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肿瘤药物敏感性预测在指导患者临床用药方面具有重要意义。本文基于癌症药物敏感性基因组学数据库(genomics of drug sensitivity in cancer, GDSC) 198种药物的细胞系敏感性IC50数据,通过Stacking集成学习构建了包含基因表达、基因突变、拷贝数变异数据的多组学癌症药物敏感性预测模型。采用多种特征选择方法对基因特征进行降维,使用Stacking方法集成6种初级学习器和1种次级学习器进行建模,采用5折交叉进行模型验证。预测结果中AUC大于0.9的占比为36.4%,在0.8–0.9之间的占比为49.0%,最低AUC为0.682。基于Stacking构建的多组学预测模型较已有单组学和多组学模型的准确性和稳定性具有优势。多组学整合预测药物敏感性优于单一组学。特征基因功能注释和富集分析解析了肿瘤对sorafenib潜在的耐药机制,从生物学角度提供了模型可解释性及其应用于临床用药指导的价值。 相似文献
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免疫细胞浸润对癌症的诊断与预后有着重要意义。文中收集TCGA数据库已收录的非小细胞肺癌肿瘤与正常组织基因表达数据,利用CIBERSORT工具得到22种免疫细胞占比来评估免疫细胞浸润情况。以22种免疫细胞占比为特征,用机器学习方法构建了非小细胞肺癌肿瘤与正常组织的分类模型,其中随机森林方法构建的模型分类效果AUC=0.987、敏感性0.98及特异性0.84。并且用随机森林方法构建的肺腺癌和肺鳞癌肿瘤组织分类模型效果AUC=0.827、敏感性0.75及特异性0.77。用LASSO回归筛选22种免疫细胞特征,保留8种强相关特征组成的免疫细胞评分结合临床特征构建了非小细胞肺癌预后模型。经评估及验证,预后模型C-index=0.71并且3年和5年的校准曲线拟合良好,可以对预后风险度进行准确预测。本研究基于免疫细胞浸润所构建的分类模型与预后模型,旨在对非小细胞肺癌的诊断与预后研究提供新的策略。 相似文献
3.
角鲨烯因其具有良好的抗氧化功能而被广泛应用于食品、医药、化妆品、工业应用等领域。本实验在大肠杆菌中构建角鲨烯合成途径,通过对其合成途径中关键限速酶(1-脱氧-D-木酮糖-5-磷酸合酶和异戊烯基二磷酸异构酶)过表达的方法进行初步调控,使角鲨烯的产量提升了近三倍。之后采用单因素试验对其发酵培养基和培养条件进行优化,以此来提高角鲨烯的产量。优化发酵条件后,使用最优发酵培养基——TB培养基,在最佳发酵条件:37℃,220 r/min培养至OD_(600)约为1.2时加入终浓度为0.1 mmol/L的IPTG诱导剂,25℃条件下诱导48 h,角鲨烯产量可达73.88 mg/L。 相似文献
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广州市海岸带生态环境现状及保护 总被引:8,自引:0,他引:8
广州市海岸带位于珠江入海口,为淤泥质冲积平原,滩涂面积广阔,湿地类型多样,野生动植物资源丰富。调查分析显示,近20年以来,海岸带的生态环境发生了深刻的变化。突出表现为天然湿地丧失或转化为受控湿地、淡水水体和海水水质恶化、生物资源衰退、外来生物入侵、洪涝灾害加剧等问题,形成人为活动干扰十分强烈的生态脆弱带。这些问题的产生与海涂围垦等海岸带开发活动密切相关。随着广州市“南拓”空间发展战略的提出,海岸带资源开发力度将进一步加强,尽管市政府在海洋保护、红树林湿地恢复重建和保护区建设等方面开展了大量工作,但海岸带的生态环境保护依然不容忽视。 相似文献
5.
