海三棱藨草及其近缘种基因组大小的测定

基因组大小是物种基因组的重要特征,通常用DNA C值来衡量,能够用于快速判断基因组倍性,并为分类学与进化生物学提供重要依据。海三棱藨草(Scirpus mariqueter)是长江口和杭州湾具有重要生态意义的标志性物种,被认为是扁秆藨草(S. planiculmis)和藨草(S. triqueter)的杂交种,因染色体小而难以准确确定倍性。近年来,部分研究者指出该物种的分类和命名存在疑点。该研究通过基因组Survey分析检测海三棱藨草样本CJ1的基因组特征,测序深度约为120 ×,并以绿豆(Vigna radiata)为参考标准,利用流式细胞术测定了海三棱藨草及其同域近缘种扁秆藨草和藨草以及海三棱藨草和扁秆藨草的杂交F1共13个样本的DNA C值和相对倍性。结果表明:(1)基因组Survey分析测得CJ1的基因组大小为244.12 Mbp,杂合率为0.68%,重复序列比例为42.38%,GC含量为37.25%。(2)流式细胞术测得来自不同区域的海三棱藨草各样本的基因组倍性相同,1C值在234.87 ～ 242.5 Mbp之间,其中CJ1的基因组大小与基因组Survey检测结果高度一致。(3)扁秆藨草的1C值在251.77 ～ 264.13 Mbp之间,藨草1C值为537.33 Mbp。根据上述基因组大小,认为海三棱藨草不可能是这两者的杂交种。该研究补充了海三棱藨草及其近缘种的基因组特征,为后续全基因组测序奠定基础,同时也否定了海三棱藨草起源于扁杆藨草和藨草杂交的假说。     

序列同源性比较软件Blast的本地化实现及VB接口程序的编制

美国国家生物技术信息中心（ＮａｔｉｏｎａｌＣｅｎｔｅｒｆｏｒＢｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙＩｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ,ＮＣＢＩ）的Ｂｌａｓｔ软件是进行核酸序列和蛋白质序列同源性比较的有力工具［１,２］．通过访问ＮＣＢＩ的主页（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ）进行Ｂｌａｓｔ同源性比较是常用的分析方法．然而在很多场合需要在脱机状态下使用Ｂｌａｓｔ进行同源性比较,所以,Ｂｌａｓｔ软件的本地化实现有其必要性．本文介绍实现Ｂｌａｓｔ本地化过程的经验,同时用ＶｉｓｕａｌＢａｓｉｃ５．０（以下…     

蛋白质组分析中蛋白质分步提取方法的建立

利用细胞裂解液充分溶解细胞蛋白质是成功进行蛋白质组分析的先决条件.尝试利用三步提取法,即以三种溶解性能不同的裂解液分步提取细胞中的蛋白质组,并分别进行二维聚丙烯酰胺凝胶电泳（two-dimensional polyacrylamide gel electrophoresis, 2-D PAGE）分离.通过对2-D PAGE蛋白质图谱的比较,发现其与常规方法相比,具有蛋白质提取率高、双向电泳(two-dimensional electrophoresis,2-DE)分辨率高等优点.     

人肺巨细胞癌蛋白质组的二维电泳和计算机图象分析

为优化用于蛋白质组研究的二维电泳技术和计算机图象分析技术 ,以及初步分析比较与肿瘤细胞转移相关的蛋白质 ,以人肺巨细胞癌 (PLA- 80 1 - D、C)高、低转移株作为研究对象 ,应用 IPG-phor进行第一向等电聚焦 ,随后 ,在 Protein IPG conversion Kit上进行垂直 SDS- PAGE的分离 .利用光密度仪对银染的凝胶扫描 ,通过 PDQuest软件进行蛋白斑点检测和配比 .结果表明 :(1 )应用 IPGphor,采用样品直接加入重泡胀溶液的形式 ,增大了溶解性 ,缩短聚焦时间、增大样品负荷量 (分析型 ) ,提高了分辨率 .(2 )比较宽 (p H=3～ 1 0 L)、窄 (p H=4～ 7L)范围 IPG胶条 ,窄 p H范围的 IPG胶条具有较高的分辨率 .(3)比较 PLA- 80 1 - C、D细胞蛋白图谱之间的差异 ,其相关系数为 0 .7339± 0 .0 2 91 ;仅在 PLA- 80 1 - C株出现的蛋白为 1 79个 .