2009～2010年上海地区急性呼吸道感染病毒病原谱分析

调查2009~2010年上海地区人群急性呼吸道感染(ARTI)的病毒性病原,探讨2009甲型H1N1流感暴发背景下呼吸道感染病毒病原谱的构成。采用套式多重反转录-聚合酶链反应(RT-PCR)和实时荧光定量RT-PCR方法,对来自2 044例患者的2 044份标本(包括2 005份鼻咽拭子和39份肺泡灌洗液),同时检测腺病毒(ADV)、副流感病毒(PIV)、甲型流感病毒(FluA)、乙型流感病毒(FluB)、微小核糖核酸病毒、呼吸道合胞病毒(RSV)、人偏肺病毒(hMPV)、冠状病毒(CoV)和人博卡病毒(HBoV)。其中,656(32.09%)份标本经呼吸道病毒检测为阳性,52份标本为双重感染。FluA检出率最高(13.36%),其后依次为微小核糖核酸病毒(10.23%)、FluB(4.84%)、ADV(1.96%)、PIV(1.76%)、RSV(1.32%)、CoV(0.59%)、hMPV(0.39%)和HBoV(0.20%)。但各月病毒检出率分布不均,2009和2010年呼吸道病毒检出率高峰出现在当年11月(53.07%和65.59%),低谷都出现在当年5月,且2009年5~9月的病毒检出率高于2010年同期(32.02%vs15.38%,P<0.05)。其中,2009甲型H1N1流感暴发导致2009年10月~2010年1月2009甲型H1N1流感病毒占当月检出FluA的100%,2009年6~9月也占当月检出FluA的较高比率,依次为90.91%(20/22)、75.00%(15/20)、48.00%(12/25)和56.25%(18/32)。比较甲型H3N2流感病毒和2009甲型H1N1流感病毒分别在上呼吸道感染(URTI)和下呼吸道感染(LRTI)中的检出率,无统计学差异(URTI,85.29%vs76.61%;LRTI,14.71%vs23.39%;P>0.05)。呼吸道病毒检出率还与年龄相关,0~4岁组和5~14岁组病毒检出率高于其他年龄组。在0~4岁及≥65岁组中,微小核糖核酸病毒检出率最高,FluA次之;其余年龄组中FluA检出率最高。混合感染中15岁以下儿童占50%(26/52),微小核糖核酸病毒与其他病毒混合感染占84.62%(44/52)。本研究表明,上海地区2009~2010年FluA是最常见的急性呼吸道感染病原,2009甲型H1N1流感病毒成为2009年FluA的优势亚型。微小核糖核酸病毒是混合感染中最常见的病原。结果提示,应长期监测主要呼吸道病毒的活动水平,并加强对微小核糖核酸病毒流行病学和致病性的研究。     

诺如病毒新型GII.4流行株Sydney2012在上海地区的检出和鉴定

为了解上海地区诺如病毒相关急性胃肠炎疫情的流行病学特点及流行株基因型的演化情况,2012年3月至2013年2月,收集上海市两处哨点医院成人急性胃肠炎粪便样本进行诺如病毒的分子检测并对其基因特征进行系统分析。在502份样本中,GI群共检出19例,检出率3.78%,呈现低位流行、全年散发的状态,无明显的季节分布;GII群检出86例,检出率17.13%,在10¹2月出现高位流行,并发现中老年人群GII群诺如病毒检出率显著高于青年个体（P<0.05）。同时首次于2012年9月在上海地区检出新型GII.4变异株Sydney₂012,证实是该变异株引发了2012年秋冬季诺如病毒急性胃肠炎的高位流行。序列分析表明该变异株为GII.e型开放阅读框（Open reading frame,ORF）1与GII.4型ORF2的重组体,目前已成为本地区的优势流行株。研究发现,2012年上海地区出现GII.4新型变异株Sydney₂012,并引发秋冬季诺如病毒急性胃肠炎的高位流行。     

随机聚合酶链反应检测未知病毒方法学的建立

目的 探索并建立一种用于快速检测未知病毒的分子生物学方法。 方法 分别以乙型肝炎病毒（hepatitis B virus, HBV）、丙型肝炎病毒（hepatitis C virus, HCV）为假定的未知DNA、RNA病毒，验证随机聚合酶链反应（polymerase chain reaction, PCR）检测未知病毒的可行性。分离HBV、HCV的阳性血清，去除宿主DNA后，提取病毒核酸。锚定随机引物经Klenow酶处理（模板为DNA）或反转录酶作用（模板为RNA）退火至模板，随后用锚定特异引物对模板进行非特异性扩增。扩增产物经纯化后克隆、测序，最后与BLAST进行比对。结果 经BLAST比对证实，插入序列中有HBV和HCV的基因组片段，在病毒拷贝数为1&;#61620;106拷贝/ml时，被检测克隆的阳性率约为15%。目前我们利用本法能达到的检测低限大致为1&;#61620;104拷贝/ml。 结论 成功建立了一种基于随机PCR的未知病毒检测方法，其优点在于不依赖病毒的细胞培养及其核酸序列信息。此种方法的建立为快速诊断不明原因疾病和新发传染病病原体提供了新的思路。     

