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李丽  李霞  陈义汉  郭政  姜伟  张瑞杰  饶绍奇 《遗传》2006,28(9):1129-1134
基因芯片技术为疾病异质性研究提供了有力的工具。当前基于传统聚类分析的方法一般利用芯片上大量基因作为特征来发现疾病的亚型, 因此它们没有考虑到特征中包含的大量无关基因会掩盖有意义的疾病样本的分割。为了避免这个缺点, 提出了基于耦合双向聚类的异质性分析方法(Heterogeneous Analysis Based on Coupled Two-Way Clustering, HCTWC)来搜索有意义的基因簇以便发现样本的内在分割。该方法被应用于弥漫性大B细胞淋巴瘤(diffuse large B-cell lymphoma DLBCL)芯片数据集, 通过识别的基因簇作为特征对DLBCL样本聚类发现生存期分别为55%和25%的两类DLBCL亚型(P<0.05), 因此, HCTWC方法在解决疾病异质性是有效的。  相似文献   
2.
高通量的单核苷酸多态(single nucleotide polymorphism,SNP)检测技术与已有的知识体系(如KEGG,GO数据库等)为与疾病相关的SNP单体型及相关基因挖掘提供了有力支撑.本研究对高通量SNP基因型数据,采用4种SNP单体型板块(block)识别方法(置信区间、FGT、连锁不平衡的稳定连接以及单体型板块融合技术),用聚类分析方法验证其效能,通过风险分析方法确定酒精中毒相关的SNP单体型,并基于已有知识体系建立SNP单体型与基因的映射,通过查询NCBISNP与gene数据库定位SNP单体型板块,确定候选基因,最后结合KEGG,Biocarta及GO数据库进行基因功能注释.在对人类22对常染色体的分析中,寻找到可能与酒精中毒相关的159个单体型板块,包含227个SNP单体型,并预测其中102个SNP单体型可能会增加酒精中毒的发病风险.挖掘得到了121个酒精中毒相关基因,并进一步进行可靠的生物学功能注释验证.结果提示:采用聚类效果验证及风险分析的单体型识别机制,基于单体型的疾病相关基因定位并结合已有知识体系的疾病相关基因挖掘策略,不仅能大大缩减SNP数据挖掘的工作量,实现复杂疾病相关基因的精细定位,而且对于多因素复杂疾病发病机制的探索将更有指导意义.  相似文献   
3.
复杂疾病驱使的融合SDA-SVM集成基因挖掘方法   总被引:1,自引:0,他引:1  
提出了一种新颖的复杂疾病驱使的融合SDA-SVM(Stepwise Discriminant Analysis-Support Vector Machine,SDA-SVM)技术的集成基因挖掘方法。该集成方法融合逐步判别分析和支持向量机的优点,能够有效地进行复杂疾病相关基因的深度挖掘,使得挖掘出的基因能够较好地识别疾病类型和亚型。通过将该方法应用于一套弥散性大B细胞淋巴瘤DNA表达谱数据,并与其它基因挖掘方法对比,结果表明该方法挖掘出的基因具有较高的疾病相关性和较强的疾病类型识别能力。  相似文献   
4.
基于SVM 的药物靶点预测方法及其应用   总被引:1,自引:0,他引:1       下载免费PDF全文
目的:基于已知药物靶点和潜在药物靶点蛋白的一级结构相似性,结合SVM技术研究新的有效的药物靶点预测方法。方法:构造训练样本集,提取蛋白质序列的一级结构特征,进行数据预处理,选择最优核函数,优化参数并进行特征选择,训练最优预测模型,检验模型的预测效果。以G蛋白偶联受体家族的蛋白质为预测集,应用建立的最优分类模型对其进行潜在药物靶点挖掘。结果:基于SVM所建立的最优分类模型预测的平均准确率为81.03%。应用最优分类器对构造的G蛋白预测集进行预测,结果发现预测排位在前20的蛋白质中有多个与疾病相关。特别的,其中有两个G蛋白在治疗靶点数据库(TTD)中显示已作为临床试验的药物靶点。结论:基于SVM和蛋白质序列特征的药物靶点预测方法是有效的,应用该方法预测出的潜在药物靶点能够为发现新的药靶提供参考。  相似文献   
5.
多环芳烃降解菌的筛选、鉴定及降解特性   总被引:7,自引:0,他引:7       下载免费PDF全文
【目的】多环芳烃(PAHs)是一类普遍存在于环境中且具有高毒性的持久性有机污染物,高效降解菌的筛选对利用生物修复技术有效去除环境中的多环芳烃具有重要意义。研究拟从供试菌株中筛选多环芳烃高效降解菌,并分析其降解特性,为多环芳烃污染环境的微生物修复提供资源保障和科学依据。【方法】采用平板法从25株供试菌株中筛选出以菲和芘为唯一碳源和能源的高效降解菌,经16S rRNA基因序列进行初步鉴定,通过单因素实验法分析其在液体培养基中的降解特性。【结果】筛选出的3株多环芳烃高效降解菌SL-1、02173和02830经16S rRNA基因序列分析,02173和02830分别与假单胞菌属中的Pseudomonas alcaliphila和Pseudomonas corrugate同源性最近,SL-1为本课题组发表新类群Rhizobium petrolearium的模式菌株;降解实验表明,菌株SL-1 3 d内对单一多环芳烃菲(100 mg/L)和芘(50 mg/L)的降解率分别达到100%和48%,5 d后能够降解74%的芘;而其3 d内对混合PAHs中菲和芘的降解率分别为75.89%和81.98%。菌株02173和02830 3 d内对混合多环芳烃中萘(200 mg/L)、芴(50 mg/L)、菲(100 mg/L)和芘(50 mg/L)的降解率均分别超过97%。【结论】筛选出的3株PAHs降解菌SL-1、02173和02830不仅可以高效降解低分子量PAHs,还对高分子量PAHs具有很好的降解潜力。研究表明,由于共代谢作用低分子量多环芳烃可促进高分子量多环芳烃的降解,而此时低分子量多环芳烃的降解将受到抑制。  相似文献   
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