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放射污染区古菌分离及多样性分析 总被引:1,自引:0,他引:1
【目的】研究放射污染区古菌多样性。【方法】放射污染区采集土样,采用甘油-精氨酸培养基(GJ)、甘油-天冬氨酸培养基(C1)、海藻糖-肌酸培养基(B7)、甘露醇-丙氨酸培养基(Z5)、干酪素-甘露醇培养基(CMKA)、壳聚糖-天冬酰胺培养基(F6)、甘露醇-酸水解酪蛋白培养基(GW1)、CM培养基、HP培养基和KC培养基10种分离培养基,采用梯度稀释法对古菌进行分离,将分离获得的菌株经形态特征,16S rRNA基因片段扩增及限制性内切酶酶切,选取酶切图谱中存在差异性的条带进行测序,最终通过序列比对,聚类分析,获得不同种类的古菌资源。【结果】从该土样中共获得了256株古菌,最终筛选出71株不同类型的古菌,这71株古菌均属于广古菌门,盐杆菌纲,盐杆菌目,盐杆菌科,分布于盐陆生菌属(Haloterrigena)、纳白菌属(Natrialba)、盐球菌属(Halococcus)、盐红菌属(Halorubrum)、盐长寿菌属(Halovivax)、纳线菌属(Natrinema)、盐碱球菌属(Natronococcus)、盐二型菌属(Halobiforma)、盐惰菌属(Halopiger)、盐池栖菌属(Halostagnicola)、富盐菌属(Haloferax)11个属,26个种,其中31株菌的16S rRNA基因序列与已有效发表菌株的序列相似性小于98%,Haloterrigena为该土样的优势菌属。对于分离效果较好的F6培养基采用了梯度营养成分的稀释,最终获得了19株古菌,这些菌株相互之间存在一定的差异性。【结论】本次分离获得了大量的古菌,表明放射污染区存在着较为丰富的古菌资源,其中蕴藏着多种新的物种类型,具有较大的研究价值。 相似文献
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苏云金芽胞杆菌鲇泽亚种HD—133 cry1D的表达调控 总被引:1,自引:0,他引:1
利用PCR扩增基因crylD启动子及上游区片段,在测序的基础上构建含crylD—lacZ融合基因穿梭质粒,导入不同遗传背景的苏云金芽胞杆菌菌株中,并以crylAb—lacZ融合基因为对照测定β—半乳糖苷酶活性,检测启动子上游区的作用。结果表明,crylD—lacZ和crylAb—lacZ融合基因在不同遗传背景的菌株中表达完全不同,也许一些宿主专一性的因子参与了转录调控;而在同一菌株中CerylD-lacZ和cryl Ab-lacZ的表达差异是由于上游区的不同以及竞争有限的σ因子所致。利用PCR定点诱变技术突变其SD序列GGGGA为GGAGG后,CerylD-lacZ融合基因的表达提高了1.0—1.6倍。表明GGAGG是苏云金芽胞杆菌合适的SD序列,也揭示了不合适的SD序列是crylD表达量低的原因之一。 相似文献
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为了探索塔里木盆地荒漠盐碱生境嗜(耐)盐碱细菌的分离方法,采用纯培养技术探讨了不同土壤预处理方法、盐度及不同分离培养基对不同盐度土壤中嗜(耐)盐碱细菌分离效果的影响。结果表明:高盐土壤嗜(耐)盐碱细菌的多样性高于中度盐分和低度盐分的土壤,而总菌落数则相反;半量的Horikoshi I(NaCl 10%~15%)为3种土样最佳的分离培养基,碱性复合培养基和高盐碱培养基A次之;分离嗜(耐)盐碱细菌以获得资源为主要目的时,富集培养法最佳。以反映土壤嗜(耐)盐碱细菌生态分布而言,用土壤悬液法;塔里木盆地嗜(耐)盐碱细菌生长盐浓度及pH值范围较宽,最适生长盐浓度为10%左右,pH值多为8—10左右。分离到的120株嗜(耐)盐碱细菌中,有33株为嗜盐碱细菌,占分离菌株的27.5%。 相似文献
