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葡萄SBP基因家族生物信息学分析 总被引：5，自引：0，他引：5
SBP(squamosa promoter binding protein,SBP)基因家族是植物所特有的一类重要转录因子,广泛参与植物生长、发育以及多种生理生化反应的信号传导。葡萄是继拟南芥、水稻和杨树之后完成全基因组测序的第四种开花植物,因此葡萄逐渐成为分子生物学研究的重点对象,进行葡萄基因组信息挖掘与分析对于葡萄功能基因组学的发展具有重要意义。本文利用生物信息学方法对葡萄家族45条SBP蛋白序列的系统发生和SBP基因组定位进行分析,然后对其氨基酸组成成分、理化性质以及二级和三级结构进行预测和分析,同时还分析了葡萄与拟南芥的SBP基因家族之间的联系。结果显示这45条蛋白序列与拟南芥16个SBP基因蛋白序列一起分成了3个亚族,说明拟南芥与葡萄SBP基因间具有较高的保守性;进一步的基因组定位结果发现其分布在14条染色体上,较拟南芥在染色体上的分布更为分散。研究还发现不同亚家族间氨基酸数目、氨基酸序列间的疏水性存在一定的差异;而二级结构预测结果发现,41条氨基酸序列以随机卷曲为主要组成部分,这与拟南芥相似,且45条氨基酸序列三维结构十分相似。本文实验结果均为葡萄SBP基因家族的进一步功能分析提供了重要研究基础。 相似文献
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基于改良RAPD标记的花梅与果梅品种的遗传关系分析 总被引：2，自引：0，他引：2
为了探讨梅(Prunus mume Sieb.et Zucc.)的2种类型--花梅与果梅的遗传多样性,利用23条长度为11bp的随机引物以及严格筛选退火温度的改良RAPD-PCR优化体系对25个花梅和21个果梅品种的基因组总DNA进行了分析,并在此基础上采用UPGMA聚类方法对46个花梅与果梅品种间的遗传关系进行了分析.结果显示:使用重复性好、条带清晰且多态性强的23条随机引物,共从46个花梅和果梅品种基因组总DNA中扩增出131条带,其中多态性条带107条,多态性条带百分率达81.7%,说明花梅和果梅各品种间具有丰富的遗传多样性.聚类分析结果显示:46个花梅和果梅品种的遗传相似系数为0.63～0.83;在遗传相似系数0.66处,供试的46个品种被分为5组.A组包含6个果梅品种和11个花梅品种;B组仅包含4个花梅品种;C组包含16个品种,其中15个品种为果梅;D组仅包含4个花梅品种;E组也仅包含5个花梅品种.研究结果表明:花梅和果梅具有相近的亲缘关系,遗传背景相似. 相似文献
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