长链非编码RNA功能的研究进展及其与癌症的关系

长链非编码RNA(long noncoding RNA,lnc RNA)是指长度在200个核苷酸以上且不能编码蛋白质的RNA。lnc RNA起初被认为是转录噪声,但后续研究表明,许多lnc RNA只在机体特定生理状态的特定部位表达,或是只在某些特定的生物过程中表达,对特定lnc RNA的基因敲低可导致表型改变,从而证明了其是有功能的。事实上,目前的lnc RNA研究几乎覆盖所有的生理学和病理学过程,也包括癌症的发生发展。癌症是细胞失控生长所导致的一类疾病,是每年人口死亡的主要原因之一,其发生、发展机理与相应治疗策略的研究,已成为当今的一大课题。近年来,越来越多的lnc RNA被证明参与了癌症的多种发生发展过程,从而逐渐成为预防与治疗癌症的新突破口。文章就lnc RNA目前已知的功能及其与癌症的关系做一综述。     

MKL1基因多态性与高原环境适应性的遗传关联研究

高原环境适应性与遗传因素密切相关,已有多个基因被报道与高原环境适应性显著相关。巨核细胞白血病因子1(megakaryoblastic leukemia 1,MKL1)是一种转录调节因子,在平滑肌细胞的表型调变中发挥重要作用。为探讨MKL1基因是否与高原环境适应性相关,本研究进行了MKL1基因多态性与高原环境适应性的遗传关联分析。本研究招募了世居青藏高原的藏族人群(n=595)和世居平原地区的汉族人群(n=442),并采用MassARRAY阵列图谱技术对MKL1基因的多态性位点rs59098711进行基因分型,比较了其基因型及等位基因型在两组人群中的分布是否存在显著差异。结果发现,在藏、汉两组人群间rs59098711位点的基因型和等位基因型频率存在显著差异(P0.05)。进一步通过与公共数据库比较发现,藏族人群中rs59098711的基因型及等位基因型的频率分布与其他人种存在显著差异(P0.05)。生物信息学分析表明,rs59098711位点位于MKL1基因增强子区域,与MKL1基因表达的调控密切相关。同时,基于公共数据集进行的基因差异表达分析发现,MKL1基因在低压性缺氧环境中显著上调。以上研究结果表明,MKL1基因的多态性位点rs59098711与人类的高原适应能力存在相关性。     

全基因组关联研究发现8p21.3区域的INTS10基因是一种新的抑制HBV感染的抗性基因

正乙型肝炎病毒(Hepatitis B virus,HBV)感染是最常见的病毒性传染病之一,全球大约有2.5亿HBV慢性携带者。我国大约有7500万HBV慢性携带者,位列全球各国之首。HBV感染后可能引发一系列肝脏疾病,包括慢性乙型肝炎、肝硬化和肝癌。因此,预防和治疗HBV慢性感染意义重大。成年个体感染HBV后,绝大多数个体可以清除病毒,只有少部分个体(~10%)会发展成为慢性感染者。病毒因素和环境因素均可能导致这种个体化差异。病毒因素和环     

基质金属蛋白酶及其基因多态性与肝癌的发生发展

肝癌是威胁人类健康的主要疾病。基质金属蛋白酶（MMPs）是一类Zn^2＋依赖的蛋白水解酶,能参与细胞外基质的代谢。已有的研究表明,MMPs在肝癌的生长、血管形成、侵袭和转移等多个阶段中发挥重要作用,由此,MMPs成为极佳的肝癌候选易感基因,其基因多态性可能调节肝癌的易感性。然而,目前针对肝癌的遗传易感研究还不多见。随着人类基因组计划和单倍型图谱计划的完成,进行肝癌易感基因的鉴定对于指导肝癌的早期预防和治疗具有重要意义。     

缺氧相关长链非编码RNA作为肝癌预后预测标志物的潜在价值

肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,简称肝癌)是一种常见的恶性肿瘤。缺氧是肝癌等实体肿瘤的一个重要特征,同时也是诱导肿瘤恶性进展的重要因素。然而,肝癌缺氧相关的长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)的鉴定及其在临床生存预后等方面的价值仍未得到系统的研究。本研究旨在通过肝癌转录组的整合分析鉴定肝癌缺氧相关的lncRNA,并评估其在肝癌预后中的价值。基于癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)计划的肝癌转录组数据的整合分析,初步鉴定到233个缺氧相关的候选lncRNA。进一步筛选具有预后价值的候选者,基于其中12个缺氧相关lncRNA(AC012676.1、PRR7-AS1、AC020915.2、AC008622.2、AC026401.3、MAPKAPK5-AS1、MYG1-AS1、AC015908.3、AC009275.1、MIR210HG、CYTOR和SNHG3)建立了肝癌预后风险模型。Cox比例风险回归分析显示,基于该模型计算的缺氧风险评分作为肝癌患者新的独立预后预测指标,优于传统的临床病理因...     

