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为了探究一例福建省检出的HAstV-5型星状病毒2013/Fuzhou/85毒株基因组分子结构特点,本研究采用PCR分段扩增、测序、拼接的方法,获得2013/Fuzhou/85毒株基因组序列全长6 803bp:5’端和3’端均有85bp非编码区;中间3个开放阅读框:ORF1a长2 802bp(86～2 887nt),编码非结构蛋白丝氨酸蛋白酶;ORF1b长1 548bp(2 827～4 374nt),编码非结构蛋白RNA聚合酶;ORF2长2 352bp(4 367～6 718nt),编码结构蛋白衣壳蛋白前体。目前,GenBank中仅有两株HAstV-5型星状病毒全基因组序列:中国辽宁毒株(JQ403108)和巴西哥亚尼亚毒株(DQ028633),2013/Fuzhou/85毒株和中国辽宁毒株核苷酸相似度最高,达94.4%。对该HAstV-5型星状病毒3个开放阅读框分别构建系统进化树,发现ORF1a与HAstV-1(JF327666)相似度最高,ORF1b和ORF2与HAstV-5(JQ403108)相似度最高,提示其有可能存在重组,用Simplot软件进行重组分析,重组位点位于2 741bp,在ORF1a和ORF1b重叠区的上游。本研究中对2013/Fuzhou/85毒株的全基因组测序和重组分析,可以为星状病毒的重组和遗传进化规律研究提供参考。 相似文献
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辣木因其具有高蛋白含量和对干旱的适应在许多发展中国家作为多年生的作物广泛种植.本文完成了高质量的辣木基因组草图,组装出预测基因组91.78%的大小,注释出来19465个蛋白质编码基因.此外,本文对辣木基因组和其他一些物种进行了比较基因组分析,验证了辣木的系统发生地位,同时鉴别了辣木的一些物种特异的基因家族和受正选择的基因,这些基因可能帮助进一步鉴别与辣木的高蛋白、快速生长和抗逆相关的基因.这个参考基因组将开拓对辣木的研究,促进应用基因组学手段对辣木的育种和改良. 相似文献
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