石果衣真菌(Endocarpon pusillum)比较转录组分析揭示其抗旱特性

从沙漠地区地衣石果衣中分离得到的地衣型真菌(Endocarpon pusillum)具有极强的抗旱能力.为了研究石果衣真菌的抗旱机制,本研究利用转录组测序和荧光定量的方法分别对纯培养和共生状态的真菌进行分析和比较.比较转录组分析是针对纯培养的石果衣真菌,比较其在正常培养和胁迫培养条件下的2个样品,得到1781个差异表达基因.以抗旱植物和非地衣型真菌的抗旱机制作为参照,一些普遍存在机制中所涉及的基因在石果衣真菌中也是差异表达的.然而不同的是,石果衣真菌的抗旱机制中不涉及有关渗透压调节基因的差异表达,这一特点为揭示石果衣真菌为干旱适应物种提供了证据.此外,石果衣真菌不同于其他生物,还有一系列差异基因被归类于其特有的干旱适应机制.为了确定共生与纯培养状态下的石果衣真菌的抗旱机制是否一致,本研究挑选了23个候选基因,利用荧光定量的方法在脱水地衣体中进行验证.本研究为下一步地衣型真菌的研究提供有价值的数据支持,同时也会有助于抗旱基因的功能研究.     

新科Rhizoplacopsidaceae中的新属及新种Rhizoplacopsis weichingii

本文描述了位于新科盾叶科 Rhizoplacopsidaceae(Umbilicariales,Lecanoromycetes,Ascomycota)中的新属盾叶属 Rhizoplacopsis 和新种蔚青盾叶 Rhizoplacopsis weichingii。蔚青盾叶取名于著名中国真菌学家王云章教授之字“蔚青”,作为庆祝教授百岁生日之纪念。该新种在外形上与 Rhizoplaca 属地衣极为相似,但位于地衣体上的子囊盘却为网衣型。此外,它的子囊顶器结构非常接近于 Umbilicaria-type。基于分子数据,对 Rhizoplacopsis weichingii 及其它相关地衣进行的系统发育分析支持成立新属盾叶属 vRhizoplacopsis 和新科盾叶科 Rhizoplacopsidaceae。     

北极岛衣共生菌藻宏基因组文库的构建

为从地衣中筛选耐寒基因,采用CTAB法提取岛衣北极变种的共生菌藻中基因组DNA,经Sau3AⅠ酶切,获得2~6 kb的DNA片段。再与经BamHⅠ酶切消化并经去磷酸化处理的质粒载体pUC19体外连接,转化至DH5α大肠杆菌(Escherichia coli)的感受态细胞中,成功构建了岛衣北极变种的宏基因组文库。     

石耳属ITS条形码物种的快速鉴定

生物DNA条码是利用一个短的DNA标记进行生物的快速鉴定。以真菌界的石耳目、石耳科中的石耳属地衣的部分种类为材料,应用地衣共生菌的rDNA-ITS序列,对29种石耳属地衣进行鉴定,并初步探究其中部分种类特异的微型条码,为石耳属地衣的快速鉴定提供依据。     

蜈蚣衣科SSU rDNA中I型内含子的初步研究

本文结合来自GenBank中的地衣型真菌SSU rDNA中Ⅰ型内含子的相关信息,对取自蜈蚣衣属(Physcia)两个种——斑面蜈蚣衣(Physcia aipolia)、蜈蚣衣(Physcia stellaris),和黑蜈蚣衣属(Phaeophyscia)一个种——毛边黑蜈蚣衣(Phaeophyscia hispidula)共10个样品的SSU rDNA中Ⅰ型内含子的分布模式进行了研究。结果表明,在这些地衣型真菌的SSU rDNA中具有多个Ⅰ型内含子;而内含子插入位点的分布并不具有种的特异性和地理特异性。这种分布模式暗示这些Ⅰ型内含子仍然处于“插入-删除”的平衡状态,而且在此过程中,有性生殖可能比基因的水平转移发挥了更重要的作用。     

