下一代测序cDNA样品制备及优化技术探讨DD

下一代测序技术目前已经应用于微生物、人类、动物、植物等的基因组分析.样品制备是开展大规模测序的必要前提和测序成功的根本保证.对大规模测序造成干扰的主要因素有: polyA干扰测序信号及高丰度基因对低丰度基因的掩盖等.文章以堇菜(Viola verecumda A.Gray)叶片为试材, 提取总RNA, 合成双链cDNA, 利用DSN核酸酶对双链cDNA进行均一化处理, 并对双链cDNA polyA进行了切除, 将处理后的cDNA进行了TA克隆, 挑取100个克隆随机测序.结果表明, 未处理的cDNA样本测序有15个克隆由于polyA的存在而影响了附近碱基的正确阅读, 独立克隆只有62个, 而处理后的cDNA样本经测序未发现polyA, 独立克隆有94个.序列分析发现, 经过处理的cDNA样本随机测序有两个克隆是经MALDI-TOF检测在样本中有蛋白质峰, 而基因克隆一直没有分离到的序列.以处理后的cDNA样本为模板扩增2个已知表达丰度差异较大的基因显示, 处理后这2个基因的PCR扩增产量差异明显减小.这些结果表明polyA切除、DSN核酸酶处理的cDNA样本完全满足大规模测序、寻找新基因的要求.     

人组氨酸磷酸酶蛋白PHP14的过表达及其对NIH-3T3细胞体外增殖和非锚定依赖性生长的影响

目的:获取人组氨酸磷酸酶蛋白PHP14基因,并构建其N端和C端GFP融合的真核表达载体,建立过表达PHP14的NIH-3T3细胞系,并观察其对NIH-3T3细胞体外增殖和非锚定依赖性生长的影响.方法:以HeLa cDNA为模板,PCR扩增PHP14的全长编码基因,分别克隆到pEGFP-N2和pEGFP-C3载体中,构建pEGFP-N2-PHP14和pEGFP-C3-PHP14真核表达载体,利用脂质体将构建的载体转染到NIH-3T3细胞中,MTT法检测细胞增殖,软琼脂成集落法检测体外非锚定依赖性生长能力.结果:成功构建了过表达PHP14的真核表达载体pEGFP-N2-PHP14和pEGFP-C3-PHP14,并在NIH-3T3细胞中检测到了目的基因的过表达,PHP14在NIH-3T3细胞中过表达并不影响NIH-3T3细胞的体外增殖,但赋予了NIH-3T3细胞非锚定依赖性生长的能力.结论:成功构建了过表达PHP14的NIH-3T3细胞模型,在NIH-3T3细胞中过表达PHP14并不影响NIH-3T3细胞的体外增殖,但赋予了NIH-3T3细胞非锚定依赖性生长能力.     

桦褐孔菌提取物对胃癌MGC-803细胞株的抗增殖与诱导凋亡作用

探讨了桦褐孔菌提取物对胃癌MGC - 80 3细胞株的抗增殖、诱导凋亡作用及对凋亡相关基因表达的影响。MTT比色法结果显示 ,桦褐孔菌提取物在 0 .5～ 16 0 μg/mL范围内 (其IC50 为 4 μg/mL)对胃癌MGC- 80 3细胞株均有抑制作用 ,并表现出浓度依赖性关系 ;凋亡形态学观察结果 ,药物浓度 2 μg/mL ,作用时间 12～ 2 4h后 ,细胞核染色质固缩并凝结成块 ,聚集在核膜周边 ,凋亡小体形成 ;TUNEL法检测结果 ,不同浓度药物均诱导胃癌MGC - 80 3细胞株凋亡 ,细胞凋亡率随药物浓度增加而上升 ,显示明显的量效关系。Ki- 6 7抗原检测结果 ,不同浓度药物均抑制胃癌MGC - 80 3细胞株增殖 ,表现出浓度、时间依赖性关系 ;2μg/mL桦褐孔菌提取物作用胃癌MGC - 80 3细胞株 4 8h之后 ,明显下调Bcl - 2基因蛋白表达。因此 ,通过此项研究可得出 ,桦褐孔菌提取物对胃癌MGC - 80 3细胞株有抗增殖作用和诱导凋亡作用 ,其凋亡的分子生物学机制可能与下调凋亡抑制基因Bcl 2表达有一定关系。