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苏云金芽胞杆菌鲇泽亚种菌株HD-133含有代表性的三种cry1类基因cry1Ab,cry1C和cry1D,它们的表达量却明显不同。通过Northern杂交检测了菌株HD-133中基因cry1D和cry1Ab的mRNA含量及其稳定性。结果表明:基因cry1D mRNA的形成比基因cry1Ab的mRNA滞后3h,且基因cry1D形成mRNA的量很低,产生过程很平稳,在芽胞形成中期比cry1Ab mRNA低3.7倍;cry1Ab mRNA含量在芽胞形成前期高于后期,在后期仍能大量持续稳定地转录。cry1D mRNA的半衰期为18min,而cry1Ab mRNA的半衰期为14min。尽管cry1D mRNA比cry1Ab mRNA的半衰期更长,但cry1D和cry1Ab转录时间和转录量的差异是导致其表达量差异的重要原因。 相似文献
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【背景】塔克拉玛干沙漠凭借其独特的地理位置、恶劣的生存环境以及较少的人为干扰,造就了其独特的微生物资源。【目的】探究塔克拉玛干沙漠东缘沙土细菌群落结构多样性及其影响因素。【方法】采集塔克拉玛干沙漠东缘沙土样品并测定其理化性质,使用基于原核微生物16S rRNA基因的IlluminaMiSeq测序技术,对塔克拉玛干沙漠东缘沙土进行细菌群落结构多样性及其影响因素的分析。【结果】从塔克拉玛干沙漠东缘沙土中获得明确分类地位的细菌种类为21门42纲304属,其中优势菌门为拟杆菌门(Bacteroidetes,31.26%)、变形菌门(Proteobacteria,29.47%)、放线菌门(Actinobacteria,15.71%)和厚壁菌门(Firmicutes,15.69%);在属水平上相对丰度最高的菌属为Salinimicrobium (10.06%),其次为盐单胞菌属(Halomonas,7.39%)、芽胞杆菌属(Bacillus,3.25%)、蓬托斯菌属(Pontibacter,3.14%)、Aliifodinibius(2.76%)和考克氏菌属(Kocuria,1.76%)。全磷(Total Phosphorus,TP)、SO_4~(2-)和HCO_3~-含量对塔克拉玛干沙漠东缘微生物群落结构影响显著。【结论】揭示了塔克拉玛干沙漠东缘微生物群落结构及物种多样性,为后续塔克拉玛干沙漠微生物资源的研究提供理论依据。 相似文献
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【目的】探索新疆罗布泊地区高盐环境可培养嗜盐古菌的多样性及其功能酶应用潜力。【方法】采集罗布泊地区13份土样,用纯培养并结合基于16S rRNA基因系统发育分析的方法来研究样品中嗜盐古菌的多样性。按系统进化树的聚类关系,挑选出一些菌株进行盐度耐受及淀粉酶、蛋白酶、酯酶的酶活检测。【结果】从13份土样中共分离到56株嗜盐古菌,经16S rRNA基因克隆测序,通过MEGA 4.0构建N-J树分析,56株菌分布于嗜盐古菌的10个生效发表属和5个潜在新属。运用Shannon-Wiener方法计算其多样性指数为1.820。挑选17株嗜盐古菌所测试盐浓度实验结果表明这一批嗜盐古菌的大部分生长范围在10%-35%之间,最适盐浓度在20%-25%之间。不同酶活检测结果为:淀粉酶酶活率为70.6%,蛋白酶酶活率为35.3%,酯酶酶活率为82.4%。【结论】新疆罗布泊周边地区由于气候及地理位置的独特性,蕴藏丰富的嗜盐古菌资源。本实验所设计的分离方法对嗜盐古菌的分离是极其有效的,为进一步研究新疆罗布泊及周边地区嗜盐古菌资源提供了技术基础。盐度耐受实验结果验证在低盐环境中分离嗜盐古菌新物种的可行性。同时,嗜盐古菌的酶活比率较高且活性较强为进一步开发利用嗜盐古菌资源提供了理论依据。 相似文献
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新疆塔里木盆地可培养嗜盐放线菌系统发育多样性 总被引:3,自引:0,他引:3
