用实时定量PCR解决基因组序列组装中的重复序列问题

目的:探寻一种简单、经济的方法,解决基因组序列拼接中的重复序列问题。方法:选取序列拼接中遇到重复序列问题的质粒NDM-BTR,在其与重复序列相关的contigs两端设计引物,进行实时定量PCR,通过观察临界循环数来判断contig之间的位置关系。结果:成功判断出质粒contig之间的位置关系,得到了质粒基因组完成图。结论:实时定量PCR法可用于解决基因组序列拼接中的重复序列问题,相比较传统建立大片段文库更加简单、快速、经济。     

内生菌液体发酵提高穿山龙提取物中薯蓣皂苷元的含量

目的:分离提取穿龙薯蓣内生真菌,筛选能够发酵提高穿山龙药材提取物中薯蓣皂苷元含量的功能菌种.方法:采用PDA培养基分离纯化穿龙薯蓣内生真菌,将内生真菌与灭菌后穿山龙药材提取物在恒温振荡培养箱中,120 r/min,28℃培养7天.以高效液相法测定发酵物中薯蓣皂苷元的含量,并与原药材提取物、灭菌药材提取物以及未灭菌药材提取物的发酵物进行比较.结果:分离提取穿龙薯蓣内生真菌102种,其中C39菌能够稳定提高灭菌后穿山龙提取物中薯蓣皂苷元的含量,提高幅度达原药材提取物的20％-30％.结论:经液体发酵,穿龙薯蓣内生真菌C39能够稳定提高穿山龙药材提取物中薯蓣皂苷元的含量.     

一株新的沙门菌烈性噬菌体IME-SAL1的分离、全基因组测序和比较基因组分析

目的:分离鉴定一株沙门菌的烈性噬菌体,观察其形态大小,完成全基因组测序,分析其基因组结构和进化关系,为治疗沙门菌感染提供新的策略和实验依据。方法:以沙门菌SAL95作为指示菌从医院废水中分离噬菌体,分离到的噬菌体经浓缩和纯化后采用透射电镜观察其形态大小,提取噬菌体的基因核酸并完成全基因组高通量测序,分析其全基因组的结构特征,通过比较基因组分析研究其进化关系。结果:从解放军307医院未经消毒处理的废水中分离到一株烈性沙门菌噬菌体。电镜观察显示,该噬菌体头部呈立体对称,有一不收缩的长尾。其基因组全长113 183 bp,比较基因组分析确定该噬菌体为一株新的沙门菌噬菌体,命名为IME-SAL1。结论:从医院废水中分离到一株烈性沙门菌噬菌体IME-SAL1,研究了该噬菌体的分类、基因组结构、进化关系,可为其实际应用提供参考。