基于深度卷积神经网络识别可变剪接位点

可变剪接源于多外显子基因生成多个转录本的调控过程。随着高通量测序,尤其是RNA-seq的研究进展,剪接序列和剪接位点可以通过挖掘海量的测序数据进行预测。可变剪接现象拓宽了人们对基因结构和蛋白质亚型的知识。然而现有的短序列比对软件受到随机性比对的影响,产生很多假阳性剪接位点,干扰下游数据分析。本研究发现,可变剪接位点周边序列的结构特征可被深度学习模型提取,并利用深度卷积神经网络识别剪接位点。本研究的模型具有识别率高、计算速度快,模型泛化能力强、鲁棒性高等优势。     

三江源国家公园兽类物种多样性及区系分析

为了解三江源国家公园野生兽类的分布现状,2015-2017年对园区进行了实地调查。根据调查结果并参考相关文献资料,三江源国家公园内野生兽类共62种,分别隶属8目19科44属。园区内兽类呈现出物种多样性高,珍稀濒危物种多,特有种多的特点：三江源国家公园内的兽类物种多样性G-F指数为0.77,表明该区域物种多样性处于很高水平。根据中国物种红色名录,20个物种受威胁（极危、濒危和易危）,比例为32.26%,远高于国家整体水平;中国或青藏高原特有种29种,占46.77%。三江源国家公园在动物地理区划上属于古北界青藏区,在地理分布型上,以古北界成分为主,东洋界成分为辅,以古北界高山型成分最多,有25种,且资源量大,表明三江源国家公园的兽类以适应高寒气候的特殊种类为主。3个园区的平均动物区系相似性比较结果表明,长江源园区与澜沧江源园区为共同关系,黄河源园区与长江源园区和澜沧江源园区为密切关系。近些年,三江源地区的兽类保护工作取得了很好的效果,并得到国内外认可,本研究结合园区生物多样性和区系特点,根据保护现状,提出了今后的监测保护建议。     

卷曲乳杆菌对三种结肠上皮细胞的粘附性

目的研究卷曲乳杆菌对3种结肠上皮细胞(SW480细胞、SW620细胞、LOVO细胞)的粘附性。方法将处于对数生长期的卷曲乳杆菌A7分别与SW480细胞、SW620细胞、LOVO细胞进行体外粘附试验,革兰染色后显微镜观察卷曲乳杆菌A7对3种结肠上皮细胞的粘附结果并计数。结果卷曲乳杆菌A7对3种结肠上皮细胞的粘附均具有显著性,其中对于SW480细胞和LOVO细胞的粘附性明显高于SW620细胞。结论卷曲乳杆菌A7对SW480细胞、SW620细胞、LOVO细胞均具有较强的粘附性,提示该菌株有望成为肠道益生菌的新成员。     

急性胰腺炎患者腹腔镜胆囊切除术的时机研究

目的：探讨急性胰腺炎胆囊切除术的有效性及时机。方法：分别对患有急性胰腺炎而进行腹腔镜胆囊切除的38例患者的临床信息进行了研究。结果：首先对38例病人进行了3-15天非手术的保守治疗,当临床症状和表征基本消失,血、尿中的淀粉酶接近正常水平时,进行胆囊切除。手术时间为30分钟到90分钟（平均时间60分钟）,手术中无转化和严重并发症症状发生。对这38例病人随访6到56周后无复发现象发生。结论：当临床症状和表征基本消失,血、尿中的淀粉酶接近正常水平时,急性胰腺炎胆囊切除术是有效且可行的。在中国患有急性胰腺炎的患者中,进行腹腔镜胆囊切除的占50％～70％。胆结石治疗取决于患者胰腺炎的严重性,及患者是否患有梗阻性黄疸。对于非梗阻性胰腺炎的患者,早期是否要进行明确的手术治疗尚无定论。我院患有急性胰腺炎的38例患者进行腹腔镜胆囊切除术（2004年2月到2009年4月之间）后取得了满意的效果。详情如下。     