应用纯培养手段和基于16S rRNA基因序列的系统发育分析,对从塔里木盆地高盐环境土壤样品中分离的18株可培养嗜盐放线菌多样性进行了研究.实验结果表明,18株嗜盐放线菌可3个(GlycomycetaceaePseudonocardineae和Nocardiopsaceae),在有效发表的5个属的嗜盐放线菌中有4个属的嗜盐放线菌被分离到.多数菌株属于Actinopolyspora属(38.9%),Nocardiopsis属(27.8%)和Streptomonospora属(22.2%),是塔里木盆地高盐环境中嗜盐放线菌的优势类群.这些分离菌株中,菌株YIM 92370与最近种的相似性为92%,在Glycomycetaceae科内形成一个独立的分支,极有可能代表Glycomycetaceae科的一个新属.研究结果表明塔里木盆地高盐环境中存在有较为丰富的嗜盐放线菌系统发育多样性,并且潜藏着新类型的放线菌资源. 相似文献
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棉花根际解磷菌的解磷能力和分泌有机酸的初步测定 总被引:9,自引:1,他引:9
利用特殊培养基对盐碱地棉花根际解磷菌进行了分离以及pH值和分泌有机酸能力的初步测定。利用溶磷圈法筛选出10个解磷能力较高的菌株进行深入研究,其中液体培养条件下测定了菌株的溶磷能力,有效磷在4.04~185.63 mg/L,其中wpL2溶磷量达到185.63 mg/L;测定了培养液pH值,下降到5.12~6.67,但是pH与溶磷量之间没有线性关系,测定了培养液的有机酸含量,菌株溶磷量与有机酸总量没有线性相关性,其中所分离到的解无机磷菌株均可以分泌酒石酸,除此之外,wpc1还分泌乙酸,wpc2和wpL2还分泌柠檬酸;分离到的解有机磷菌株均可分泌乙酸,除此之外,ypL1和ypc2分泌酒石酸,ypL3分泌柠檬酸,ypL2和ypc3分泌柠檬酸和丁二酸,均不能产生苹果酸。 相似文献
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硝尔库勒湖沉积物中非培养放线菌多样性 总被引:7,自引:2,他引:5
[目的]认识和了解盐湖沉积环境中放线菌的多样性,为今后的开发和利用奠定基础.[方法]应用免培养技术和基于16S rRNA基因序列的系统发育分析对新疆硝尔库勒盐湖沉积物中放线菌的多样性进行了研究.实验采用SDS-CTAB法提取土样中总DNA,利用放线菌特异性引物对土样总DNA进行16S rRNA基因扩增,并构建16S IRNA基因克隆文库;对随机挑选的160个克隆通过酶切筛选出51个不同图谱的重组克隆,并对其测序.[结果]所获得的51个克隆序列属于39个OTUs,其中52.9%的克隆序列分布于放线菌门(phylum Actinobacteria)放线菌亚(Actinobacteridae)的5个亚目和酸微菌亚纲(Acidimicrobidae)中,并且在这两个亚纲中有大量克隆序列属于放线菌的新类群,另外47.1%的克隆序列以极高的自展值在放线菌门内支持形成一个独立的大分支,极有可能代表一个新亚目或更高级分类单元的类群.[结论]这些研究结果说明硝尔库勒盐湖中存在有较为丰富的放线菌系统发育多样性,并且潜藏着新类型的放线菌资源. 相似文献
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【目的】发掘具有开发前景的放线菌资源,对分离自新疆胀果甘草的内生放线菌的多样性、抗菌活性和次级代谢产物合成相关基因进行研究。【方法】采用5种培养基和3种前处理方法,从胀果甘草中分离获得80株放线菌。基于菌株形态学特征,对36株代表菌株进行抗菌活性检测,通过特异性引物扩增方法,检测了PKS I、PKS II、NPRS和卤化酶基因,探究其合成天然产物的潜在能力。结合筛选结果,选取其中20株代表菌,经16S r RNA基因测序,对其进行系统发育分析。【结果】培养基E2和E3结合热处理的分离效果较好;86.1%的代表菌株对供试的细菌、病原真菌表现出了不同程度的抗菌活性,PKS I、PKS II、NRPS基因和卤化酶基因阳性检出率分别为16.7%、72.2%、25.0%和11.1%。具有活性功能的代表菌株经16S r RNA基因测序分析,分别属于链霉菌属(Streptomyces)、小单胞菌属(Micromonospora)、红球菌属(Rhodococcus)和游动放线菌属(Actinoplanes)4个属,其中链霉菌属(Streptomyces)为优势菌属,占60%以上。【结论】胀果甘草是我国传统的药用植物,其植株内部蕴藏着丰富的放线菌资源,并在次生代谢产物合成方面拥有巨大潜力,具有进一步开发的价值。 相似文献