98 例手足口病流行特征与临床分析

目前, 我国手足口病患儿有增多流行趋势。为了解该病的流行特征及临床特点, 提高对该病的认识, 防止其暴发流行及病情恶化, 采用描述性流行病学方法, 对我院2008 年5 ― 6 月收治的98 例住院患儿进行研究分析。发病患儿多数为1 ～5 岁( 80. 61% ) 的农村或郊区儿童。散居儿童( 72 例, 73. 47% ) 多于群居儿童( 26 例, 26. 53% ) 。临床表现主要为发热和皮疹, 皮疹部位以手、足、口、臀、膝等为主。98 例患儿均有皮疹, 其中88 例( 89. 80% ) 患儿发热。实验室检查血常规, 白细胞无明显变化或升高。反转录-聚合酶链反应( RTPCR)检测报告, 肠道病毒71 型( EV71) 或柯萨奇病毒A16 型( CA16) 阳性共78 例, 其中EV71 74 例。对于本病, 常规抗病毒及对症治疗效果好, 患儿均在1 周左右治愈, 但是如不及时诊治, 可能出现病程延长或各种并发症, 导致病情恶化甚至死亡。故除对患儿进行积极的隔离治疗和疫点处理外, 有效的健康教育对该病的预防能起到事半功倍的效果。     

丙型肝炎病毒RNA多聚酶在昆虫细胞中的表达

HCV NS5B基因片段克隆入BAC-TO-BACTM重组杆状病毒表达系统的pFASTHTc载体质粒,转化DH10BACTM感受态细菌获得重组的Bacmid质粒,将重组Bacmid质粒转染Sf9细胞,获得的重组杆状病毒可表达目的蛋白.免疫印迹和体外活性检测表明,所表达蛋白为HCV NS5B蛋白,具有多聚酶活性.     

人肠道病毒分型方法和鉴定技术的研究进展

近年来,随着分子生物学和生物信息学的进步,人肠道病毒基因序列分析应用广泛,基因测序自动化发展迅速,促进了人肠道病毒分型方法和鉴定技术的发展。鉴于新型肠道病毒不断被报道,人肠道病毒的范围目前明显扩大,本文就人肠道病毒分型方法和鉴定技术研究进展作一综述。     

2010-2013年上海长宁地区成人轮状病毒急性胃肠炎的分子特征

为研究上海长宁地区成人轮状病毒急性胃肠炎的分子特征,收集2010年6月-2013年12月长宁区定点医院成人急性胃肠炎患者的粪便标本1 554份,采用酶联免疫吸附试验(enzyme-linked immunosorbentassay,ELISA)进行A组轮状病毒检测,多重聚合酶链反应(polymerase chain reaction,PCR)进行B组和C组轮状病毒检测.结果显示,1 554例患者的平均年龄为(46.19±15.59)岁,其中男性691例、女性863例.共检出轮状病毒200株,检出率为12.87％.18～39岁组的轮状病毒检出率为9.15％,40～59岁组为15.58％,60～79岁组为15.16％,≥80岁组为18.57％.A组轮状病毒基因型检测结果显示,G型以G9亚型最多(29.82％),P型以P[8]亚型最多(77.19％),GP组合以G9P[8]最多(25.73％).结果提示,2010-2013年上海长宁地区成人轮状病毒急性胃肠炎在就诊患者中以中老年多见,基因型以G9P[8]最多.     

Zika病毒感染的实验室诊断

Zika病毒是一种新现虫媒黄病毒,近期在美洲暴发流行,并有向全球扩散的趋势,已成为国际关注的突发公共卫生事件。Zika病毒感染的临床诊断主要依据实验室检测结果。本文就Zika病毒的核酸检测、抗原和抗体检测、病毒分离鉴定等方面进行综述。     

2010年上海部分地区440例手足口病病例的病原谱及分子流行病学分析

本文旨在对上海部分地区2010年440例临床手足口病病例进行病原谱及分子流行病学特征分析,为上海地区手足口病防治工作提供依据.采集4所哨点医院440例手足口病病例的咽拭子、粪便和脑脊液标本,进行肠道病毒核酸检测、反转录-聚合酶链反应扩增、DNA测序和序列分子系统发生树分析.结果显示,引起手足口病的肠道病毒主要为肠道病毒...     

上海2009甲型H1N1流行性感冒病毒全基因组分析

2009年全球暴发2009甲型H1N1流行性感冒(简称流感)疫情,上海于2009年5月出现第1例输入型病例。为了解上海地区输入型2009甲型H1N1流感病毒的生物学特征,以上海较早发现的2例输入型甲型H1N1流感患者作为研究对象,分离出A/Shanghai/37T/2009和A/Shanghai/71T/2009病毒,利用实时定量荧光反转录-聚合酶链反应(RT-PCR)鉴定病毒,通过扫描透射电子显微镜观察、免疫荧光检测、全基因组测序和生物信息软件分析,对这2株流感病毒形态、结构、耐药性、基因特点和病毒型别等进行研究。结果显示,病毒呈现正黏病毒颗粒形态特征;犬肾(MDCK)细胞内的病毒能与患者恢复期血清反应。此2株病毒的全基因核酸序列和氨基酸序列与美国参考株A/California/04/2009(H1N1)有较高同源性,其中第31位氨基酸残基发生改变。对金刚烷胺耐药,而对奥司他韦敏感。基于全基因组的系统发育分析,确认此2株病毒属2009甲型H1N1流感病毒。