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柔嫩艾美尔球虫EST序列中SSR的获取及分析 总被引:1,自引:0,他引:1
对柔嫩艾美尔球虫EST—SSR进行生物信息学分析,共获取Eimeria tenella EST序列34074条,总长度为16.45Mb,小于12bpSSR的ESTs达7651条,从中获得SSR序列19576条、总长度为0.35Mb,EST—SSRs的频率是48.00%,平均相隔S40bp出现一个长度不小于12bp的SSR。在E.tenella的核苷酸重复基元中,2、3、4、5、6和7bp重复序列在基因组中出现的种类分别有11种472条、49种14710条、31种525条、13种25条、21种43条和15种400条,3碱基重复序列是最丰富的重复单元,占总数的75.14%。各种SSRs中富含G、C碱基的重复单元以GCA出现频率最多(28.63%),次为AGC(17.59%),GCT(8.76%),TGC(7.62%),CTG(7.15%)。 相似文献
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