c-di-GMP结合不同类型的效应蛋白并调控细菌生物被膜发育的基础上,综述了目前筛选c-di-GMP效应蛋白的方法,包括遗传筛选、亲和色谱结合质谱鉴定、DRa CALA系统鉴定以及基于分子对接的预测等。同时,对验证c-di-GMP效应蛋白的技术,如等温微量热滴定、表面等离子共振、微量热泳动在内的多种验证方法进行了总结,对比了这些策略和方法在应用上的优、缺点,为在细菌及其真核宿主基因组水平鉴定c-di-GMP效应蛋白的研究提供参考。     

Biofilm与c-di-GMP专刊序言——微生物的社会性、c-di-GMP调控及研究新技术

生物被膜(Biofilm)是微生物生存的主要形式。它是一种或多种微生物通过胞外多糖、胞外DNA、蛋白质等组成的基质聚集在一起形成的细胞多聚体。生物被膜中的微生物细胞之间存在密切的信号通讯,并且表现出与浮游生活时完全不同的生理代谢特征,其发育过程受到环二鸟苷单磷酸(c-di-GMP)等细胞第二信使的控制。由于生物被膜在基础生命科学和医疗、工业、农业、环境治理等应用科学中的重要性,相关研究是微生物学领域的前沿之一。本期专刊从生物工程、研究技术、感染与免疫、环境生物学和植物病理学等角度,较系统地对生物被膜的形成机制、调控分子机理、理化特性和应用技术等进行了综述或研究,展示了我国在本领域的研究水平,同时也对本领域未来发展趋势进行了有益的讨论。     

基因组时代生态-遗传学科交叉的现状与前景

生态学与遗传学的学科交叉首先建立在种群概念基础上,文献统计表明,目前这方面的研究以揭示种群遗传结构的形成和维持机制为主要方向,同时开始注重关键生化途径与环境适应之间的关系。基因组学的快速发展,为系统研究生理代谢在生态适应过程中的作用提供了可能性。分离具有重要生态学意义的基因,并对比近缘类群中基因表达模式的差异成为生态 遗传学科交叉的新生长点。在对研究实例进行分析后提出了此类研究的特点,同时从研究思路、分析方法和研究侧重点方面讨论了生态学在新学科交叉领域中所具有的重要价值。