福尔马林对固定标本DNA提取和扩增的影响

福尔马林被广泛应用于生物标本的长期保存。由于福尔马林可能影响标本DNA的质量,因此需要对福尔马林固定标本DNA的提取和扩增过程进行改进。影响从福尔马林保存标本中提取的DNA质量的主要因素包括福尔马林导致的DNA与蛋白质之间、蛋白质与蛋白质之间、DNA与DNA之间的交联,福尔马林溶液的化学成分、pH值及浓度,标本保存的时间和温度,标本保存部位等。本文总结了目前常用的对标本DNA提取和扩增过程的改进措施及其优点。     

福尔马林保存鱼类标本中大片段DNA的提取

从福尔马林保存的鱼类标本中获得高质量DNA是比较困难的。我们对前人的方法进行了如下改进：1）在标本的前处理过程中,通过长时间的缓冲液浸泡、短暂的加温、真空干燥来消除福尔马林对样品的影响;2）在样品消化过程中,加入相对过量的蛋白酶K和还原剂;3）提取DNA后立即进行PCR反应,并增加反应的循环次数和提高退火温度。通过这些改进,我们成功地从福尔马林保存的鱼类标本中提取出了高质量DNA;通过对比不同方法（福尔马林、酒精及冰冻）处理过的标本的DNA测序结果,表明该方法是值得信赖的;标本从死亡到用福尔马林处理之间的时间延搁可能是影响所提取的DNA质量的重要因素。     

利用线粒体DNA控制区序列分析细鳞鲑种群的遗传结构

细鳞鲑(Brachymystaxlenok)是我国重要的经济鱼类,由于过度捕捞、环境污染及其他因素的影响,其种群已处于濒危状态。研究细鳞鲑种群的遗传结构对于探讨这一物种的形成与演化及其有效保护等问题具有十分重要的意义。本文测定了我国东部水系的细鳞鲑7个种群71个个体的线粒体DNA控制区序列片段(835bp),发现43个变异位点,共计15个单倍型。AMOVA分析结果表明,不同的地理区域之间存在显著的遗传分化(63.55%),而区域内和种群内的遗传变异分别只有24.17%和12.28%。采用邻接法(NJ)构建分子系统树,结果表明,单倍型被分成3个与各自的地理区域相对应的族群,各地理区域之间没有共享的单倍型。细鳞鲑的这种独特的遗传结构与其进化历史(例如地理隔离造成基因流的长期中断)和生物学特性(例如有限的散布能力和基因交换能力)有密切的关系。根据上述研究结果,我们建议对这3个遗传分化显著的地理区域加以保护,并按照不同的水系来保护种群,避免不同区域的种群之间发生基因交流。