Integrating Culture-based Antibiotic Resistance Profiles with Whole-genome Sequencing Data for 11,087 Clinical Isolates

Emerging antibiotic resistance is a major global health threat. The analysis of nucleic acid sequences linked to susceptibility phenotypes facilitates the study of genetic antibiotic resistance determinants to inform molecular diagnostics and drug development. We collected genetic data(11,087 newly-sequenced whole genomes) and culture-based resistance profiles(10,991 out of the11,087 isolates comprehensively tested against 22 antibiotics in total) of clinical isolates including18 main species spanning a time period of 30 years. Species and drug specific resistance patterns were observed including increased resistance rates for Acinetobacter baumannii to carbapenems and for Escherichia coli to fluoroquinolones. Species-level pan-genomes were constructed to reflect the genetic repertoire of the respective species, including conserved essential genes and known resistance factors. Integrating phenotypes and genotypes through species-level pan-genomes allowed to infer gene–drug resistance associations using statistical testing. The isolate collection and the analysis results have been integrated into GEAR-base, a resource available for academic research use free of charge at https://gear-base.com.     

中国囊萼花属一新记录种——茎花囊萼花

首次报道了囊萼花属(Cyrtandromoea Zoll.)的1个中国新记录种——茎花囊萼花(Cyrtandromoea grandis Ridl.),该种原记载产于泰国、马来半岛和苏门答腊岛,2019年在中国云南省勐海县布朗山地区发现有分布。茎花囊萼花与囊萼花(Cyrtandromoea grandiflora C.B.Clarke)最为相似,但前者聚伞花序生于老茎上,每一花序3～18朵花,二者容易区别。     

中国球兰属一新记录种——缅甸球兰

首次报道了萝藦科(Asclepiadaceae)球兰属(Hoya)的1个中国新记录种——缅甸球兰(Hoya burmanica Rolfe),该种原记载产自缅甸和印度,2017年在中国西南部的云南铜壁关省级自然保护区内发现有分布。缅甸球兰与琴叶球兰(Hoya pandurata Tsiang)最为相似,但前者叶三角形或卵状披针形,中脉在叶背面微凸起,花冠杯状,二者容易区别。     

Cellulose structure and lignin distribution in normal and compression wood of the Maidenhair tree(Ginkgo biloba L.)

We studied in detail the mean micro fibril angle and the width of cellulose crystals from the pith to the bark of a 15-year-old Maidenhair tree(Ginkgo biloba L.). The orientation of cellulose micro fibrils with respect to the cell axis and the width and length of cellulose crystallites were determined using Xray diffraction. Raman microscopy was used to compare the lignin distribution in the cell wall of normal/opposite and compression wood, which was found near the pith. Ginkgo biloba showed a relatively large mean micro fibril angle,varying between 19° and 39° in the S2 layer, and the average width of cellulose crystallites was 3.1–3.2 nm. Mild compression wood without any intercellular spaces or helical cavities was observed near the pith. Slit-like bordered pit openings and a heavily lignified S2 L layer con firmed the presence of compression wood. Ginkgo biloba showed typical features present in the juvenile wood of conifers. The micro fibril angle remained large over the 14 annual rings. The entire stem disc,with a diameter of 18 cm, was considered to consist of juvenile wood. The properties of juvenile and compression wood as well as the cellulose orientation and crystalline width indicate that the wood formation of G. biloba is similar to that of modern conifers.     

楚雄花椒园半湿润常绿阔叶林的群落生态学特征

基于20个样方(各样方面积为25 m× 20 m,总面积1 hm2)调查,研究了楚雄花椒园自然保护区元江栲-米饭花林的群落生态学特征.该群落以壳斗科、越桔科、山茶科八角科、山矾科植物为乔木层主要成分,并以壳斗科植物占绝对优势,群落的物种多样性不高.木本植物以非全缘、革质、常绿、小叶等为其特征,反映该群落生境偏干,为典型...     

云南哀牢山地区种子植物区系研究

依据采集的4 000余份标本及馆藏标本的整理和鉴定,云南哀牢山地区有野生种子植物199科945属2 238种215变种(亚种).植物种类十分丰富,是云南植物多样性最为丰富的地区之一.种子植物区系总体上是亚热带性质,其热带科占70.47%,热带属占63.89%,热带成分虽多于温带成份,但相当数量温带成分的存在反映了该区系具有从热带向温带的过渡性质.该植物区系缺少典型热带成分,但具有不少东亚特征科属.因此,该植物区系在区划上仍属于东亚区中国-喜马拉雅植物亚区,云南高原地区,属于东亚植物区系的一部分.     