柑橘木虱成虫趋光行为反应

柑橘木虱Diaphorina citri Kuwayama是柑橘黄龙病(huanglongbing,HLB)的重要传播媒介。为了利用灯光诱控技术防治柑橘木虱,本实验于室内条件下研究柑橘木虱对波长为360 nm、400 nm、440 nm、480 nm、520 nm、560 nm和600 nm的LED光源和不同光照强度趋光行为反应。结果表明:柑橘木虱对7种单色光都有正趋向性。其中雌雄混合存在时对400 nm的紫光趋向性最强,其次是560 nm的绿光;单独处理时,雌成虫对400 nm的紫光趋性最强,其次是520 nm的绿光,雄成虫则是对520 nm的绿光趋性最强,其次是400 nm的紫光。在200μw/cm 2到1000μw/cm 2的光照强度范围内,随着光照强度的增大,柑橘木虱雄成虫趋光行为逐渐增强,在光照强度为1000μw/cm 2时趋光行为最强,但雌成虫趋光行为变化不明显。该研究表明:柑橘木虱雌雄成虫具有明显的正趋光性,且对光谱和光强的反应存在差异。这一结果可为柑橘木虱田间的灯光诱控提供实验依据。     

海洋酸化对微藻关键生理过程的调控机制及环境因素的影响

人类活动排放大量的CO₂通过海气界面进入海洋,打破原有海水碳酸盐平衡进而造成海洋酸化(OA)。OA会影响海水和海洋污染物的理化性质,进而对生活在海洋表层的浮游藻类生理过程产生显著调控作用。海洋微藻作为海洋中主要的初级生产者,其生理功能与过程的正常进行对于海洋生态系统具有重要作用。本文综述了OA对海洋微藻光合固碳、钙化过程、固氮作用3个关键生理过程的调控作用和具体机制,总结了OA条件下,环境因素(如太阳辐射、温度、营养元素)对微藻生理过程和生长的影响,以及OA通过改变典型海洋污染物(如有机污染物、重金属、微塑料)的环境行为而对微藻生理过程的调控作用。最后,结合研究现状,对未来需要开展的研究方向进行展望。本文为进一步了解OA对海洋生态系统的潜在影响提供了重要信息。     

长江口崇明东滩盐沼湿地围堤工程对底栖动物群落的影响

长江口崇明东滩盐沼湿地围堤工程是以清除入侵植物互花米草为目的而进行的生态修复工程。由于大型底栖动物可作为重要的环境指示生物,分析比较了围堤前后围堤工程内和工程外大型底栖动物群落结构及多样性的变化。结果表明,在2013年围堤工程前和2016年围堤工程后两次调查共采集到大型底栖动物29种,分别隶属于无针纲、多毛纲、腹足纲、双壳纲、甲壳纲和昆虫纲。在2013和2016年围堤外光滩生境分别采集到底栖动物21种和27种,并且所有样线都表现出物种数量增加或持平;然而在围堤内区域,两条全封闭样线(样线2和样线3)由围堤前的12种减少到围堤后的6种,而在保留进出水口的半封闭样线1围堤内由围堤前7种增加到围堤后12种。底栖动物平均密度在半封闭样线1围堤内由围堤前的(75±0)个/m^2增加到围堤后的(288±111)个/m^2(P=0.091),在全封闭的样线2(2013:(120±17)个/m^2;2016:(7±7)个/m^2)和样线3(2013:(359±20)个/m^2;2016:(93±93)个/m^2)围堤内都表现出围堤前显著高于围堤后(P<0.05);围堤外光滩区域所有样线虽然没有显著性差异,但是都表现出围堤后密度增加,总平均密度由围堤前的(410±83)个/m^2增加到2016年的(1184±393)个/m^2(P=0.072)。因此,在长江口盐沼湿地进行互花米草生态治理的围堤工程,保留进出水口保持围堤区域与外界自然水域的连通性对围堤内底栖动物结构及多样性有积极作用,而围堤外底栖动物结构及多样性在所有样点均处上升趋势。围堤工程主要对软体动物和多毛类影响较大,而同时这些物种还是鸟类或者鱼类的重要食物资源,从而对鸟类和鱼类等次级消费者造成影响。从底栖动物群落变化及其生境来看,建议应该采取保留进出水口的围堤方式,维持潮水的出入,恢复围堤内与围堤外的生境连通性。     

