秋稻品种‘Dular’广亲和基因效应的RFLP分析

利用RFLP标记对秋稻品种Dular的三交（南京11／／Dular/2533）的F2群体与灿粳品种的测交F1进行了单株带鉴定,并对广亲和性的表达进行分析。结果表明：与第6染色体上标记RG213连锁的广亲和基因S5^n效应较大;不同位点广亲和基因具有明显的累加效应;位点内的互作导致了粳型配子的部分败育,同时还存在位点间的互作。     

Isolation and characterization of five rice telomere-associated sequences

Ｔｅｌｏｍｅｒｅｉｓｔｈｅｅｓｓｅｎｔｉａｌｇｅｎｅｔｉｃｌｏｃｕｓａｔｔｈｅｅｎｄｓｏｆａｌｌｅｕｋａｒｙｏｔｉｃｃｈｒｏｍｏｓｏｍｅｓ.ＴｈｅｙｗｅｒｅｐｒｏｐｏｓｅｄｔｏｃａｐｃｈｒｏｍｏｓｏｍｅｓｐｒｅｖｅｎｔｉｎｇｔｈｅｅｎｄｔｏｅｎｄｆｕｓｉｏｎｓｂｅｔｗｅｅｎｂｒｏｋｅｎｅｎｄｓａｎｄｃｏｎｔｉｎｕａｌｔｅｒｍｉｎａｌＤＮＡｌｏｓｓｄｕｒｉｎｇｒｅｐｌｉｃａｔｉｏｎ.Ｔｈｅｙａｌｓｏｈａｖｅｉｎｆｌｕｅｎｃｅｓｏｎｍｅｍｂｒａｎｅｃｈｒｏｍｏｓｏｍｅｉｎｔｅｒａｃｔｉｏｎａｎｄｔｈｅ…     

水稻第六染色体长臂亚端粒区遗传图与物理图的整合

生物染色体亚闰区域在物种翰经过程中是高度活跃的。为了认识水稻染色体亚端粒区域的组织结构,用水稻第六染色体长臂亚端料区的ＲＦＬＰ标记Ｇ３４２和Ｒ１１６７作探针筛选ＢＡＣ文库,以得到的阳笥ＢＡＣ克隆为起点进行染色体眇地,构建了覆盖这２个分子标记区约５００ｋｂ的ＢＡＣ跨叠克隆群,将这一区域的跗图和物理图进行了整合。对１４个ＢＡＣ克隆插入末端进行了亚克隆,鉴定的７个亚克隆 端为单考贝或抵考贝序列,其中５个     

Amplification, analysis and chromosome mapping of novel homeobox-containing and homeobox-flanking sequences in rice

Homeobox genes, widely distributed among animal and plant kingdoms, play an important role in developmental process. Several homeobox conserved fragments were amplified by PCR and the flanking regions were also obtained by an LM-PCR procedure. Sequencing and Southern analysis showed that they belong to a homeobox gene family of rice. Six homeobox-containing fragments were mapped on the molecular linkage map of rice. They were located on chromosomes 3, 4 and 7 respectively. It is noteworthy that there are 4 homeobox fragments located on rice chromosome 3 and the result is also consistent with the comparative genomics between rice and maize.     

Hi-Meth：特定位点DNA甲基化高通量检测平台

胞嘧啶甲基化是DNA表观遗传修饰的主要类型之一,在维持正常细胞功能和调控基因表达中具有重要作用。重亚硫酸盐测序法(bisulfite sequencing PCR,BSP)是特异性位点DNA甲基化检测的通用方法,能明确目的片段中每一个CpG位点的甲基化状态,但此方法需要大量的单克隆测序,操作过程较繁琐、成本昂贵。因此,开发准确、高效、便捷的DNA甲基化检测技术对提升表观遗传研究效率具有重要意义。基于本课题组开发的高通量突变类型检测平台Hi-TOM (high-throughput tracking of mutations),我们进一步建立了特定位点DNA甲基化高通量检测平台Hi-Meth (high-throughput detection of DNA methylation)。DNA样品通过重亚硫酸盐处理之后,仅需一轮PCR扩增即可通过Hi-Meth平台获得特定位点DNA甲基化分析结果。利用Hi-Meth平台,对水稻不同基因启动子区域进行了DNA甲基化检测分析,并与基于BSP方法获得的结果进行了比较。结果表明,Hi-Meth策略与BSP策略检测结果基本一致。而且通过Hi-Meth平台可以更准确、便捷地获得特异性位点DNA甲基化分析结果。综上所述,Hi-Meth为特定DNA区域提供了重要的甲基化检测平台,对表观遗传研究具有重要意义。     

