生物信息学在蛋白质组学研究中的应用进展

生物信息学是运用数学和信息学方法阐明和解释海量生物学数据所蕴含的生物学意义的重要手段和工具。随着蛋白质组学研究的不断发展和深入,大量的蛋白序列、结构、功能以及互作数据不断产生。面对海量蛋白质组数据的获取、处理、存储以及蛋白质组数据信息的挖掘,生物信息学已成为蛋白组学研究中不可或缺的组成部分。本文结合蛋白质组学的发展历程,简要综述了生物信息学技术在蛋白质谱数据处理、蛋白质鉴定和蛋白质翻译后修饰等方面的应用进展,并初步展望了其未来发展趋势。     

坡耕地紫色土养分空间变异对土壤侵蚀的响应

坡耕地土壤侵蚀导致土壤质量降低,并因此造成对作物产量的不利影响。利用土壤侵蚀测定的^137Cs示踪技术,结合土壤理化分析,研究了川中丘陵区紫色土坡耕地土壤侵蚀所引起的土壤再分配对养分空间变异性的影响。结果表明,川中丘陵区坡耕地土壤侵蚀是水蚀和耕作侵蚀共同作用的结果,强烈的耕作导致坡上部发生最为严重的土壤侵蚀。土壤侵蚀对土壤特性的空间变异性产生深刻影响,坡上部土壤有机质和养分贫瘠,而在坡下部相对富集;土壤有机质、全N、碱解N、有效P、K以及土壤粘粒含量在不同坡位之间出现显著差异。反映净余土壤再分配速率的^137Cs面积浓度与这些土壤理化特性均有密切的相关性。因此,^137Cs面积浓度可以作为表征侵蚀坡地土壤综合质量的指标。     

糜子叶绿体基因组密码子使用偏性的分析

密码子使用偏性（CUB）是生物体重要的进化特征，对研究物种进化、基因功能以及外源基因表达等具有重要科学意义。本研究利用糜子（Panicum miliaceum L.）叶绿体基因组中筛选出的53条蛋白编码序列，对其密码子使用模式及偏性进行了分析。结果表明，糜子叶绿体基因的有效密码子数（ENC）在37.14~61之间，多数密码子的偏性较弱。相对同义密码子使用度（RSCU）分析发现，RSCU > 1的密码子有32个，其中28个以A、U结尾，表明第3位密码子偏好使用A和U碱基。中性分析发现，GC₃与GC₁₂的相关性不显著，回归曲线斜率为0.2129，表明密码子偏性主要受到自然选择的影响；而ENC-plot分析发现大部分基因落在曲线的上方及周围，表明突变也影响了密码子偏性的形成。进一步的对应性分析发现，第1轴为主要影响因素，解释了17.92%的差异，其与ENC、GC_3S值的相关性均达到显著水平，但与CBI、GC_all不相关。最后，9个密码子被鉴定为糜子叶绿体基因组的最优密码子，糜子叶绿体基因组的密码子使用偏性可能受选择和突变共同作用。