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采用鸟枪法破译大肠杆菌O23标准株的O-抗原基因簇序列,并用生物信息学的方法进行了基因注释和分析;采用基因缺失和互补的方法鉴定了O23的UDP-GlcNAc C4异构酶(Gne);用同源建模的方法构建了O23 Gne的高级结构并对其活性位点进行了分析;分析了不同血清型大肠杆菌O-抗原基因簇中gne基因的多样性;根据O23O-抗原基因簇中的特异基因筛选出了可用于大肠杆菌O23快速检测的特异DNA序列。 相似文献
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传统的蛋白质生物素标记多采用体外化学修饰法,涉及生物素和蛋白质的活化、透析和纯化等多种处理,该方法步骤繁琐,且对目的蛋白的损失较大。本实验利用原核共表达质粒pCDFDuet-1,将含有6个组氨酸标签的人己糖苷酶D(hexosaminidase D,HexD)的cDNA与生物素受体多肽(biotin acceptor peptide,BAP)DNA进行PCR拼接,连入pCDFDuet-1的多克隆位点1(multiple cloning site1,MCS1);将以大肠杆菌Trans5α基因组为模板克隆得到的生物素连接酶(biotin ligase,BirA)基因连入MCS2,构建重组质粒pCDFDuet-hexD-BAP-birA。初步验证后将该质粒转化至大肠杆菌BL21(DE3)pLysS中,利用0.1 mmol/L的IPTG和80μmol/L的生物素进行诱导表达,采用Ni-NTA亲和层析和超滤对HexD进行纯化,SDS-PAGE检测分子量的大小(60 kDa)和纯度(90%以上)。以anti-HexD和链霉亲和素-HRP为抗体,Western blot检测发现,HexD-BAP表达正确,且被生物素标记;同时以4-MU-O-GalNAc为荧光底物,检测到生物素化标记HexD的糖苷酶活性为3.6 nmol/(min·μg),与未标记HexD的活性(3.06 nmol/(min·μg))相当。结果表明,可以利用BirA及其受体多肽,通过共表达质粒pCDFDuet-1,一步转化、表达和纯化,在大肠杆菌中进行外源蛋白的表达和生物素标记,且不改变目的蛋白的生物活性,可应用于免疫标记、互作蛋白的捕获等生物学研究。 相似文献
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大肠杆菌O11 O-抗原基因簇序列的破译及特异分子标识的鉴定 总被引：1，自引：0，他引：1
大肠杆菌O11是一种可在人畜间交叉传染的强致病菌,具有潜在流行性爆发的危险。现完成了O11 O-抗原基因簇的破译,筛选和鉴定了多种特异分子标识,并实现了对大肠杆菌O11的快速、灵敏和准确的分子分型检测。利用鸟枪法测定大肠杆菌O11 O-抗原基因簇的序列全长为14180bp,生物信息学方法分析序列结构,共发现12个基因:GDP-L型岩藻糖合成途径基因(gmd,fcl,gmm,manC,manB)、UDP-N乙酰葡萄糖C4异构酶基因(gne)、O-抗原转运酶基因(wzx)、O-抗原聚合酶基因(wzy)和4个糖基转移酶基因;用PCR方法筛选出2个针对大肠杆菌O11的特异基因和4对特异引物,并进行环境样品检测实验鉴定了该PCR检测方法的灵敏度;设计并筛选出8条针对大肠杆菌O11的特异探针。 相似文献
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对大肠杆菌O141 O-抗原基因簇进行测序,序列全长15601bp,用生物信息学的方法进行序列分析,共发现12个基因：鼠李糖合成酶基因(rmlB,rmlD,rmlA,rmlC)、甘露糖合成酶基因(manB,manC),糖基转移酶基因(orf6,orf7,orf9,orf10)、O-抗原转运酶基因(wzx)和O-抗原聚合酶基因(wzy)。用PCR的方法筛选出了针对大肠杆菌O141的特异基因,可以用于基因芯片或PCR方法对大肠杆菌O141的快速检测。通过对大肠杆菌O141的O-抗原基因簇及甘露糖和鼠李糖合成酶基因的进化分析发现：大肠杆菌O141 O-抗原基因簇是低GC含量的片段,仅O-抗原特异的基因才出现在O-抗原基因簇;并且这些基因可能介导了O-抗原基因簇间的重组及以O141 O-抗原基因簇的形成。 相似文献
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利用鸟枪法对大肠杆菌E .coliO138O 抗原基因簇进行测序 ,序列全长 14 139bp ,用生物信息学的方法进行序列分析 ,共发现 11个基因 ,分别为鼠李糖合成酶基因 (rmlB ,rmlD ,rmlA ,rmlC)、UDP GalNAcA合成酶基因 (gne ,gna)、糖基转移酶基因 (3个 )、O 抗原转运酶基因 (wzx)和O 抗原聚合酶基因 (wzy)。发现一种稀有单糖UDP Gal NAcA的合成途径 ,对合成该糖的第一种酶Gne进行了生物信息学鉴定 ,另外用PCR方法筛选出了针对大肠杆菌O138的特异基因 相似文献
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