弱硅化腕足类化石酸处理方法的改进

本文介绍了一种获取灰岩中弱硅化腕足类化石的酸处理方法。以四川省布拖县浪珠乡万吨山剖面上奥陶统铁足菲克组近顶部的生屑灰岩为实验对象, 通过准备样品、悬吊样品、配酸解液、酸解样品等实验流程, 配合遮盖液(如二乙酸纤维素丙酮溶液)的使用, 可获得保存精美的、弱硅化的腕足类实体化石, 且该化石保存有主突起、铰齿和匙形台等重要的细小结构。相较于传统方法, 该方法可获取硅化程度更低的壳相化石。该方法为灰岩中其他多门类弱硅化保存的化石之酸解分析提供了新思路和参考。     

软腐白菜细菌群落结构多样性与生长环境的相关性

[目的]通过对比分析不同生境白菜软腐病变组织与根系土壤相关细菌的群落结构,探讨白菜软腐细菌种群的多样性,以及与生境土壤细菌种群的相关性.[方法]样品采自河南省2个不同生态型白菜田,以成熟白菜软腐组织及病株根系土壤为目标,利用模拟原环境的培养基成分和条件,对样品中的细菌进行高通量分离培养和细胞16S rRNA基因序列比对分析,获得各样品细菌种群结构及其丰度,进而对各样品的优势菌群进行对比分析.[结果]两种不同生境白菜软腐组织细菌总量M05T为4.0×l0s cell/g、Q2T为1.2×1011 cell/g,分别获得纯菌56株和85株.M05T优势菌为萎蔫短小杆菌萎蔫亚种(Curtobacterium flaccunfaciens pv.Flaccumfaciens);Q2T优势菌为假单胞菌(Pseudomonas spp.)(柄木槿假单胞菌(P.hibiscicola)、台湾假单胞菌(P.taiwanensis)、托木尔假单胞菌(P.tuomuerensis)、莫塞尔假单胞菌(P.mosselii)).根系土壤细菌总量M05S为2.7 × 105 cell/g、Q2S为6.2 × 107 cell/g,分别获得纯菌36株和70株.M05S优势菌为巨大芽胞杆菌(Bacillus megatherium);Q2S优势菌为假单胞菌(Pseudomonas spp.)(香鱼假单胞菌(P.plecoglossicida)、栖木槿假单胞菌(P.hibiscicola)、类黄色假单胞菌(P.parafulva)、蒙氏假单胞菌(P.monteilii)、膝形假单胞菌(P.geniculata)).[结论]依据不同生境的白菜软腐组织和根系土壤细菌群落结构对比分析,认为白菜软腐菌可能具有多样性和多种致病来源,本研究为软腐病多种防治措施的制定提供基础研究和菌种资源.     

S100和GFAP在猫上丘表浅层表达差异的免疫组织化学观察

目的比较青、老年猫上丘表浅层（superricial Superior Colliculus,sSC）星形胶质细胞中S100蛋白与胶质原纤维酸性蛋白（glial fibrillary acidic protein,GFAP）表达的老年性变化,并探讨其在动物视觉功能衰退中的意义。方法采用免疫组织化学方法（SABC法）示青、老年猫上丘表浅层S100免疫阳性反应（S100-immunoreactive,S100-IR）细胞及胶质纤维酸性蛋白免疫反应阳性（GFAP-immunoreactive,GFAP-IR）细胞。光镜下观察、拍照,并利用Image-ProExpress图像分析软件对上丘表浅层各层S100和GFAP免疫反应阳性细胞密度及其灰度值进行测量。结果与青年猫相比,老年猫上丘表浅层中S100蛋白与GFAP表达均有不同程度的显著增强（P〈0.01）。结论衰老进程中,上丘表浅层出现S100、GFAP表达增强,星形胶质细胞存在明显的反应性活化与增生,这对维持上丘表浅层神经元的活性和神经元之间的通讯联系,从而延缓老年性视觉功能衰退具有重要意义。