结合亲和质谱与生物信息学分析构建TP53BP1的蛋白相互作用网络

蛋白质与蛋白质相互作用(PPIs)是两个或更多蛋白质分子之间通过静电作用、范德华力等建立的高度特异性的物理接触.细胞内的各种蛋白分子通过PPIs进行彼此之间的功能调节、信号通路的交互作用等,从而实现各种生物进程,而异常的PPIs也将导致疾病的发生、发展,其中就包括肿瘤.因此围绕某些和疾病密切相关的关键蛋白构建其相互作用生物网络(interactome)将有助于更好地分析该关键蛋白在疾病中的作用和可能的分子机制.本研究针对抑癌基因p53结合蛋白1(TP53BP1),利用亲和质谱分析鉴定了15个潜在的TP53BP1相互作用蛋白.同时,结合PPI数据库检索构建了与TP53BP1相互作用的蛋白质网络,并对该网络中的蛋白进行了功能富集分析、通路分析,结果显示,TP53BP1相互作用蛋白主要富集在细胞周期、同源重组、错配修复等重要通路,该研究为深入解析TP53BP1的生物学功能及其在肿瘤中的作用奠定了基础.     

高通量质谱法用于小鼠脑部神经肽的鉴定

神经肽在参与调控人体各种生理功能上发挥着重要的作用,如痛觉、睡眠、情绪、学习与记忆等生理活动都受到神经肽的影响。神经肽主要存在于机体的神经组织内,其他体液和器官中也有少量的分布。目前对全脑组织神经肽高通量鉴定的研究仍不足,高通量检测这些神经肽对了解神经肽的组成和功能具有重要的意义。本研究通过对小鼠全脑组织内源性肽段的萃取,运用液相串联质谱(LC-MS/MS)技术对全脑组织的神经肽进行检测,共鉴定到1 830条内源性肽段和99条预测神经肽肽段。这些内源性肽段的鉴定在疾病的治疗和机制研究以及药物的研发方面提供了参考价值,也为研究新的神经肽及其功能奠定了基础。     

南京近郊自然湿地维管植物群落特征

选择南京近郊2处自然湿地为研究对象,采用GPS定位、野外标本采集、Braun-Blanquet多盖度等级法和Shannon-Wiener物种多样性、Simpson生态优势度和群落均匀度指数研究南京湿地植物群落的种类组成、群落类型及其数量特征。结果表明南京湿地有维管植物104种,隶属于93属45科,其中有国家Ⅱ级保护植物4种,包括水蕨、野大豆、野菱和莲;属和种的地理成分分析表明,该区维管植物区系以温带成分为主,同时热带成分也占一定的比例;该区湿地植被分为3个植被型,3个植被亚型,16个群系;湿地植物群落的物种多样性指数偏低,其中七里河湿地的物种多样性高于滁河入江口。根据南京湿地维管植物群落的特征,并结合当前存在的问题,提出南京近郊自然湿地的保护对策。     

种子植物区系属大小与种多度分布格局的相似性

对属大小的分析是植物区系研究的重要组成,属大小的分布格局可以在一定程度上反映植物区系的类群多样性与系统发生多样性。在植物区系研究中,平均属大小指标与植物区系包含的物种数有关,使不同植物区系的研究结果难以进行整合分析。对中国8个地区种子植物区系属大小的分布格局进行研究,对数级数模型取得了良好的拟合结果,拟合优度R²＞0.99,属大小表现出与种—多度相似的分布格局。稀疏分析和相关分析结果表明：抽样大小较小时,平均属大小在稀疏分析前后的相关性不显著;而对数级数模型中α指数与稀疏分析前表现出稳定的相关性。同时,对于相同的抽样大小α指数与平均属大小之间存在显著的相关性。因此,α指数可以作为稳定的指标来描述植物区系的丰富程度。     

代谢酶与RNA相互作用的研究进展

细胞代谢重编程对维持细胞稳态、细胞生长与增殖等细胞过程发挥着重要作用,并广泛参与恶性转化等病理过程。随着高通量分子检测技术的发展,人们发现有些代谢酶不仅能通过催化细胞内各种生化反应参与细胞代谢调控,同时还能结合RNA分子。这些代谢酶不具备经典的RNA结合域。已有研究显示它们可能通过一种负反馈机制调控其结合mRNA的运输、稳定性或翻译,从而将基因表达调控与细胞代谢联系起来。除此之外,酶的代谢产物也可能参与RNA与代谢酶相互作用的调控。重点从近年来发现的具备RNA结合能力的代谢酶、代谢酶与RNA的相互作用方式、RNA结合蛋白的鉴定与验证、代谢调控机制以及这些代谢酶与RNA相互作用如何调控复杂的细胞活动和疾病的发生发展过程进行综述。