家蚕LTR逆转录转座子的鉴定、分类及系统发育分析

转座子是真核生物基因组的重要组成成分。为了研究家蚕Bombyx mori长末端重复序列 (long terminal repeat, LTR)逆转录转座子的分类及进化, 本研究采用de novo预测和同源性搜索相结合的方法, 在家蚕基因组中共鉴定出了38个LTR逆转录转座子家族, 序列长度占整个基因组的0.64%, 远小于先前预测的11.8%, 其中有6个家族为本研究的新发现。38个家族中, 26个家族有表达序列标签 (expression sequence tag, EST)证据, 表明这些家族具有潜在的活性。对有EST证据的6个家族和没有EST证据的5个家族用RT-PCR进行了组织表达谱实验, 结果表明这11个家族在一些组织中有表达, 这进一步证实了这些家族具有转录活性, 基于此我们推测家蚕中大部分的LTR逆转录转座子家族很可能具有潜在活性。对转座子的插入时间进行估计, 结果表明绝大部分元件都是最近1百万年内插入到家蚕基因组中的。我们还比较了黑腹果蝇Drosophila melanogaster、 冈比亚按蚊Anopheles gambiae和家蚕B. mori中Ty3/Gypsy超家族分支的差异, 结果表明不同枝在不同昆虫中有着不同的扩张。家蚕中LTR逆转录转座子的鉴定和系统分析有助于我们理解逆转录转座子在昆虫进化中的作用。     

毛竹漆酶基因PeLAC的克隆与表达分析

漆酶（LAC）对植物生长发育具有重要作用。本研究以毛竹（Phyllostachys edulis（Carr.） Lehaie）为实验材料,克隆获得毛竹漆酶基因PeLAC的cDNA和基因组序列,长度分别为1692bp和2785bp。该基因包含5个内含子和6个外显子;PeLAC蛋白编码563个氨基酸,推测的分子质量和等电点分别为62.3kD和9.056。系统进化分析表明,PeLAC与其它植物的漆酶具有较高的一致性。经预测PeLAC基因编码序列中含有miR397的靶点,利用RLM-5'RACE技术证明miR397对PeLAC能够准确切割,位点位于靶序列的第10~11位碱基之间。组织特异性分析表明,PeLAC基因在茎中表达丰度最高,根中次之,叶鞘中较少,叶片中几乎未检测到表达;随着笋高度的增加,PeLAC表达丰度上升,生长至15cm时达到最大值,30cm时又有所下降;而miR397的表达与PeLAC相反。本研究同时克隆了PeLAC基因上游启动子序列PeLACp,其包含ABRE、MBS等多种与逆境胁迫相关的响应元件。利用ABA（100μmol/L）和NaCl（400mmol/L）溶液处理可明显诱导PeLAC在毛竹根中表达,而GA₃（100μmol/L）处理则对其表达具有抑制作用。     

家蚕母性基因的表达序列标签分析

为了研究家蚕Bombyx mori卵中储存的母性遗传信息,以未受精的肾脏型和正常型蚕卵为材料构建了cDNA文库,并对其随机测序,共获得391条表达序列标签(EST)序列,经拼接后得到374条非重复序列。生物信息学分析发现,172个非重复序列与国际数据库GenBank和silkbase中的已知基因具有较高的相似性。除3个已知母性基因外,其余主要与DNA复制、能量代谢、信号转导、转录、蛋白质结构以及胚胎发育中个体形成等相关。该结果可为进一步研究家蚕胚胎早期发育的调控提供基础数据。     

褐飞虱对抗性水稻品种Mudgo个体致害性指标

在28±1℃下,观测了褐飞虱Nilaparvata lugens羽化24?h内短翅型雌成虫在敏感水稻品种TN1及抗性品种Mudgo上的寿命及体重增量。结果表明,取食抗性品种时,试虫的平均增重与寿命之间表现出明显的正相关。寿命在7天内的个体,存活期间平均体重增量为负值,而存活7天以上的个体则平均增重明显。进一步研究了初羽化的褐飞虱长翅型雌成虫在TN1及Mudgo上取食第1～4天的体重增量、寿命及产卵量,结果发现试虫在Mudgo上的这3个生物学参数之间存在明显正相关。其中,寿命及体重增量较好地反映出害虫个体对抗性品种的致害能力,可作为个体致害性指标。根据研究结果,提出将羽化后在Mudgo上存活7天以上或最初4天内体重增量大于0.1mg的雌成虫定为能够致害该抗性品种的个体。     

A genome map of Salmonella enterica serovar Agona: numerous insertions and deletions reflecting the evolutionary history of a human pathogen