岛衣型真菌属级分类的初步研究*

本研究对岛衣型真菌Allocetraria ambigua,Allocetraria stracheyi,Nephromopsis pallescens和Tuckneraria laureri的核rDNA ITS序列进行了测定,并结合来自Genbank中的其它21种岛衣型真菌的核rDNA ITS序列进行了同源性分析。分析所用软件为DNAMAN。结果发现,Cetraria、Allocetraria、 Vulpicida、 Flavocetraria、 Tuckermannopsis和Kaernefeltia之间rDNA ITS的同源关系非常密切。这同岛衣型地衣现有细分的小属观点相矛盾。这种矛盾可能是由于持小属观点的作者在分属时对个别表型性状加权的结果。     

新科Rhizoplacopsidaceae中的新属及新种Rhizoplacopsis weichingii

本文描述了位于新科盾叶科 Rhizoplacopsidaceae(Umbilicariales,Lecanoromycetes,Ascomycota)中的新属盾叶属 Rhizoplacopsis 和新种蔚青盾叶 Rhizoplacopsis weichingii。蔚青盾叶取名于著名中国真菌学家王云章教授之字“蔚青”,作为庆祝教授百岁生日之纪念。该新种在外形上与 Rhizoplaca 属地衣极为相似,但位于地衣体上的子囊盘却为网衣型。此外,它的子囊顶器结构非常接近于 Umbilicaria-type。基于分子数据,对 Rhizoplacopsis weichingii 及其它相关地衣进行的系统发育分析支持成立新属盾叶属 Rhizoplacopsis 和新科盾叶科 Rhizoplacopsidaceae。     

岛衣类地衣的两个中国新记录种

报道岛衣类地衣2个中国新纪录种。类内黄类斑叶衣Cetreliopsisendoxanthoides分布于中国西南,美洲土可曼衣Tuckermanopsisamericana分布于中国东北。C.endoxanthoides与同属中其它种的显著差异为该种的髓层为黄色,地衣体蓬松;C.rhytidocarpa鳞片大型,地衣体枯黄色;C.asahinae鳞片细小,髓层白色,含physodicacid,不含salazinicacid。T.americana在形态上与T.ciliaris.极其相似,但二者的化学成分不同;T.americana含alectoronicacid和α-collatolicacid,而T.ciliaris含olivetoricacid;T.ciliaris分布于北美的阿巴拉契亚山-大湖地区(Appalachian-GreatLakesrange)及阿拉斯加北部,其在东亚的存在需要进一步确认。研究标本保存在中国科学院微生物研究所菌物标本馆地衣分部(HMAS-L)。     

地衣型真菌的I型内含子及其在系统发育中的应用

以蜈蚣衣属、黑蜈蚣衣属地衣样品为材料,结合GenBank中相关数据,对地衣型真菌核糖体小亚基 DNA上的I型内含子分布模式进行归纳,并探讨了其在地衣型真菌系统发育研究中的应用。结果表明在地衣型真菌核糖体小亚基 DNA上存在多个I型内含子插入位点,通过二级结构分析给出了天然状态下I型内含子发生转座的证据。分析显示,I型内含子作为分子标记,只适合用于种下单位的系统发育研究中。     

红脐鳞地衣基因组文库的构建(英文)

地衣是真菌和一种或多种光合微生物形成的稳定的共生联合体 ,既是先锋生物 ,又是敏感生物。环境的变化及生境的片断化 ,使得许多地衣种类处于濒危状态。保护珍稀濒危地衣物种的方法包括地衣体的移植 ,地衣中菌藻的分离培养及基因组文库的构建等。本研究用改进的CTAB方法提取基因组总DNA ,以Lamb daGEM 11为载体 ,构建了红脐鳞 (Rhizoplacachrysoleuca)的基因组文库 ,文库中同时含有该地衣共生菌与共生藻的DNA。该文库包含 8.5× 10 5个重组子 ,插入片段的平均大小为 19kb。文库的容量约为红脐鳞单倍体基因组的 10 0倍。该基因组文库的构建为保护稀有与濒危地衣物种提供了一个新的途径 ,并可进一步开展有关地衣的分子操作研究 ,如地衣冰核蛋白的异源表达等。