蜜蜂体内有9种王浆蛋白基因(major royal jelly protein,MRJPs1~9),其中MRJPs1~5在蜂王浆中含量较高,是蜂王浆生物学功能的基础。MRJPs6~9在王浆中没有或含量极少,且功能未知。为研究非王浆蛋白组分的MRJP9的生物学功能,本研究用RT-PCR的方法对意大利蜜蜂Apis mellifera ligustica Spinola不同组织,不同部位,不同级型样本中mrjp9的转录水平进行检测和定量。结果发现mrjp9在蜜蜂的幼虫、蛹和成年蜜蜂的各组织部位均广泛转录表达,但其在幼虫、蛹和刚出房的成年蜜蜂体内表达水平较低,而在成年采集蜂体内表达水平则较高,其表达与蜜蜂的发育时期有关。通过对在成年蜜蜂体内各组织部位的表达水平进行检测的结果显示该基因主要在蜜蜂的头、胸和王浆腺等组织部位的表达较高,其他组织部位表达较少。此外,该基因也在雄蜂和蜂王体内广泛表达,不受蜜蜂性别和级型的影响。这些结果说明mrjp9是一与蜜蜂发育有关的基因,可能与蜜蜂的行为发育和分工调控有关。 相似文献
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羽扇豆醇因其具有抗癌抗炎等生理活性而广泛应用于医药领域。本研究分别利用源自木榄和蓖麻的羽扇豆醇合酶(LUS)在解脂耶氏酵母(Yarrowia lipolytica)中构建生物合成羽扇豆醇途径(GLU-1、GLU-2),并由对该途径中关键限速酶3-羟基-3-甲基戊二酰辅酶a还原酶(tHMGR)和异戊烯基二磷酸异构酶(IDI)过表达的工程菌(GLU-1M、GLU-2M)调控MVA途径,实现了羽扇豆醇在解脂耶氏酵母中从无到有的生成,其产量为11.74 mg/L。为提高其产量而构建了过表达角鲨烯合成酶(SQS)及角鲨烯氧化酶(SQE)的工程菌(GLU-1MSS),羽扇豆醇的产量达到了24.62 mg/L,较前构建的工程菌(GLU-1M)产量提高了1倍。 相似文献
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凤眼莲浸出液对东海原甲藻生长的抑制作用 总被引:15,自引:1,他引:14
研究了凤眼莲浸出液对赤潮藻东海原甲藻生长的影响。浸出液浓度以单位体积溶液中所含凤眼莲鲜重表示。结果显示,在浸出液浓度大于2g·L-1时,活体凤眼莲浸出液和干凤眼莲浸出液对东海原甲藻的生长都有明显的抑制作用。在浸出液浓度达到8g·L-1时,活体凤眼莲浸出液和干凤眼莲浸出液对东海原甲藻都具有杀灭作用,东海原甲藻全部死亡出现的时间分别为培养后的第4t和第5t。经121℃高温处理20min后的活体凤眼莲浸出液对东海原甲藻的抑制作用仍然存在,抑制作用并没有显著减弱。研究结果表明凤眼莲的抑藻物质具有用来控制赤潮生物东海原甲藻的潜在价值。 相似文献
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工业废水的鱼类急性毒性效应研究 总被引:18,自引:1,他引:17
利用斑马鱼对某市六家有代表性的企业所排放的处理前和处理后的工业废水进行了急性毒性试验,以对斑马鱼的半致死浓度为评价指标,得到了六种工业废水毒性强度的初步排序,并结合理化指标分析了斑马鱼的致死原因。实验表明,六家企业处理前工业废水的毒性大小顺序为:电子类>食品类>电镀类>电池类>玻璃类>橡胶类,96hLC50分别为:0.98%、4.73%、11.35%、13.60%、47.60%,其中橡胶类毒性最小,100%的工业废水对斑马鱼无致死效应。处理后的工业废水毒性基本消除,但部分行业的工业废水处理后仍存在毒性。 相似文献
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四列藻在营养限制胁迫下的超补偿生长研究 总被引:14,自引:1,他引:13
四列藻在营养限制胁迫下培养 1 0 d后 ,在恢复营养进行培养的初期 ( 1~ 5 d) ,表现出较强的超补偿生长能力。与持续正常营养培养的对照组比较 ,两者间的生长表现出显著差异 ( P<0 .0 5 )。四列藻超补偿生长的主要特征表现是在恢复营养进行培养的初期 ,处理组的藻细胞比对照组平均相对生长率提高 ,细胞数增多 ,叶绿素 a含量和生物量增高 ,细胞数净增率最高达 68.2 %~ 1 2 1 .1 % ,生物量净增率最高达 2 1 .8%~95 .3%。随着培养时间的推移 ,由于环境容量的限制 ,处理组与对照组之间的差异逐渐减小。到了培养的后期 ,处理组和对照组的各生长参数都趋于一致。同时发现 ,在受到营养限制胁迫后 ,藻细胞内蛋白质、细胞内糖和蛋白质 /糖 ( P/C)的比值发生了变化 ,但是在恢复营养进行培养 1 0 d后 ,均基本上恢复至处理前的水平。藻类中存在的这种超补偿生长特性有可能是引起藻华和赤潮的一个生物内在因素。 相似文献
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受时空因素的限制,研究土壤、微生物和植物的演替过程通常采用以空间换时间的时空替代法,关于成土时间的驱动力研究较少。选取黄河三角洲4块代表性冲积区域(形成年代分别为1904-1929年,1929-1934年,1964-1976年和1976年至今),由沿海到农田(1-40 km)设计采样路线,通过多样性调查、土壤采样、MiSeq测序等方法对陆地生态系统的植物、细菌和真菌多样性以及微生物功能组成进行了监测。结果表明,随成土时间的增加,植物物种丰富度和生物量显著提高(P<0.05),低盐度指示物种白茅的分布区域向海岸推进;细菌群落酸杆菌门(Acidobacteriota)等3个门类占比显著增加,拟杆菌门(Bacteroidota)等12个门类占比显著减少(P<0.05),涉及基因信息处理、核苷酸代谢等基础生命活动和光合作用的功能通路在年代最晚的扇区富集,而涉及细胞老化调控、外源物质生物降解与代谢、芳香化合物降解等功能的通路在年代最早的扇区富集(LDA score>2,P<0.05);真菌群落涉及病理营养的捕虫霉门(Zoopagomycota)等类群相对丰度的显著增加(P<0.05)。耐盐菌、自养菌、反硝化菌、反硫化菌等功能群在成土较晚区域的丰富度较高,有促进成土初期土壤碳氮积累、土壤养分循环和有效性的提升的功能潜力,进而影响植物演替。成土时间还驱动适应高营养环境的类群对先锋类群比值的增大,促进微生物生态位的分化。研究表明成土时间是对黄河三角洲植物和微生物群落组成变化的重要而显著的驱动力,为提高评估滨海生态系统植物和微生物演替规律的准确性提供了科学依据。 相似文献