双绕蛋白质的分类与识别

蛋白质折叠识别是蛋白质结构研究的重要内容。双绕是α/β蛋白质中结构典型的常见折叠类型。选取22个家族中序列一致性小于25%的79个典型双绕蛋白质作为训练集,以RMSD为指标进行系统聚类,并对各类建立基于结构比对的概形隐马尔科夫模型(profile-HMM)。将Astral1.65中序列一致性小于95%的9 505个样本作为检验集,整体识别敏感性为93.9%,特异性为82.1%,MCC值为0.876。结果表明:对于成员较多,无法建立统一模型的折叠类型,分类建模可以实现较高准确率的识别。     

基于三维人脸模型及人工测量数据分析现代中国人群面部表型的性别差异

传统体质人类学研究中的样本采集方法是手工测量以及肉眼观察,采集过程中会存在较大的主观性,易产生误差,同时在采集大样本时费时费力。近年来,三维摄像系统被越来越多的应用于人脸分析,其优势是快速高效和准确,并且涵盖了传统测量方法无法精确获取的表型特征信息,可以更加细化地分析人脸表型特征和特征之间的相互关系。本研究探索性地基于三维人脸模型图像,利用曲率和邻域信息的点筛查方法定位了面部的一些关键测量点,建立一套简单、有效、准确率较高的三维人脸模型图像关键点定位方法,能较准确地定位98%以上的眼内角点和鼻尖点,并在此基础上确定了鼻根点、鼻下点、左右鼻翼点和鼻翼外侧最低点等其他面部关键点。并且还提出了在三维人脸模型图像基础上量化部分面部观察类表型特征,如鼻侧深度、鼻根高度、面部扁平度等,尝试性地将这些观察类性状转化为能够测量的性状,建立了一套可以计算的描述方法,具有一定的创新性。本研究还结合三维人脸模型提取数据和人工测量数据,探讨了现代中国人群(以江淮汉族为例)面部表型特征的性别差异,发现大多数面部表型特征在现代中国人群中都存在明显的男女性别差异,鼻侧深度、鼻根高度、面部扁平度的性别差异最为显著,其Z检验的p值均小于0.01。结果显示男性的鼻部整体比女性更大更前凸,而女性的面部更为扁平。     

阳离子-π相互作用在两种典型蛋白质折叠型中的偏好性

阳离子-π相互作用是一种在阳离子和芳香性体系之间形成的一种作用力。在蛋白质中,带正电荷的氨基酸(Lys、Arg)和芳香族氨基酸(Phe、Tyr、Trp)之间可以形成阳离子-π相互作用。对α/β类蛋白中两种典型折叠类型――单绕和双绕的研究表明:(1)单绕结构中阳离子-π相互作用的分布密度是双绕结构的2.3倍。(2)Arg-Phe组合偏好在双绕中出现,Arg-Tyr组合偏好在单绕中出现。(3)在单绕中除Lys-Phe组合外,其余5种组合的阳离子-π相互作用能量高于双绕的对应组合,其中以Arg-Trp组合的能量最高。(4)在单绕结构中,样本所含氨基酸残基数量和样本中阳离子-π的数量有明显的相关性,在双绕结构中没有发现类似的相关性。(5)在单绕和双绕结构当中,把阳离子-π相互作用能量分解为静电能和范德华力能揭示出静电能与范德华力能之比接近2∶1,静电作用在阳离子-π相互作用中起主要作用。     

药用真菌抗肿瘤活性及机制的研究进展

药用真菌的多种生物活性物质在抗肿瘤方面具有显著功效,且有副作用小或食药同源等特点。但目前其抗肿瘤作用机制多而复杂,尚未完全阐述清楚。该文主要对具有抗肿瘤作用的药用真菌种类、活性成分及其作用机制的研究进展进行综述。     

蛋白质折叠类型分类方法及分类数据库

蛋白质折叠规律研究是生命科学重大前沿课题,折叠分类是蛋白质折叠研究的基础。目前的蛋白质折叠类型分类基本上靠专家完成,不同的库分类并不相同,迫切需要一个建立在统一原理基础上的蛋白质折叠类型数据库。本文以ASTRAL-1.65数据库中序列同源性在25%以下、分辨率小于2.5的蛋白为基础,通过对蛋白质空间结构的观察及折叠类型特征的分析,提出以蛋白质折叠核心为中心、以蛋白质结构拓扑不变性为原则、以蛋白质折叠核心的规则结构片段组成、连接和空间排布为依据的蛋白质折叠类型分类方法,建立了低相似度蛋白质折叠分类数据库——LIFCA,包含259种蛋白质折叠类型。数据库的建立,将为进一步的蛋白质折叠建模及数据挖掘、蛋白质折叠识别、蛋白质折叠结构进化研究奠定基础。     

7-酮基胆甾醇-9-羧基壬烷通过SREBP1c通路缓解油酸诱导HepG2细胞脂质生成

本研究目的是为了探究7-酮基胆甾醇-9-羧基壬烷（OXL-1）对油酸诱导的HepG2细胞形成的非酒精性脂肪性肝病（NAFLD）细胞模型中脂质生成的潜在抑制作用。油红染色显示OXL-1能显著降低油酸诱导的甘油三酯（TG）和总胆固醇（TC）的脂质生成。基因芯片分析发现,与对照组相比,HepG2细胞经OXL-1处理后固醇调节元件结合蛋白1c（SREBP1c）、脂肪酸合酶（FAS）及乙酰辅酶a羧化酶α（ACCα）转录表达显著降低。相比较于对照组,OXL-1组甘油三脂减少56.87% ± 9.08%（P<0.01）,总胆固醇减少24.96% ± 5.45%（P<0.01）。同时也使SREBP1c、FAS和ACCα蛋白质表达水平降低。OXL-1组相比OA组,其SREBP1c、FAS和ACCα的蛋白质表达分别下调52.62% ± 6.38%（P<0.01）、51.14% ± 8.75%（P<0.01）和19.46% ± 3.64%（P<0.05）。结果说明,OXL-1可能经由SREBP1c、FAS和ACCα的转录和蛋白质水平的调控作用来阻止OA诱导的脂质蓄积。综上结果揭示,OXL-1可能在非酒精性脂肪肝病细胞模型中作为一种阻止脂质积累的新型化合物。