矮泰引-3中半矮秆基因的分子定位

矮泰引-3的矮生性状受两对独立遗传的半矮秆基因控制,利用SSR标记将这两个矮秆基因分别定位到第1和第4染色体上。等位性测交的结果表明,位于第1染色体上的矮秆基因与sd1是等位的,所以仍然称其为sd1;而位于第4染色体上的矮秆基因是一个新基因,暂命名为sdt2。利用SSR标记将sd1定位于RM297、RM302和RM212的同一侧,而与OSR3共分离,它们之间的位置关系可能是RM297-RM302-RM212-OSR3-sd1,遗传距离分别为4．7cM、0cM、0．8cM和0cM,这与sd1在第1染色体长臂上的确切位置是基本一致的。利用已有的SSR标记和拓展的SSR标记将sdt2定位于SSR332、RM1305和RM5633、RM307、RM401之间,它们的排列位置可能是SSR332-RM1305-sdt2-RM5633-RM307-RM401,它们之间的遗传距离分别为11．6cM、3．8cM、0．4cM、0cM和0．4cM。     

高代回交QTL分析与水稻育种

本文对高代回交QTL分析法(advanced backcross QTL analysis,AB－QTL)的原理、步骤、适用范围以及相对于利用平衡群体进行QTL分析的优越性进行了比较。讨论了其在水稻高产育种中的应用前景。 Abstract:Advanced backcross QTL analysis method(AB－QTL),proposed by Tanksley,can deal with two matters simultaneously.One is QTL mapping and the other is to construct isogenic lines containing the QTLs mapped in the mapping population in one to two years.In this article,the principle,procedure,and application of AB－QTL are introduced.AB－QTL is also compared with mapping QTLs using a balanced population.The prospect of application of AB－QTL analysis in rice high yield breeding program is discussed.     

利用SSR标记定位水稻糊化温度的QTLs

糊化温度（GT）是决定稻米蒸煮食用品质的一个重要指标。研究了以碱消值表示的糊化温度（ASV－GT）的遗传和QTL位点,选择在ASV－GT上具有显著差别的灿稻品种南特号和粳稻品种Balilla杂交,并以Balilla回交得到含有142株的回交群体,ASV－GT的测定表明,在分离群体中ASV－GT表现为双峰连续分布,说明在该群体中ASV－GT是由一主效基因控制的,并伴有微效基因的修饰,进一步用119个在双亲间具有多态性的微卫星（SSR）标记构建了全基因组的分子标记连锁图,采用区间作图法对控制碱消值的基因进行了定位分析,结果表明,位于第6染色体的qASV6-1为一主效基因,其贡献率高达87．6％,来自于亲本南特号中的等位基因可降低碱消值3．26;其余5个QTLs(qASV2,qASV3,qASV6-2,qASV9,qASV11)为微效基因,分别位于第2,3,6,9和11染色体上,双亲中都带有增效和减效等位基因。     

水稻端粒相关序列的克隆及鉴定

端粒不仅包括简单的端粒重复序列 ,也包括较复杂的端粒相关序列 .参照拟南芥菜的端粒重复序列 (TTTAGGG) _n,设计了 2个引物 :(TTTAGGG) ₃ 和 (CCC TAAA) ₃ CCC .利用单引物采取 2种方法在水稻中进行PCR圹增 ,得到了 8个片段 .然后用Bal31酶解和RFLP图谱定位的方法检测了它们的亚端粒特性 .用此方法鉴定了 6个端粒相关序列 ,分别定位于水稻第 5 ,6 ,7,9号染色体 .     

典型籼粳杂种不育性的分子标记分析及其遗传基础

对典型籼粳杂种育性遗传基础的研究是快速进行广亲和系培育的前提。以回交群体Balilla/南特号∥Balilla为育性基因的分析群体,利用SSR标记研究了该群体中控制小穗育性和花粉育性的基因位点,对于小穗育性共检测到2个QTLs,Qsptf1和qSPTF6,分别位于第1和第6染色体上,其加性效应分别为13．501和—16．414。根据前人的研究结果,以及qSPTF6在第6染色体上所处的位置,可以推断qSPTF6即为S—5位点。在花粉育性的QTLs检测中,发现在第7和第9染色体上有两个QTLs,qPLLN7和qPLLN9,其加性效应分别为—12．003和—11．012,可以分别解释表型变异的12．9％和10．3％。位点的互作分析表明,在该研究群体中,存在大量的位点互作影响小穗育性和花粉育性,在0．005显著水平上,检测到61对和51对位点互作分别影响小穗育性和花粉育性。说明籼粳杂种的不育性除了主效基因的单独作用以外,位点之间的互作,即上位性也是一重要的遗传因素。