干旱区绿洲土地利用/覆被及景观格局变化特征——以新疆精河县为例

从宏观上运用3S技术,利用1972年MSS、1990年Landsat TM、2001年Landsat ETM+和2005年CBERS 4个时期遥感影像数据,将GIS和景观生态学的数量分析方法相结合,运用ArcGIS以及Fragstats,分析了干旱区绿洲精河县1972～2005年间的土地利用/覆被和景观格局的变化.结果表明:(1)1972～2005年的33a中,精河县LUCC的总体变化趋势是绿洲面积有小幅度扩张,其中人工绿洲面积扩张尤为显著,天然绿洲面积减少.(2)研究区水域面积的变化受艾比湖湖面面积的变化影响较大,变化不显著,但总体上呈缓慢增长的趋势.(3)盐渍地面积的变化经历了先扩张后减小的一个过程.1990年达到最大值,但到2005年面积又有很大程度减少.沙地面积小幅度减小,其他地类的面积始终呈增加趋势.(4)景观在各个研究时段也发生显著变化.总的来说,整个研究区景观的密度持续增大,最大斑块指数先减小后增大,面积加权形状指数减小,形状趋于规则;斑块间的最邻近距离减小.表明1972年时景观中的优势斑块类型的连接性较2005年好,逐渐向具有多种要素的密集格局演变,景观更加破碎.同时不同斑块间的分离度增大,也说明景观破碎化程度加深.从香农多样性指数和香农均度指数的变化可以看出,景观的多样性增加,且均度增强.景观多样性及破碎化程度增加,也反映了土地利用越来越丰富.总之,要实现区域土地资源的可持续发展和景观生态功能的良性发挥,必须注重土地利用格局优化,维护景观生态过程与格局的连续性.     

猪流感病毒进化方式及其流行特点

摘要：猪在甲型流感病毒生态分布和遗传进化中占有重要地位。猪的呼吸道上皮同时具有禽和人流感病毒2种类型的受体,因此人和禽流感病毒都可以感染猪,猪被认为是禽、人流感病毒的中间宿主和不同来源流感病毒的基因“混合器”。猪流感病毒（Swine influenza virus, SIV）的进化方式包括基因重配、抗原漂移和宿主适应性进化,其中基因重配是主要进化方式。与人类季节性流感病毒相比,SIV在全球的流行情况各不相同,呈地方流行性,并具有明显的地区差异。全球范围内流行的SIV亚型主要有3种：H1N1、H3N2和H1N2亚型,其中各亚型内病毒基因来源又不尽相同。欧洲、北美及我国猪群中流行的流感病毒在遗传进化和基因来源方面各具特色。目前欧洲猪群中流行的主要是类禽H1N1、H1N2和H3N2病毒,其中后两者是基因重配病毒。从1998年开始,古典猪H1N1、“人-猪-禽”三源基因重配H3N2、H1N1和H1N2病毒共存于北美的猪群中,其遗传变异日趋复杂。在基因进化上,欧洲和北美基因重配的SIV是目前新的人类大流感病毒-“甲型H1N1病毒”-的母源病毒。我国猪群中流感病毒主要是古典猪H1N1和类人H3N2病毒,但近年来在我国猪群中分离到遗传上与欧洲和北美SIV高度相关的病毒,提示我国SIV的进化趋势值得关注。1970年代以来,全球已报道了50多起人感染SIV事件,表明SIV也是一种值得重视的人兽共患病,预示了SIV可能成为人类大流感毒株或为大流感毒株提供基因。鉴于SIV在甲型流感病毒生态学上的重要意义,以及对人类公共卫生的潜在威胁,建议应尽早启动我国SIV的常规监测工作,密切关注SIV的流行动态,掌握其分子遗传进化规律。同时,将SIV的监测工作纳入整个流感病毒（人和动物流感病毒）的监测网络,在信息上实现共享,从生态学的高度把握我国流感病毒的流行和进化趋势,这对保护动物健康和预防人类大流感都有重要意义。     

思茅菜阳河自然保护区植物区系研究——兼论热带亚洲植物区系向东亚植物区系的过渡

云南省思茅地区菜阳河自然保护区地处联系滇南热带与滇中亚热带的中间位置,在植被地理和生物地理上十分重要,其植物区系计有野生种子植物1 920种, 隶属于836属及178科。该植物区系以兰科( 69属/223种)、茜草科(37/100)、菊科(47/86)、蝶形花科(33/82)、唇形科（28/62）、大戟科(25/59)、荨麻科(13/52)、禾本科(34/47)、樟科(12/44)、桑科(6/44)、爵床科(26/36)等为优势科。属的分布区类型组成以热带亚洲分布型最多, 约占总属数的31%;其次是泛热带分布,占23.4%;热带分布合计占总属数的83.3%。种的分布区类型组成仍以热带亚洲分布最多, 占总种数的60.6%;其次是中国特有分布, 占21.6%;热带分布种合计占70.0%以上。这些特征均表明该植物区系热带性质显著,并具有印度—马来西亚植物区系特点,在植物区系分区上属于印度—马来西亚植物区系的一部分。由于菜阳河自然保护区在地理上位于热带亚洲植物区与东亚植物区的交汇地带,该植物区系中的许多热带植物均是在其分布的北界,植物区系又有明显的热带北缘性质。通过与滇南西双版纳和滇中无量山植物区系的比较,菜阳河自然保护区植物区系与西双版纳植物区系在区系组成及属的地理成分构成上很接近, 它们同为热带亚洲植物区系的北缘类型。在云南南部,从热带亚洲植物区系到东亚植物区系的过渡与转变,显然发生在思茅菜阳河地区以北。从热带亚洲植物区系过渡到东亚植物区系,在诸属的分布区类型中,热带亚洲分布型显著减少,北温带分布型和东亚分布型显著增加。