外源甜菜碱对干旱胁迫下小麦幼苗膜脂过氧化作用的影响

用PEG4000溶液对小麦（Triticum aestivum L.heimang)幼苗进行胁迫处理和加入外源甜菜碱（Betaine)作同样处理,6、12、18和24h测定生理变化。结果表明,与对照相比,外源甜菜碱导致小麦幼苗叶片含水量下降,相对膜透性增大,MDA含量升高,SOD和POD活性先降后增,同时脯氨酸大量积累。说明外源甜菜碱对小麦幼苗受伤害程度有明显加深作用。     

SAGEmap分析及DNA序列染色体定位的电子自动化实现

通过一组Perl模块(命名为SLtools)实现自动化SAGEmap序列表达谱分析及核酸序列的自动化染色体定位分析,从而使这两种重要的生物学功能的高通量分析成为可能。程序具有良好的可移植性和适应性,可以直接在Windows和Linux系统下使用,无须作任何改动。只须简单编写Perl程序,向该模块提交核酸序列或者序列注册号,就可以得到一系列相应的分析结果。模块可以免费下载:http://bioinfor.cicams.ac.cn/SLtools.tar.gz。     

cDNA(EST)文库的高通量生物信息学分析体系的构建与应用

应用生物信息学方法,构建了一套针对cDNA或EST文库的高通量、自动化分析体系,CLASP(cDNA Library Analysis SystemPrimary)。CLASP基于Linux操作系统,主要由Perl程序构成。它以cDNA文库(ESTs)序列为分析对象,具有自动查找序列同源基因并进行染色体定位(包括细胞遗传学定位和SIS定位)、EST自动延伸等功能;并对不同来源序列进行聚类分析。应用该体系对3对肺癌相关抑制性消减杂交(SSH)cDNA文库进行了分析。结果在所有3对文库的2083条EST中有1492条找到了同源基因,其中1365条得到染色体定位。对所余591条未知基因的EST进行了电子延伸,其中有214条EST得到不同程度的延伸。对上述cDNA文库中已知基因的EST以及电子延伸后的EST再分别进行聚类分析,而后综合两个聚类分析的结果,由此可发现不同文库间的共同与差异表达基因,可用于特定性状相关的基因功能预测。