系统发育谱构建方法研究

随着后基因组时代的到来,系统发育谱方法作为一种非同源性的功能注释方法,已经被成功的应用到基因组功能预测、蛋白质相互作用预测等一些重要领域的研究中去。本文阐述了系统发育谱法的基本原理,详细地介绍了现有的几种系统发育谱的构建方法,并提出了利用ortholog来构建基因的系统发育谱的思想。     

大连海域食物网连续营养谱

根据2008年1月—2017年6月在大连海域收集的因搁浅、误捕及救助无效而死亡的斑海豹、江豚、小须鲸等海洋哺乳动物及2016年秋季和2017年春季在该海域进行的渔业资源调查,应用稳定同位素技术,分析了大连海域海洋哺乳动物及主要生物样品的碳、氮稳定同位素比值(δ¹³C、δ¹⁵N),并计算其营养级,进而构建大连海域食物网的连续营养谱.结果表明: 大连海域食物网的δ¹⁵N值范围为8.0‰～14.7‰,δ¹³C值范围为-21.1‰～-16.7‰.主要生物种类可划分为初级消费者、次级消费者及顶级捕食者3个营养组群.δ¹⁵N值分析显示,主要生物种类的营养级范围为2.63～4.59,其中,小须鲸、江豚、斑海豹的营养级依次为3.16、4.11、4.25,棘皮动物为3.24～3.84,头足类为3.81～3.93,腹足类为3.65～4.13,双壳类为2.63～3.15,甲壳类为3.58～4.12,鱼类为3.20～4.59.营养结构特征显示,初级消费者主要为双壳类,次级消费者主要为小须鲸、头足类、棘皮类、腹足类、甲壳类,顶级捕食者主要为江豚、斑海豹、鱼类.随着江豚体长的增加,δ¹⁵N值有增大趋势,说明随着江豚生长和摄食能力的增强,其摄食的食物趋向于更高营养层次的生物.研究建立了大连海域食物网的连续营养谱,可以为海洋哺乳动物和渔业资源的保护提供依据.     

复方丹参滴丸联合阿司匹林对冠心病患者血小板聚集功能及血脂水平的影响

目的:探讨复方丹参滴丸联合阿司匹林对冠心病(CHD)患者血小板聚集功能及血脂水平的影响。方法:选取2011年10月到2016年12月在我院接受治疗的CHD患者320例作为本次研究对象,采用乱数表法将所有患者分为对照组和观察组各160例,两组患者均采用扩冠、抗凝和降压药物等常规内科治疗,在此基础上对照组给予阿司匹林治疗,观察组给予复方丹参滴丸联合阿司匹林治疗,两组均治疗6个月。对比两组临床疗效、甘油三酯(TG)、总胆固醇(TC)、低密度脂蛋白(LDL)及高密度脂蛋白(HDL)、血栓素B2(TXB2)水平,记录血小板最大聚集率(PAGM)及不良事件发生率。结果:治疗后观察组的总有效率为93.13%,显著高于对照组的68.75%(P0.05)。治疗6个月后观察组HDL水平高于治疗前和对照组,LDL、TC、TG水平低于治疗前和对照组(P0.05)。治疗6个月后两组患者PAGM、TXB2水平均有明显下降,且观察组PAGM、TXB2水平低于对照组(P0.05)。观察组不良事件发生率为2.50%,显著低于对照组的18.13%(P0.05)。结论:复方丹参滴丸与阿司匹林联合治疗CHD临床疗效较好,可以有效抑制血小板凝聚,调节血脂,降低不良事件发生率,值得在临床上推广。     

柴达木盆地第四系介形类化石带与磁性柱

柴达木盆地东部晚上新世－全新世湖相沉积巨厚,无明显间断,微体化石丰富。区内已建厚度超过２０００ｍ的第四系磁性柱中,记录了布容、松山和高斯极性时带。由于有剖面上部的同位素测年数据和剖面中、下部的介形类化石带序列的对比成果配合验证,布容、松山极性时下限的确定和布拉克、莫纳、琵琶湖、奥尔杜威、马默思等亚极性时的鉴别依据充足可信。据此极性年表标定的晚上新世－第四纪介形类化石带序列中１２个标准化石的时限得以识别。古生态研究与壳体元素分析的资料表明,始见于距今３０５万年的Ｍｉｃｒｏｌｉｍｎｏｃｙｔｈｅｒｅｓｉｎｅｎｓｉｓ指示低温水体,该化石带的出现标志着中新世以来柴达木盆地古气候的首次明显变冷。     

