从土壤中提取DNA方法比较

设计并比较了3种直接从土壤中提取DNA的方法。试验结果表明:3种方法都可以从土壤中提取到分子量大于23.13 kb的DNA的片段,每克干土DNA的提取量为2.5~31μg,不同方法间在DNA产量、纯度等方面存在较大差异。     

南方红豆杉内生细菌分离鉴定及系统发育分析

目的:了解南方红豆杉内生细菌类群及其系统发育关系;方法:对分离菌株进行形态学、生理生化和分子鉴定,并做系统发育分析.结果:从南方红豆杉茎、皮和叶中共分离到内生细菌52株.对12株内生细菌16S rDNA进行PCR扩增,扩增产物大小约为1 400bp,对11株内生细菌16S rDNA测序结果,用BLAST软件进行相似性比对,发现TB02株为Enterobacter属,相似性99％;9株为Bacillus属,相似性99％～ 100％:TB13株为Lysinibacillus,相似性97％.通过构建系统发育树发现这11株内生细菌明显聚为两大支.结论:11株内生细菌分别鉴定为肠杆菌、芽孢杆菌和Lysinibacillus,芽孢杆菌为南方红豆杉内生细菌优势菌属.芽孢杆菌和Lysinibacillus亲缘关系较近,二者和肠杆菌之间亲缘关系较远.     

南方红豆杉内生真菌分离时的表面消毒方法探索

表面消毒是植物内生菌分离的关键环节,在南方红豆杉(Taxus chinensis var. mairei)内生真菌分离的过程中,使用75％乙醇、2％次氯酸钠（NaClO）代替升汞对外植体进行了表面消毒摸索。结果显示：红豆杉叶、茎、皮经预处理后,先用75％乙醇浸泡3 min,再用2％次氯酸钠浸泡2 min,然后红豆杉叶、茎、皮分别用75％乙醇浸泡3 min、5 min、7 min,可取得满意的表面消毒效果。     

贵州赤水桫椤自然保护区桫椤内生真菌多样性研究

桫椤Alsophila spinulosa是白垩纪时期遗留的古老孑遗蕨类植物,具有较高的药用价值和观赏价值。本研究采用形态特征和ITS序列分析方法,从250个组织块中共分离获得84个菌株,隶属于2门3纲10目18科25属。子囊菌门Ascomycota为优势菌门,其相对丰度高达92.86%,而担子菌门Basidiomycota仅为2.38%;粪壳菌纲Sordariomycetes和座囊菌纲Dothideomycetes为优势纲,其相对丰度分别为78.57%和13.10%;小丛壳目Glomerellales和炭角菌目Xylariales为优势目,其相对丰度分别为33.33%和25.00%;小丛壳科Glomerellaceae和炭角菌科Xylariaceae为优势科,其相对丰度分别为32.14%和19.05%;刺盘孢属 Colletotrichum和炭角菌属Xylaria为优势属,其相对丰度分别为32.14%和14.29%。这些菌株存在一定的组织差异,属水平上,叶轴中共获得15属,特有属9属;羽状复叶中共获得16属,特有属10属,两组织间共有属为6属,其中刺盘孢属Colletotrichum和炭角菌属Xylaria均为两组织的优势属,但其相对丰度存在一定差异。从不同组织多样性来看,桫椤叶轴的Shannon、Simpson多样性指数和Pielou均匀度均高于桫椤叶。     

珙桐内生细菌的分离鉴定及系统发育分析

用微生物学传统分离培养方法从珙桐茎、叶及叶柄中分离到内生细菌56株,选取17株内生菌,提取其基因组DNA,并以此为模板,PCR扩增其16S rDNA,扩增出约1 500 bp大小的DNA条带,对15株内生菌16S rDNA测序,用BLAST软件对测序结果进行相似性比对,发现11株为Bacillus属,相似性为95%-98%;2株为Lysinibacillus属,相似性为97%和99%;1株为Bordetella属,相似性为95%;1株为非培养细菌的同源菌,相似性96%。芽孢杆菌为珙桐内生细菌优势菌属。通过构建系统发育树发现这15株内生菌明显聚为2大支。