果蝇细胞凋亡核心机制的基因组比较

基因组比较研究是从基因组序列推测调控网络的主要途径。细胞凋亡信号网络是调控网络的一个典型代表。ＥＧＬ１、ＣＥＤ３、ＣＥＤ４和ＣＥＤ９及其同源蛋白质的线虫和哺乳动物构成保守的凋亡核心机制。目前果蝇细胞凋亡核心机制尚不完整,还未找到ＥＧＬ１和ＣＥＤ９类似蛋白质。通过一系列基于生物信息学的基因组比较分析,在果蝇的基因组数据库中发现了两个ＢＣＬ２／ＣＥＤ９和一个ＥＧＬ１的同源蛋白质的编码基因,并重构了果蝇     

基因组序列的长程关联

用快速付立叶变换的谱分析方法研究了多种类型的基因组序列的长程关联性质。结果表明,含有内含子的序列有明显的长程关联,ｃＤＮＡ和编码区则没有此种表现;人的２０余种基因组序列的长程关联随着内含子含量的增长呈正关联,而内含子含量超过８０％后呈负关联。内含子的序列位置对长程关联亦有效应。     

串联质谱数据的从头解析与蛋白质的数据库搜索鉴定

蛋白质的鉴定是蛋白质组学研究中必不可少的一步。用串联质谱 (tandemmassspectrometry ,MS/MS)可以进行多肽的从头测序 (denovosequencing) ,并搜索数据库以鉴定蛋白质。用图论以及真实谱 理论谱联配 (alignment)的方法对串联质谱得到的多肽图谱进行从头解析 ,得到了可靠的多肽序列 ,并应用到数据库搜索中鉴定了相应的蛋白质。同时 ,还用统计的方法对SwissProt以及TrEMBL蛋白质数据库进行了详细的分析。结果表明 ,3个四肽或者 2个五肽或者 1个八肽一般可以唯一地确定一个蛋白质     

蛋白质组表达图谱用于基因功能提示的可行性研究

本文以ＥＣＯ２ＤＢＡＳＥ（Ｅｄｉｔｉｏｎ６）为研究材料,探讨了利用蛋白质组表达图谱提供的生命动态活动信息提高基因组功能提示效果的可行性,在设计出一套较为完整的细胞功能簇（ＣＲＣ）聚类方案的基础上,经考察,７９个蛋白质聚成４个不同的ＣＲＣ。结果显示出功能相关的蛋白质趋向于聚集在相同的ＣＲＣ中,如９种氨酰,ｔＲＮＡ合成酶和４种热休克蛋白分别准确地聚合到ＣＲＣ２和ＣＲＣ３中,这些结果提示,在蛋白质组研究     

酵母基因组共表达基因簇与其上游顺式作用元件的关系

ＤＮＡ微阵列技术的快速发展开辟了从表达图谱研究基因组功能的新途径。酵母全基因组的测定和基因组表达图谱数据的发表使其成为研究真核基因转录调控机制的首选目标。运用生物信息学的工具研究了酵母基因组中基因上游顺式调控元件与基因组表达图谱的关系。结果表明,表达紧密关系的同一簇基因都具有若干特异的顺式作用元件,其表达受到相应反式调控因子的控制。找到的位点中,一部分与已知顺式作用元件相对应;另一部分可能是新的顺     

用于串联质谱鉴定多肽的计量方法

目前已有多种对串联质谱与数据库中多肽的理论质谱的一致性进行评估的高通量计量算法用于鸟枪法蛋白质组学 (shotgunproteomics)研究。然而这些方法操作时存在大量错误的多肽鉴定。这里提出一种新的串联质谱识别多肽序列的计量算法。该算法综合考虑了串联质谱中不同离子出现的概率、多肽的酶切位点数、理论离子与实验离子的匹配程度和匹配模式。对大容量的串联质谱数据集的测试表明 ,根据算法开发的软件PepSearch比目前最常用的软件SEQUEST有更好的鉴定准确性。PepSearch可从http : compbio.sibsnet.org projects pepsearch下载。     

古核生物ABC转运体系的重构及其基因组比较

代谢途径和调控网络的重建和比较研究是基因组功能预测的高级内容。运用多种生物信息学工具在基因组水平上重构了古核生物深海热球菌（Ｐｙｒｃｏｃｃｕｓ ａｂｙｓｓｉ）的ＡＢＣ（ＡＴＰ－ｂｉｎｄｉｎｇ ｃａｓｓｅｔｔｅ）转运体系,预测了它们的功能特性;并与另一古核生物詹氏甲烷球菌（Ｍ．ｊａｎｎａｓｃｈｉｉ）的对应体系作了进化比较,发现Ｍ．ｊａｎｎａｓｃｈｉｉ缺少负责短肽摄入的ＡＢＣ转运体系,推测与二者分属不     

后基因组时代的基因组功能注释

基因组功能注释是后基因组时代功能基因组学研究的热点领域.从基因组功能注释的研究内容与研究手段出发,重点综述了生物信息学在该领域方法学上的研究进展,并展望了今后的发展前景.     

基因组功能预测的进化印记方法

改善基因组功能预测方案是目前功能基因组学的迫切问题,生物进化历程会在分子序列上留下相应进化印记－直系同源簇的特异模体,在这一生物学事实的基础上,提出了一个新的基因缚功能预测方法,首先利用进化分析方法构建直系同源簇,再找到各直系同源簇的功能模体,这样可以形成特异的功能模体库,未知基因的功能预测可望通过搜索该功能模体库而得以高效,准确地完成,对５个家族的检验初步证实该方案是可行的。     

蛋白质组表达图谱用于基因组功能提示的可行性研究

本文以ＥＣＯ２ＤＢＡＳＥ（Ｅｄｉｔｉｏｎ ６） 为研究材料, 探讨了利用蛋白质组表达图谱提供的生命动态活动信息提高基因组功能提示效果的可行性。在设计出一套较为完整的细胞功能簇（ＣＲＣ）聚类方案的基础上, 经考察,７９ 个蛋白质聚成４ 个不同的ＣＲＣ。结果显示出功能相关的蛋白质趋向于聚集在相同的ＣＲＣ中, 如９ 种氨酰ｔＲＮＡ 合成酶和４ 种热休克蛋白分别准确地聚合到ＣＲＣ２ 和ＣＲＣ３ 中。这些结果提示： 在蛋白质组研究资料比较充分的前提下, 通过有效的算法, 蛋白质组表达图谱可以为基因组功能提示提供非常重要的序列相似性之外的功能信息