基于IBS算法预测亲缘关系准确性研究

目的 评估基于状态一致性(identity-by-state,IBS)算法预测个体间亲缘关系的准确性.方法 采用Illumina GSA芯片对253份样本进行全基因组检测,基于高密度单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)数据计算两两个体间IBS共享统计量预测亲缘关系.通过...     

基于高密度单核苷酸多态性的共祖远亲缘关系预测算法准确性研究

目的 研究构建基于共祖（identity-by-descent，IBD）片段算法预测远亲缘关系分析流程并评估预测准确性。方法 采用高密度单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism，SNP）芯片对253份家系样本进行检测，研究基于IBD片段算法的分析流程进行两两个体间亲缘关系预测，评估预测准确性。随机减少SNP位点，评估位点数对算法预测准确性的影响。结果 IBD片段算法预测1~7级亲缘关系平均置信区间准确率为94.72%，预测可信度为99.77%，6级及以上亲缘关系预测时出现假阴性。随着SNP数量减少，预测准确性会出现一定程度的下降。结论 IBD片段算法可用于7级以内亲缘关系的预测，该算法在群体遗传学、法医遗传学等领域有重要应用价值。