新冠肺炎遗传易感基因的研究进展

新型冠状病毒(severe acute respiratory syndrome coronavirus 2,SARS-CoV-2)感染人体后,个体间存在显著不同的新冠肺炎(corona virus disease 2019,COVID-19)临床症状。机体遗传因素在新冠病毒感染后的临床转归过程中发挥重要的作用。以全基因组关联研究(genome-wide association studies, GWAS)为代表的遗传关联研究方法,已成功鉴定了多个与新冠肺炎相关的易感基因,为新冠肺炎防诊治措施的研发提供了理论基础。本文综述了新冠肺炎遗传易感基因的研究进展,包括多种表型、多个人群、多种遗传变异类型的新冠肺炎全基因组关联研究以及易感基因区域的精细定位研究等,旨在为新冠肺炎遗传易感基因的后续研究提供参考。     

中国人群肝癌的易感基因研究

以单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism,SNP）为遗传标记的遗传关联研究是近年来鉴定复杂疾病易感基因的主要策略之一.尤其是新近发展成熟的全基因组关联研究（genome-wide association study,GWAS）,已被公认是行之有效的系统搜寻重大疾病易感基因的研究方法.军事医学科学院与国内同行合作开展的HBV相关肝癌GWAS结果表明,1p36.22的UBE4B-KIF1B-PGD区域是一个全新的肝癌易感基因区域,证明了遗传易感性在肝癌发生发展中的病因学意义.肝癌易感基因的发现,不仅为深入阐明肝癌的发生机制开辟了新的研究方向,而且为肝癌的风险预测和早期预警研究提供了理论依据;同时,也为后续开发新型的治疗药物奠定了基础.     

CRISPR基因组编辑技术在传染病致病机理研究和防诊治中的应用

CRISPR基因组编辑技术在基因操作和传染病研究等方面展现出巨大的应用前景,对于有效控制和治愈传染病具有重要价值。通过其构建的细胞、类器官和动物疾病模型,为探索传染病相关分子机制提供了极大便利。CRISPR筛选技术使得高通量鉴定传染病相关风险因子成为可能。基于CRISPR的新型分子诊断工具为病原体的检测提供了更灵敏和快速的方法。利用CRISPR工具敲入抗性基因或破坏风险基因和病毒基因组,有望实现预防或治疗传染病。本综述讨论了CRISPR基因组编辑技术在疾病模型制备、传染病风险因子筛选、病原体诊断和传染病防治中的应用,以期为后续传染病的研究和防诊治提供参考。     

序列同源性比较软件Blast的本地化实现及VB接口程序的编制

美国国家生物技术信息中心（ＮａｔｉｏｎａｌＣｅｎｔｅｒｆｏｒＢｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙＩｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ,ＮＣＢＩ）的Ｂｌａｓｔ软件是进行核酸序列和蛋白质序列同源性比较的有力工具［１,２］．通过访问ＮＣＢＩ的主页（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ）进行Ｂｌａｓｔ同源性比较是常用的分析方法．然而在很多场合需要在脱机状态下使用Ｂｌａｓｔ进行同源性比较,所以,Ｂｌａｓｔ软件的本地化实现有其必要性．本文介绍实现Ｂｌａｓｔ本地化过程的经验,同时用ＶｉｓｕａｌＢａｓｉｃ５．０（以下…     

诱生型一氧化氮合酶基因启动子的结构及其调控

鼠类ＮＯＳ２基因５′端１．７ｋｂ序列几乎包含了所有的顺式作用元件,其中ＮＦκＢ结合位点,ＩＲＦ－ＲＥ,ＣＡＡＴｂｏｘ和ＧＡＳ４等元件对该在的诱导性转录调控至关重要,人ＮＯＳ２基因５′端３．７ｋｂ范围与鼠类有相似的调控元件,但该区域仅有基础启动子活性,其诱导性调控元件在－３．７ｋｂ的上游,其中ＮＦκＢ结合位点着关键的作用。