尼莫地平对动脉瘤性蛛网膜下腔出血脑血管痉挛的临床疗效研究

目的:观察尼莫地平对动脉瘤性蛛网膜下腔出血脑血管痉挛的临床疗效及安全性,为临床治疗提供依据。方法:对我院2010年2月~2013年2月期间收治的92例动脉瘤性蛛网膜下腔出血患者进行随机分为观察组和对照组,每组46例。两组患者入院后均进行常规治疗,绝对卧床休息、镇静、给予氨甲环酸止血、脱水降颅压、防治感染及对症治疗。观察组在上述治疗基础上给予尼莫地平(德国拜尔公司)持续微泵静脉注射20 mg·d-1,连用14 d,后改为口服尼莫地平片40 mg,qid,至第21天,根据监测血压调整剂量。观察两组患者1个月内脑血管发病情况、CT评价情况,并进行对比分析。结果:两组患者治疗后,观察组有效率91.3%;对照组有效率73.91%。两组比较差异明显,观察组疗效明显优于对照组,具有统计学意义(P0.05)。两组患者在治疗期间,观察组发生脑血管痉挛4例,占8.7%;对照组发生脑血管痉挛26例,占56.52%,两组比较差异明显,具有统计学意义(P0.05)。结论:尼莫地平能够显著降低动脉瘤性蛛网膜下腔出血脑血管痉挛的发生率,对脑血管再出血具有积极防治作用,建议推广应用。     

遗传算法在转录因子结合位点识别中的应用

遗传算法是模拟生物进化过程的计算模型,是一种全局优化搜索算法。将遗传算法与转录因子结合位点识别问题相结合的新方法,以一致性序列模型作为保守motif的描述模型,通过对motif序列与待测序列的比对问题进行编码,将其转化成搜索空间中的优化问题,利用遗传算法来搜索最优解,预测转录因子的结合位点。实验结果表明,这种新的方法是有效的,它在占用少量内存的情况下能够准确地识别出待测转录因子结合位点。     

Z曲线在基因组中应用的研究与展望

随着后基因组时代的到来,大规模分子数据的处理和分析的需求变得越来越重要,生物数据的处理方法也层出不穷。这里介绍了一种新的表示DNA序列的模型-Z曲线,并详细的介绍了它的数学原理、和它在识别基因、基因起始位点以及识别Isochore结构上的应用,最后展望了Z曲线在识别TFBS上的应用。     

应用碳氮稳定同位素技术研究江豚(Neophocaena asiaeorientalis ssp. sunameri)食性

稳定同位素技术已广泛地用于分析生态系统中食物网的食物来源和营养级关系,但在海洋哺乳动物食性方面应用较少。通过分析2012年4—6月在辽东湾沿岸海域搁浅而死亡的江豚样本和同时期(6月)取自辽东湾海域主要渔获物的碳氮稳定同位素比值,研究了江豚(Neophocaena asiaeorientalis ssp.sunameri)及其可能摄食饵料的碳氮稳定同位素组成。结果表明:江豚δ13C值为(-18.4±0.3)‰,δ15N值为(13.8±0.4)‰。28种可能生物饵料的δ13C值的范围为-19.5‰—-17.0‰,δ~(15)N值的范围为11.4‰—14.0‰。江豚的营养级为4.5,高于传统胃含物分析法的研究结果。28种测试生物的营养级位于3.8—4.6之间。江豚的食物来源主要以鱼类为主,对食物种类的喜食顺序为中上层鱼类中下层鱼类底层鱼类头足类虾类蟹类,其平均贡献率分别为43.9%、18.2%、13.1%、10.0%、8.8%、6.0%。江豚碳氮稳定同位素比值与体长无明显的线性关系,碳营养源较为稳定,氮营养源复杂多变。     

基于卫星信标跟踪的斑海豹放流效果研究

利用卫星标记跟踪方法对斑海豹的野外释放效果进行了研究。2010 年和2011 年6 月分别释放了4 头和3头人工繁殖的2 龄未成年斑海豹,2011 年同时释放了3 头野外出生的救助个体。标记斑海豹在释放后,7 头人工繁殖斑海豹中的5 头信标信号持续时间较长,在信号消失前,1 头斑海豹一直在渤海海域活动,另4 头沿辽宁沿岸、朝鲜西海岸到达辽东湾斑海豹的主要度夏海域韩国白翎岛附近。研究期间,1 头人工繁殖的斑海豹在59 d内运动的距离超过1 250 km。救助斑海豹中,2 头个体的信标信号持续较长,并分别在山东半岛沿海和黄渤海活动。研究结果表明,人工繁殖的斑海豹在经过野化训练后,放归自然海域后可以正常生活洄游。     

基于支持向量机的蛋白质相互作用识别

支持向量机（SVM）是广泛应用于各个领域的分类算法,包括生物信息学。本研究应用SVM作为蛋白质相互作用的分类算法,所用蛋白质相互作用数据下载于墨尼黑生物信息学中心的酿酒酵母数据集,包含有6736条蛋白质,其中相互作用的有4837对,不相互作用的有9674对。提取蛋白质主要结构的电荷和等电位点特征,并应用SVM分类算法对此进行了分类。结果显示,分类的正确率在60％左右,但是较系统发育谱法还是获得了较高的分类正确率。