萼花臂尾轮虫种复合体遗传分化的空间格局

对采自中国东部八个地理区域中的萼花臂尾轮虫种复合体（Brachionus calyciflorus species complex）内124个轮虫克隆的核DNA ITS区进行了测序和分析,重建了萼花臂尾轮虫种复合体的系统发生树。研究发现73个单倍型聚合为三个支系,支系间序列差异百分比为4.2%－25.3%,表明萼花臂尾轮虫实际上是由三个隐种组成的种复合体,在广州、儋州和芜湖采样点均具有隐种共存现象。萼花臂尾轮虫种复合体的核苷酸多样性和单倍型多样性均较高,隐种III内各种群间遗传分化指数也较高,这可能是由于栖息地的片段化、有限的基因流以及在冰期瓶颈后拓殖种群的快速增长阻碍了有效基因流,加速了地理种群间的遗传分化。巢式支系分析显示部分巢支具有一定的系统地理格局,而Mantel检验表明种群间平均净遗传距离及遗传分化指数和地理距离间均没有显著的相关性。末次盛冰期之后的新仙女木事件（YD Event）可能对我国萼花臂尾轮虫隐种的分布和地理格局造成较大影响。在YD时期,三个萼花臂尾轮虫隐种可能退缩并共存于南岭以南地区的多个残遗种避难所,而此后的休眠卵长距离拓殖并伴随后期的栖息地片段化可能是形成当前地理格局的主要原因。萼花臂尾轮虫种复合体在全球范围内的地理分布可能与大陆板块构造运动有关。     

基于rDNAITS序列分析莲塘湖萼花臂尾轮虫两种形态型的分类地位

轮虫的周期变形是指种群内出现的轮虫形态随时间推移而发生的周期性变化,包括轮虫个体大小的变化、轮虫后棘刺或后侧棘刺的有无及长度的变化等。广泛存在的周期变形使轮虫的分类更加复杂。利用分子标记对不同形态型轮虫的遗传分化进行研究将有助于正确认识它们的分类地位。为此,研究对采自芜湖市莲塘湖水体中萼花臂尾轮虫(Brachionus calyciflorus)30个有棘刺型(Spined morphotype)的克隆(S1-S30)和18个无棘刺型(Unspined morphotype)的克隆(U1-U18)进行了rDNA ITS序列分析;以十指臂尾轮虫(B.patulus)为外群,构建了48个克隆的系统发生树(NJ、MP、ML和贝叶斯树)。结果表明,所测48个克隆共包括16个单元型。在ITS序列中,T、C、A、G碱基的平均含量分别为28.6%、18.7%、35.9%、16.8%,其中A+T含量为64.5%,C+G含量为35.5%。单元型U12与其他单元型间的序列差异百分比为26.2%-26.6%,平均为26.47%;其中,发生在ITS1、5.8S和ITS2区间的序列差异百分比分别为26.9%-27.8%、2.9%-3.5%和44.4%-45.0%,平均依次为27.27%、3.09%和44.48%。而其他单元型间平均序列差异百分比为0.41%。4个系统树均支持将48个克隆分为2个支系:无棘刺型克隆U12独成一支,无棘刺型的其余克隆与所有有棘刺型克隆构成另一支系。单元型U12与其他单元型应分别属于两个不同的姐妹种;但两种形态型并非不同的亚种或互为姐妹种,它们间的形态差异主要由表型可塑性引起。       

鸭冠状病毒实时荧光定量PCR检测方法的建立及应用

为建立一种鸭冠状病毒（Duck coronaviruses,DuCoV）的临床快速诊断方法，根据鸭冠状病毒1b基因保守区域设计特异性引物，成功建立了用于检测鸭冠状病毒的特异性SYBR GreenⅠ荧光定量PCR方法。该方法特异性强、敏感性高、重复性好，对鸭冠状病毒有特异性扩增，最低检测限为8.04×100拷贝/μL，比普通PCR方法敏感10倍，批内变异系数与批间变异系数分别为0.28%～0.34%、0.25%～0.36%，均小于1%。对临床可疑鸭泄殖腔拭子进行检测，本方法与常规PCR方法的检测结果阳性符合率为100%，阴性符合率为96.43%，样本总符合率为97.62%。本研究建立的鸭冠状病毒SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR方法，可用于鸭冠状病毒的临床快速诊断及流行病学监测。