蛋白质能带结构的晶体轨道法研究 Ⅲ金属离子和水对蛋白质能带结构的影响

本文用CNDO/2晶体轨道方法研究了金属离子和水对蛋白质能带结构的影响。结果能带变化的程度与金属离子或水结合的部位有关;在某些结合部位,价带宽和(或)禁带宽发生了很大的变化。     

氨基酸残基无序排列对蛋白质分子电子能谱的影响

我们用Dean负因子计数方法计算了氨基酸残基无序排列的蛋白质分子的电子能谱。结果表明当含有较多种氨基酸时,无序蛋白质分子的价带很宽,这样价带中的空穴就有很大的迁移率。     

蛋白质能带结构的晶体轨道法研究——Ⅱ蛋白质构象的变化对其能带结构的影响

本文用CNDO/2晶体轨道方法研究了蛋白质的构象变化对其能带结构的影响,结果表明这一因素是不可忽略的.本文还讨论了构象变化与蛋白质的半导体性质间的关系.     

对称蛋白质序列与结构关系研究

进化的观点认为,蛋白质结构的对称性是基因复制和融合的结果,但是由于在长期进化过程中的氨基酸突变,绝大多数现有的蛋白质序列都失去了这种直观的重复性特征。该文简要地回顾了国际上发展的寻找蛋白质序列中重复片段的方法,重点介绍了作者自己提出的分析蛋白质序列和结构对称性的方法以及在蛋白质对称结构形成机理方面的初步工作,并系统分析了各类对称折叠子的序列与结构关系,发现它们的序列都具有隐含的与结构相同的对称性,或者说序列的对称性决定结构的对称性。     

miR-449a对人乳腺癌细胞MCF-7增殖及迁移能力的影响

目的：通过敲低微小RNA （microRNA,miRNA）-449a的方法研究miR-449a对人乳腺癌细胞MCF-7的增殖和迁移能力的影响。方法：采用miRNA芯片在乳腺癌细胞MCF-7和人正常乳腺细胞MCF-10A筛选具有表达差异的miRNA;化学合成法制备miR-449a的抑制剂（inhibitor）,转染后经real-time PCR验证表达的变化;细胞增殖CCK-8实验对转染后细胞增殖能力进行检测;划痕实验检测细胞转移能力,transwell小室实验检测细胞侵袭的改变;蛋白免疫印迹法（Western blot）实验对MCF-7细胞增殖和迁移相关的β-catenin和E-cadherin蛋白进行检测;通过生物信息学软件预测miR-449a潜在靶基因为Notch 1,荧光素酶实验检测Notch 1是miR-449a的靶基因。结果：分别收集MCF-7和MCF-10A细胞,芯片结果显示miR-449a在MCF-7细胞的表达水平显著高于MCF-10A;本研究将细胞分为未处理组（Mock组）,阴性对照组（negative control组,NC组）和处理组,通过收集不同组MCF-7细胞进行试验,CCK-8结果显示miR-449a下调后MCF-7细胞增殖能力显著降低;划痕实验结果显示miR-449a表达降低导致MCF-7细胞转移能力降低;transwell实验结果显示MCF-7细胞侵袭受到抑制;Western blot结果发现miR-449a敲低后β-catenin表达降低,E-cadherin表达增加;荧光素酶试验结果显示,miR-449a能够显著降低Notch 1-3'-UTR质粒的荧光素活性（P<0.01）。结论：在乳腺癌细胞MCF-7中敲低miR-449a能够显著抑制癌细胞增殖和迁移,而这一变化可能通过降低Notch 1蛋白表达实现的。     

生物大分子的自由能计算方法

在本文中,我们总结了计算生物物理中广泛使用的经典的自由能计算方法,主要可以归纳为三大类:第一类是基于过渡态理论,利用路径系综得到自由能的方法;第二类方法采用一些经验势来补偿自由能表面达到均匀采样的目标;最后一种是将整个转换径分段计算,然后拼接完成得到完整自由能的方法.通过详细介绍自由能计算的重要性和实施细节,希望能够让...     

不同结构类蛋白质序列中的关联特性

采用功率谱的方法对不同结构类蛋白质序列进行了研究。结论为：从统计平均的角度看,蛋白质序列并不同一种毫无规律的随机序列,它们存在着明显的关联,而且不同结构类蛋白质序列具有与它们的结构类相对应的不同的关联特性。     

半经验CNDO／2晶体轨道法的程序设计及算例

自洽场晶体轨道法(SCF Crystal Orbital(CO)Method)是为了研究聚合物和生物大分子的电子结构发展起来的一种量子化学方法。为了开展这方面的研究,我们最近自己编写了半经验 CNDO/2晶体轨道法的程序,并以聚乙烯为例进行了计算。算法对于一维的周期聚合物链。其单电子波函     

TAKENO孤子的量子理论

研究蛋白质分子中能量远距离传输的机理,在Ｔａｋｅｎｏ提出的孤子理论的基础上,进上步考虑了氢键相互作用的非简谐性,并用量子力学对模型进行了处理,在连续近似下,得到的结果表明,能量可以通过以超声速运动的孤子来传输。