Salmonella enterica serovar Agona is an important zoonotic pathogen, causing serious human illness worldwide, but knowledge about its genetics and evolution, especially regarding the genomic events that might have contributed to the formation of S . Agona as an important pathogen, is lacking. As a first step toward understanding this pathogen and characterizing its genomic differences with other salmonellae, we constructed a physical map of S . Agona in strain SARB1 using I-CeuI, XbaI, AvrII and Tn 10 insertions with pulsed-field gel electrophoresis techniques. On the 4815-kb genomic map, we located 82 genes, revealed one inversion of about 1000 kb and resolved seven deletions and seven insertions ranging from 10 to 67 kb relative to the genome of Salmonella typhimurium LT2. These genomic features clearly distinguish S . Agona from other previously analyzed salmonellae and provide clues to the molecular basis for its genomic divergence. Additionally, these kinds of physical maps, combined with emerging high-speed sequencing technologies, such as the Solexa or SOLiD techniques, which require a pre-existing high-resolution physical map such as the S . Agona map reported here, will play important roles in genomic comparative studies of bacteria involving large numbers of strains.     

长江口不同水域浮游动物数量特征比较

为了分析长江口浮游动物与环境的关系,从2004年到2006年分别于5月份(平水期)和8月份(枯水期)在长江口水域共设22个观测站进行6次海洋调查.结果显示:长江口浮游动物丰度8月份高于5月份,北支略大于南支,长江口口外大于口内. 在大多数情况下,5月份丰度近海略大于咸淡交错水域,8月份相反.长江口浮游动物丰度和分布具有不确定性,水团的季节变化,外海水和冲淡水交汇的位置是影响长江口浮游动物分布特征的重要因素.对长江口南支水域而言,5月份中华华哲水蚤(Sinocalanus sinensis), 8月份火腿许水蚤(Schmackeria poplesia)是最主要的优势种;咸淡交错水域和北支优势种种类较多,真刺唇角水蚤(Labidocera euchaeta)在5月份和8月份都是主要优势种,其次是小拟哲水蚤(Paracalanus parvus).针刺拟哲水蚤(Paracalanus aculeatus),背针胸刺水蚤(Centropages dorsispinatus),太平洋纺锤水蚤(Acartia pacifica)和火腿许水蚤仅为8月份的主要优势种.对近海而言,中华哲水蚤(Calanus sinicus)是主要的优势种,其次是五角水母(Muggiaea atlantica)和肥胖箭虫(Sagitta enflata).     

“医学微生物学”本科实验教学中生物安全的落实与实践

"医学微生物学"实验课的主要实验材料是病原微生物,因此实验室生物安全是本课程区别于其它实验课程的重要特征之一。因条件限制,我校以前的"医学微生物学"实验课只能安排在不具备生物安全防护等级的普通实验室中进行,不仅存在安全隐患,也使一部分内容不能正常进行,使医学微生物实验教学的发展遇到了瓶颈。为解决这一矛盾,本研究通过医学微生物学教学师资队伍的培训、实验室硬件条件升级改造以及对课程内容涉及的菌(毒)种及其配套软件建设等一系列措施,建立了具有北京大学医学特色的"医学微生物学"实验教学新体系,保证了微生物实验室生物安全相关法规条例的落实及实验教学的正常进行。     

波形蛋白介导猪繁殖与呼吸综合征病毒感染Marc-145细胞作用的初步研究

为了研究波形蛋白在介导PRRSV感染过程中的作用,根据GenBank中已发表的波形蛋白序列,设计特异性引物,利用RT-PCR方法从Marc-145细胞中扩增目的基因,克隆入pET-28a,转化表达菌BL21(DE3)中进行诱导表达,用SDS-PAGE和Western blot鉴定表达产物,将表达产物纯化后免疫BALB/c小鼠制备血清,用病毒阻断实验验证PRRSV与波形蛋白及其抗体的关系。用ELISA方法确定了重组波形蛋白与PRRSV结构蛋白N蛋白和囊膜蛋白GP5蛋白之间的关系。结果表明,成功的从Marc-145细胞中扩增出全长的波形蛋白基因,将其克隆入pET-28a,诱导后得到高效表达,表达蛋白纯化后免疫小鼠抗体效价达到105,病毒阻断实验表明波形蛋白能部分阻断PRRSV感染,其抗血清能完全阻断PRRSV感染。ELISA结果表明波形蛋白能与N蛋白结合而不与GP5蛋白结合。此结果为PRRSV感染的细胞的受体机制增添了新的内容,为PRRSV感染过程中受体间的相互作用关系研究奠定基础。