鲢中华鳋线粒体基因组的基因组成及特征分析

研究旨在测定隶属桡足亚纲(Copepoda)杯口水蚤目(Poicilostom atoida)的寄生甲壳动物鲢中华鳋(Sinergasilus polycolpus)线粒体DNA(mtDNA)序列,分析其结构特征,为节肢动物系统进化研究积累资料。利用简并引物扩增鲢中华鳋Cytb和COI基因片断,据此设计特异性引物Long-PCR扩增鲢中华鳋mtDNA序列,拼接后得到12917bp的序列(GenBank登录号为EU621723)。这段序列A、T、C、G碱基含量分别为35.0%、35.8%、14.0%和15.2%,GC-Skew和AT-Skew值分别为0.041和-0.011。通过序列同源性和结构分析,鉴定了35个基因,包括13个蛋白编码基因、21个tRNA基因和1个12SrRNA基因,推测未能扩增到的片段包含16S rRNA、tRNAArg和tRNAThr基因以及控制区序列。tRNA基因长度在54-63bp之间,均可折叠成典型的三叶草结构,但TψC臂长度变化较大,其中有三个缺少TψC臂。35个基因中,4个蛋白质编码基因和7个tRNA基因位于N链,其余的位于J链。基因间重叠有12处,重叠碱基量达159bp。进一步研究桡足类及相关类群线粒体基因组的遗传特征将有助于揭示和阐明桡足类系统发育关系。       

湖北钉螺肝胰腺cDNA文库的构建和序列分析

以湖北钉螺肝胰腺为材料构建cDNA文库。文库初始滴度为5.6×104 cfu/mL,库容量为6.72×105 cfu/mL,重组率为93%。插入片段长度为400—2700 bp。对其中1728个克隆进行测序,得到1520个序列,其中长度大于100 bp的ESTs为1393条,初步拼接得到698个单基因簇(Unigene),其中包括234个重叠群(Contig),464个单拷贝(Singleton)EST。使用BLAST软件进行同源性分析,结果显示有111个单基因簇具有不同程度的同源性,约占15.90%;587个单基因簇与所有已发现的蛋白质的基因没有或者有着相当低的同源性,约占84.10%。研究为湖北钉螺的基因学研究提供了重要的基础资料,同时亦为筛选和鉴定湖北钉螺生长发育、免疫等相关的功能基因以及血吸虫与螺之间的相互关系奠定了基础。